В 1833 году Герцен оканчивает университет со степенью кандидата и серебряной медалью, а через год он, Огарев и ряд других лиц их круга попадают в тюрьму. Причина их ареста – нестандартный образ жизни странных молодых людей, нигде не служащих, о чем-то постоянно толкующих, а повод – вечеринка, на которой распевалась песня антиправительственного содержания и был разбит бюст императора. Дознание устанавливает, что песню сочинил знакомый Огарева, а с Огаревым дружен Герцен. И хотя ни тот ни другой на вечеринке не были, косвенных улик относительно их образа мыслей достаточно. Фабрикуется дело о «несостоявшемся, вследствие ареста, заговоре молодых людей, преданных учению сен-симонизма». Огарев попадает в тюрьму первым. Незадолго до своего ареста Герцен встречается с родственницей, Наталией Александровной Захарьиной, девушкой очень религиозной и давно тайно любившей его. Узнав об аресте, о тяжелых условиях содержания, Наталия Александровна советует безропотно переносить испытания по примеру Христа и апостола Павла.

Попав в тюрьму, Герцен начинает с этой девушкой переписку. «Кто живет в Боге, того сковать нельзя», – подбадривает она своего друга. В тюрьме Герцен проводит девять месяцев, после чего заключенным «прочли, как дурную шутку, приговор к смерти, а затем объявили, что, движимый столь характерной для него, непозволительной добротой, император повелел применить лишь меру исправительную, в форме ссылки». Сперва Герцена отправили в Пермь, а через три недели – в Вятку с зачислением на службу канцеляристом у губернатора Тюфяева, типичного самодура администратора николаевских времен.

Спасло Герцена распоряжение министра внутренних дел об учреждении в России губернских статистических комитетов. На такую «неслыханную» службу пришлось пригласить «ученого кандидата», который, пользуясь случаем, выхлопотал разрешение работать на дому. Занятия статистикой дали возможность Герцену глубоко изучить народную жизнь, а также расстаться с многими романтическими иллюзиями, столь свойственными студенческой юности.

В 1837 году Вятку посещает наследник русского престола, путешествующий по России в сопровождении В. А. Жуковского и К. И. Арсеньева. Тюфяеву приказано к его приезду устроить выставку естественных богатств края, расположив экспонаты «по трем царствам природы». Герцен организует эту выставку и дает объяснения наследнику. Удивленные эрудицией молодого чиновника, Жуковский и Арсеньев проявляют к нему живой интерес, узнают его историю и обещают ходатайствовать перед императором о его возвращении из ссылки. Полным успехом это ходатайство не увенчалось, но Герцена перевели из Вятки во Владимир. Как раз к этому времени вышло правительственное постановление об открытии во всех губерниях «Губернских ведомостей» с приложением к ним так называемого «неофициального отдела». Владимирский губернатор Корнилов предложил Герцену заведование этим отделом. Для сбора материала пришлось много ездить по губернии, знакомиться с народным бытом, публиковать целый ряд статей экономического и этнографического содержания.

Весной 1838 года Герцен тайно наезжает в Москву и увозит Наталию Александровну Захарьину во Владимир, где 9 мая венчается с нею. В июле того же года с Герцена снимают полицейский надзор. Он посещает Москву, знакомится с В. Г. Белинским, М. А. Бакуниным, Т. Н. Грановским. Под влиянием новых друзей он начинает усиленное изучение философии Гегеля, которое приводит его к радикальным выводам. «Философия Гегеля – алгебра революции, она необыкновенно освобождает человека и не оставляет камня на камне от мира христианского, от мира преданий, переживших себя». Чтение книги Фейербаха «Сущность христианства» довершает процесс перехода Герцена с религиозно-мистических на атеистические позиции: «Мне не суждено было подняться на третье небо, я родился совершенно земным человеком… Дневной свет мысли мне роднее лунного освещения».

После двухмесячного пребывания в Москве, в мае 1840 года, Герцен переезжает в Петербург на службу в канцелярию Министерства внутренних дел. Он сближается в столице с К. И. Арсеньевым, В. Ф. Одоевским, И. И. Панаевым. Под влиянием Герцена Белинский преодолевает «примирение с действительностью», связанное с неверным толкованием знаменитого тезиса Гегеля: «все действительное разумно, все разумное действительно». Не все, что существует, является действительным. Крепостное право, полицейский бюрократический режим – это, по Герцену, явления «призрачной» действительности, начисто лишенные всякой разумности.

