До 1930 г. в СССР продолжали работать еврейские негосударственные научные организации. В 1929 г. в журнале "Трибуна еврейской общественности" (N 12) разгромной критике были подвергнуты Историко-этнографическое общество и его издания, Общество распространения просвещения между евреями России и его издания. В обстановке травли со стороны Евсекции они были вскоре закрыты. Вместо них в Ленинграде было образовано Общество по изучению истории и экономики еврейского пролетариата, также просуществовавшее недолго.
В сфере гуманитарных и общественных дисциплин в начале 1930-х годов была установлена монополия государства. Она затронула и область изучения еврейства.
Параллельно с ликвидацией организаций, изучавших историю евреев, большевики не прекращали искоренение еврейских религиозных организаций: это было ещё не физическое уничтожение священников различных конфессий, а только ограничение их прав. Государственная антирелигиозная пропаганда велась согласно решению ВЦИК ещё с 1921 г. Евсекция принимала в ней активное участие. Её руководство осознавало, что влияние религиозных организаций на евреев можно устранить единственным способом - установив над "религиозниками" полный контроль. Главным оружием в этой борьбе стали средства массовой информации, публичные лекции, диспуты и статьи в газетах и журналах. Публичные акции устраивались таким образом, чтобы евреи-священники не могли в них участвовать, т.е. в субботы, в дни постов и религиозных праздников.
Особое внимание власти уделяли запрету на религиозное воспитание детей и религиозное образование взрослых.
Религиозным объединениям было запрещено владеть собственностью, собирать налоги (кроме оплаты религиозных обрядов и пожертвований), регистрировать акты гражданского состояния, содержать лечебные и благотворительные учреждения, преподавать в советских учебных заведениях. Подчеркнём: это касалось всех конфессий. Власти были наделены правом закрывать религиозные объединения в связи с арестом их членов. Отправление обрядов и проведение церемоний не возбранялось. Но по всей стране закрывались синагоги, церкви, костелы и буддийские храмы; язычников власть также не жаловала.
С 1925 г. антирелигиозной деятельностью "занялся" "Союз безбожников", руководимый Е. Ярославским - старым большевиком. Его члены сочиняли различные пасквили против священников и верующих, а также натравливали на них карательные органы. В 1930-х гг. сотрудники этих органов использовали факт причастности обвиняемого в нарушении закона к какой-либо религиозной общине как доказательство антигосударственного характера его деятельности. Особым гонениям подвергались служители культа, в том числе и еврейские. Последних, в частности умудрились обвинять в срыве планов развития Еврейской автономной области и (или) шпионаже в пользу нацистской Германии. Такое "искривление" идеологии интернационализма, проповедуемой большевиками после захвата власти, стало результатом сталинского курса борьбы с "врагами народа". В условиях назревавшего конфликта с нацистской Германией обострялась также и параноидальная подозрительность Сталина, в первую очередь к тем национальным меньшинствам, которые имели своё национальное образование за пределами СССР. Наиболее жёстко в годы большого террора пострадали поляки, финны, греки, немцы, латыши, эстонцы, литовцы. С 1936 г. началось массовое выселение, главным образом, немцев и поляков из приграничных районов. В период с лета 1937 г. по зиму 1938 г. ЦК ВКП(б) издал для НКВД СССР ряд директив о борьбе с румынскими, польскими, греческими и другими буржуазными националистами - агентами иностранных разведок. Представителей этих национальностей чаще всего арестовывали. По данным некоторых историков из 1 602 000 человек, арестованных в 1937-1939 гг. по политическим статьям уголовного кодекса, 346 000 были представителями нацменьшинств, причём 247 000 из них были расстреляны как иностранные шпионы. Из арестованных чаще всего казнили греков (81%) и финнов (80%). В заключении оказалось 16% проживающих в стране поляков, 30% латышей.
Что касается антисемитизма, то период его замалчивания был относительно недолгим. С началом большого террора эта тенденция переросла в классовое оправдание ненависти к евреям.
