Разгром на Ворскле заставил Витовта искать союза с католическим Западом для гарантий независимости его владений. В Литве начинается полонизация. Из православного князя (в крещении Александра) Витовт превращается в католического монарха Виганда-Витольда. И хотя Восточная Русь продолжает видеть в Витовте своего главного защитника, а его зять князь Василий даже отдает своего первенца и наследника Василия Васильевича на воспитание и в заложничество деду, надежда на объединение Руси с Запада постепенно уменьшается. В 1444 г. Русь была потрясена известием о тяжелом поражении, которое понесли под Варной от турок войска католической Европы во главе с польским королем Владиславом III, отправившиеся в крестовый поход на неверных, дабы исполнить обещание Папы Римского помочь грекам. Сам король Владислав пал в бою, как и значительная часть его рыцарей. Надеяться на освобождение с Запада после Ворсклы и Варны больше не было оснований.
При Василии II Московском (1425–1462) в религиозной жизни Руси происходят события, ещё более оттолкнувшие восточную часть Русской земли от западной. В 1439 г. на православно-католическом Соборе во Флоренции две части христианской Церкви принимают решение объединиться после почти четырех веков взаимного неприятия. Заключается Флорентийская уния. Русский митрополит Исидор горячо поддержал унию, но в Москве, куда он вернулся с Собора в 1441 г., унию не приняли и Исидора прогнали. Греки так долго учили русских вражде к католическому миру, что в один миг изменить свой подход русские не смогли. Не приняло унию и большинство православных Западной Руси, но сближающееся с католической Польшей Великое княжество Литовское начинает теперь смотреть на своих православных граждан, отвергших унию, как на сторонников Москвы. Между восточной – московской, и западной – литовской Русью вырастает стена.
Константинополь в то время согласился на союз с католиками, и просить нового митрополита у греков, как это было всегда до того, в Москве не стали. Преодолев долгие колебания, в 1448 г. русские сами поставили себе митрополита на местном соборе епископов. Им стал Иона. Вскоре уния с Римом была отвергнута греками. В Константинополе, завоеванном в 1453 г. турецким султаном, патриарх Геннадий Схолирий подтвердил верность православным догматам. Греки и их сторонники на Руси ожидали, что русские вновь попросят константинопольского патриарха поставлять на Русь митрополита. Но Москва не попросила. И князь Василий и большинство епископов восточной части Руси теперь хотели полной церковной независимости от Константинопольской матери-церкви – самовозглавления (автокефалии). Греки не признали такое желание законным и отлучили Великое княжество Московское от церковного общения со Вселенской Церковью. Отлучение это лежало на Русской Церкви более столетия (1448–1561 гг.) и крайне смущало русских людей. Одни утверждали, что теперь безблагодатна Русская Церковь, другие – что Константинопольская. Сторонников Константинополя на Руси теперь строго наказывали. Так, знаменитый подвижник Пафнутий Боровский за отказ признать законным поставление митрополита Ионы «был им бит и закован в железа». А Константинопольского патриарха и Московский митрополит, и великий князь считали теперь «себе чюжа и отреченна». Река, которая текла из просвещенной Византии на Русь, была почти полностью перекрыта дамбой самовольной автокефалии.
В то же время литовские князья не желали видеть возглавителем своего православного народа митрополита, поставленного в Москве, и в результате единая русская митрополия разделилась надвое в 1458 г. Константинополь продолжал ставить митрополитов Киевских и всея Руси, а митрополитов Московских ставил собор восточнорусских епископов, поклявшихся в декабре 1459 г. по настоянию митрополита Ионы «быть неотступными от святой Церкви Московской». Именно тогда, при Василии II, Восточная Русь стала замыкаться в отгороженную от всего мира Московию, а ее духовная культура, столь ярко расцветшая в XIV – начале XV в., – деградировать в самоизоляции.
Княжение Василия II оказалось трагическим и неудачным. Почти четверть века продолжалась династическая война великого князя с его дядей Юрием Дмитриевичем и его сыновьями – Василием и Дмитрием. Народ очень страдал от этой княжеской междоусобицы – соперники разоряли города и села один другого и, занятые своей распрей, плохо защищали Русь от татарских набегов. Многие земли Северо-Восточной Руси были выжжены и разорены самими же русскими людьми, другие – татарами. Летописцев поражали жестокости князей друг к другу. Василий II ослепил своего двоюродного брата Василия Юрьевича, когда тот попал к нему в руки. В отместку, захватив великого князя «у Троицы», Дмитрий «вынул ему очи». Василий II стал прозываться «Темным».