В конце 1840 года эта действительность вновь предъявляет Герцену свои права. В Петербурге будочник убил прохожего. История эта облетела весь город и стала притчей во языцех: о ней говорили вслух как об одной из главных петербургских новостей. В письме к отцу Герцен сообщил о ней. Письмо перлюстрировали, нашли его содержание крамольным и назначили Герцену новую ссылку в Вятку. Лишь ходатайство влиятельных родственников и знакомых привело к замене Вятки на Новгород с одновременным повышением по службе. В Новгороде Герцен был определен на должность советника губернского правления. Там он заведовал делами о злоупотреблениях помещичьей властью, о раскольниках и о лицах, состоящих под надзором полиции, к числу которых принадлежал и он сам. Призрачная действительность и впрямь оказалась лишенной разума. Служба не приносила Герцену никакого удовлетворения. В 1842 году, благодаря хлопотам друзей, он добился наконец отставки, переехал в Москву, где и прожил до 1847 года последний, и самый счастливый, период своей жизни в России. Это было время напряженной духовной работы, когда в спорах между западниками и славянофилами оттачивалась самобытная русская мысль.

Известно, что истины немецкого идеализма русская молодежь осваивала с упорством, доходящим до самозабвения: с бою брался каждый параграф гегелевского учения. Но уход в отвлеченное мышление не мог не повлечь за собой отрицательных последствий: умозрительность, слабое знакомство с практической стороной окружающей действительности, отрыв «чистого» мышления от национальных корней, чрезмерное развитие интеллекта и логического мышления в ущерб другим сторонам природы человека.

«Все в самом деле непосредственное, всякое простое чувство было возводимо в отвлеченные категории и возвращалось оттуда без капли живой крови, бледной алгебраической тенью, – писал Герцен. – Во всем этом была своего рода наивность, потому что все это было совершенно искренно. Человек, который шел гулять в Сокольники, шел для того, чтобы отдаться пантеистическому чувству своего единства с космосом; и если ему попадался по дороге какой-нибудь солдат под хмельком или баба, вступавшая с ним в разговор, философ не просто говорил с ними, но определял субстанцию народную в ее непосредственном и случайном явлении».

Вспоминая о своих встречах с Белинским в 1843 году, Тургенев писал: «Мы еще верили тогда в действительность и важность философских и метафизических выводов, хотя ни он, ни я, мы нисколько не были философами и не обладали способностью мыслить отвлеченно, чисто, на немецкий манер… Мы тогда в философии искали всего на свете, кроме чистого мышления». «Исключительно умозрительное направление, – вторил Тургеневу Герцен, – совершенно противуположно русскому характеру, и мы скоро увидим, как русский дух переработал Гегелево учение и как наша живая натура, несмотря на все пострижения в философские монахи, берет свое».

В циклах статей «Дилетантизм в науке» (1843) и «Письма об изучении природы» (1845) Герцен дает бой всяческого рода романтическим отвлеченностям, логическому формализму, идеалистическому умозрению, летящему поверх реальной действительности. Он посещает в это время университетские лекции по естественным наукам и пытается соединить в своей философии естествознание, диалектику Гегеля и французский социализм. «Только то умозрение не будет пустым идеализмом, которое основано на опыте», – утверждает он.

Герцен пытается придать человеческой мысли живой, действенный характер. Он обличает дилетантов-формалистов в философии, которые, «так или сяк поднявшись в сферу всеобщего», «не чувствуют потребности выхода в жизнь – действительного осуществления идеи». Для Герцена именно в «деянии» происходит существенная реализация личности. «В разумном, нравственно свободном и страстно энергическом деянии человек достигает действительности своей личности и увековечивает себя в мире событий». В «Письмах об изучении природы» Герцен настаивает на ликвидации «временного антагонизма» между естественными науками и философией. «Философия, не опертая на частных науках, на эмпирии, – призрак, метафизика, идеализм».