В 1937 г. директор Института истории Академии наук БССР выдвинул тезис о ключевой роли иудейского капитала в развитии еврейской истории и его противостоянию языческому капиталу. Это историк объяснял все события и перипетии еврейской истории с точки зрения интересов иудейского капитала. Такие факторы, как нападения на древних иудеев вавилонян, греков, римлян, крестоносцев, сопровождавшие эти нападения погромы, пленения, изгнание из страны проживания "учёный" в расчёт не принимал. В лучшем случае им отводилась роль исторического фона, на котором происходила борьба иудейского капитала с неиудейским. Существует мнение, что заказ на такое "исследование" поступил из ЦК ВКП(б).
Однако следует подчеркнуть, что в период большого террора репрессии не носили антиеврейского характера. Согласно статистическим данным в 1937-1938 гг. органами НКВД были арестованы 29 000 евреев, т.е. менее 1% всего еврейского населения СССР. Примерно такой же процент арестованных в соотношении с общей численностью населения был среди русских и украинцев.
Массовые аресты 1936-1939 гг. затронули многих старых большевиков, представителей партийно-государственной, военной элиты, среди которых было значительное число евреев, поэтому на так называемых московских показательных процессах процент подсудимых-евреев был особенно велик. Например, на процессе по делу так называемого антисоветского объединённого троцкистско-зиновьевского центра (август 1936 г.) были приговорены к расстрелу 15 человек, в том числе Г. Зиновьев, Л. Каменев, Е. Дрейцер, И. Рейнгольд, Э. Гольцман, Фриц-Давид (И.Д. Круглянский), М. Лурье. На процессе так называемого параллельного антисоветского троцкистского центра (январь 1938 г.) в числе приговорённых к расстрелу были Я. Дробнис, Я. Лившиц, Л. Сосновский, М. Богуславский, Б. Норкин, Г. Пушин. Приговорённые были убиты в тюрьме уголовниками по наущению тюремных властей.
Репрессиям подверглось большинство иностранных коммунистов, бежавших в СССР от преследований фашистских режимов. Многие из этих коммунистов были евреями, что советским властям не помешало обвинить их в шпионаже в пользу нацистской Германии. После подписания советско-германского пакта (1939 г.) многие из них были выданы нацистам.
Жертвами сталинского террора стали евреи-руководители польской компартии А. Варский, Г. Валецкий, Ю. Ленский, лидер компартии Венгрии Б. Кун, видный немецкий коммунист Г. Нейман и др.
В 1938 г. было сфабриковано дело об "антисоветской националистической подпольной бундовской организации". На евреев, бывших членов независимых социалистических (коммунистических) партий, перешедших впоследствии в РКП(б), также обрушились жесточайшие репрессии. В годы большого террора жертвами карательных органов оказались старый большевик С. Диманштейн, видный в прошлом член партии социлистов-сионистов М. Литванов, бывшие деятели Бунда А. Вайнштейн, Я. Левин, М. Рафес, Мария Фрумкина; руководители Еврейской автономной области И. Либерберг, М. Хавкин, деятели Евсекции С. Агурский, А. Чемерисский, А. Мережин, А. Волобрянский; историки А. Киржиц, Г. Фридман и др. К ним следует "добавить" и многих деятелей советской еврейской общественности, науки, культуры.
В рассматриваемый период Комиссия по вопросам культов при ЦИК СССР запретила еврейским религиозным общинам выпекать опресноки (мацу), разрешив выпечку только в государственных пекарнях, что делало этот продукт непригодным для употребления религиозными евреями. Это решение властей вызвало волну протестов со стороны верующих. В письме пяти членов Ленинградской хоральной синагоги И. Сталину, председателю ЦИК СССР М. Калинину и председателю Совнаркома В. Молотову говорилось, что запрет на выпечку мацы "не имеет прецедента в истории". В ответ на это обращение верующих евреев (1938 г.) были арестованы несколько раввинов Московской общины при хоральной синагоге во главе с Ш.И.Л. Медалье, а также руководитель столичной религиозной общины М. Брауде. Их обвинили в шпионаже. Медалье и несколько его подельников были расстреляны.