Такого на Руси давно не было, но православные князья постепенно перенимали в отношениях между собой и со своими гражданами жестокие обычаи Орды и умирающей Византии. В 1445 г. Василия II взяли в плен татары и освободили за гигантский выкуп – 200 тысяч рублей, собранных со всех его подданных. Чтобы обеспечить сбор выкупа, Василий привел с собой на Русь татарские отряды и, по мнению современников, сам стал больше ордынцем, чем русским. Возмущение им было повсеместным. Авторитет княжеской власти упал в Московии очень низко.
При Василии II процветает ересь стригольников, хотя до XV в. еретические движения на Руси были малоизвестны. Еретики были возмущены церковной коррупцией (симонией), распространившейся в восточнорусских епархиях особенно после провозглашения автокефалии, и не желали иметь с епископами и священниками-мздоимцами общения в таинствах, а потому вообще переставали ходить в храмы. Разумные монахи и миряне, отвергая ересь, тоже были недовольны порядками в Церкви. Они ясно видели, как в умах многих русских людей православие начинает из богообщения превращаться в обрядоверие, имеющее с христианством не много общего, и старались продолжать традицию преп. Сергия на возрождение в первую очередь духовной жизни, а не внешнего благочиния. Монахи, чтобы чувствовать себя свободней и не соблазнять мирян богатствами, отказывались от излишних имуществ, от опеки со стороны княжеской власти, бескорыстно учили мирян «умному деланью», рекомендовали читать Священное Писание и творения отцов Церкви, продолжали переводить с греческого духовные книги.
Духовным центром Руси в середине XV века становится Кирилло-Белозерский монастырь и расположенные вокруг монастырьки и скиты, в которых жили подвижники, получившие название «заволжских старцев». Наиболее известным из них был знаменитый ученый монах Нил (Майков) (1433–1508), игумен скитов на речке Соре, многие годы проведший в Греции на горе Афон. В заволжские скиты со всех концов Руси и даже из Греции и Балкан шли люди в поисках чистой христианской веры, многие состояли с ними в переписке. Здесь, в Ферапонтовом монастыре, великий русский иконописец Дионисий в 1500 г. великолепно расписал Рождественский собор. «Заволжские старцы», подобно Пафнутию Боровскому, осуждали самовольную автокефалию Русской Церкви, указывали на её духовную опасность и призывали восстановить общение со вселенским православием. Их слышали в народе, на Афоне, в Константинополе, но не всегда – при княжеском дворе.
Иван III (1462–1505) успешно смог осуществить то, что не удавалось его отцу Василию II Тёмному. Орда все более слабела из-за внутренних распрей. С ней теперь соперничали независимые татарские ханства – Казанское и Крымское, которые фактически стали вассалами Москвы, в то время как ханы Золотой Орды находились в антимосковской коалиции с Литвой. Хотя большинство населения и значительная часть князей Литвы оставались православными, Великое княжество все более приобретало, сближаясь с Польшей, вид католического государства. Ведущие государственные посты теперь могли занимать только католики. Православные этим были недовольны, и несколько русских княжеств Чернигово-Северской земли перешли от Литвы к Москве.
В Литве в XV в. окончательно устанавливается сеймовая система – все существенные вопросы великие князья решают в согласии с князьями, боярами, дворянами (шляхтой) и городами. Сеймы действуют и в отдельных княжествах и землях Литвы, в том числе и в западнорусских. С 1413 г. Великий князь Литовский является не наследственным государем, но избираемым на Сейме. С конца XIV века Литва вводит Магдебургское городское право, по которому города приобретают независимость от местных князей и самоуправление. Киев, Минск, Луцк, Кременец, Владимир-Волынский, Полоцк, Брест, Новогрудок становятся самоуправляющимися. Литва в XV столетии превращается в государство аристократическое. Крестьянство к 1447 г. оказывается в суровой крепостной зависимости от князей и шляхты, городские вече заменяются советом старшин купеческих гильдий и цехов. Литовско-русская знать, равно католическая и православная, строит удобное государство не для народа, а для себя, и в этом тоже мало гражданской солидарности.