В июне 1945 г. на территории занятых РККА земель Германии для руководства деятельностью оперативных групп были созданы оперативные сектора (о/с) НКВД, а при Управлениях СВА земель и провинций - сектора, впоследствии - отделы, официально именовавшиеся Отделами общественной безопасности и внутренних дел при комендатурах Советской Военной администрации.

В апреле 1945 г. главный европейский резидент американской внешнеполитической разведки - Управления стратегических служб (УСС) Аллен Даллес вместе со значительной частью своего разведывательного аппарата перебазировался из швейцарского Цюриха в немецкий городок Гейдельберг в американской оккупационной зоне, надолго ставший главной штаб-квартирой американской разведки в Германии. Именно он, будущий директор ЦРУ США, признанный авторитет в мире западных спецслужб, создавал американскую невоенную разведку в Германии.

Однако уже 4 июля 1945 г. команда сотрудников УСС во главе с Алленом Даллесом "прописалась" в берлинском пригороде Далем в особняке, где до апреля размещался штаб фельдмаршала Кейтеля. Но уже 1 октября 1945 г. эта опергруппа была переподчинена Департаменту стратегической служба (ДСС, военной разведке) военного министерства США и стала официально именоваться Берлинской оперативной базой (БОБ).

Еще одним объектом изучения советскими органами государственной безопасности на территории "тризонии" стала "Организация Гелена" (ОГ), членов которой американские разведчики не без юмора называли "незаменимыми".

Генерал-лейтенант Рейнхард Гелен с апреля 1942 г. возглавлял 12 отдел "Иностранные армии Востока" германского Генерального штаба. 22 мая 1945 г. Гелен вместе с восемью своими подчиненными, в числе которых был и бывший начальник "Валли-I" подполковник Герман Баум, сдался в плен американским войскам и предложил им свои услуги в организации разведывательной работы против Советского Союза. (После образования Военного управления РСХА в феврале 1944 г., Г. Баум возглавил его разведывательный отдел "Ост - I").

Для обсуждения этого предложения, явно шедшего в разрез союзнических договоренностей между США и СССР, в августе 1945 г. Гелен был доставлен в Вашингтон, где в результате переговоров, было подписано соответствующее соглашение. В своих мемуарах Гелен излагает его так:

1. С использованием имеющегося потенциала создается немецкая разведывательная организация, которая осуществляет разведку на Востоке или соответственно продолжает прежнюю работу в этом плане на основе общей заинтересованности в защите от коммунизма.

2. Эта немецкая организация работает не для американцев и не под американским руководством, а в сотрудничестве с американцами.

3. Организация работает исключительно под немецким руководством, которое получает задания от американской стороны, пока в Германии не существует нового германского правительства.

4. Организация финансируется американской стороной при договоренности, что эти средства не будут изыматься из бюджета на оккупационные расходы. Взамен организация передает американцам все результаты разведывательной работы.

5. Как только будет создано суверенное германское правительство, ему надлежит принять решение о том, будет ли продолжена работа организации или нет. До этого времени опеку над организацией осуществляет американская сторона.

Как сообщал внедренный в организацию советский агент Хайнц Фельфе, членам "организации Гелена" американской военной администрацией был предоставлен особый, привилегированный статус .

Даже американские историки спецслужб Норман Полмар и Томас Аллен подчеркивали, что "Организация Гелена" была создана "на базе нацистской агентуры, действовавшей в годы Второй мировой войны против Советского Союза" .

Агентом американской разведки являлся также Х. Шмальшлегер, с июня 1941 г. возглавлявший "Штаб "Валли", и одновременно отдел "Валли - III". Также добровольно свои услуги американской разведке предложил штатный агент Абвера белоэмигрант Б.А. Смысловкий, с 1942 г. возглавлявший "Зондерштаб "Р".

В июле 1946 г. ОГ приступила к работе. Ее штаб-квартира расположилась в бывшем имении Рудольфа Гесса в Пуллахе, в 5 километрах к югу от Мюнхена, где до этого времени размещалась военная цензура армии США.

Первым американским куратором "ОГ" в Германии стал Фрэнк Г. Визнер, в 1943-1945 гг. бывший резидентом Управления стратегических служб (УСС) США в Южной Европе. Впоследствии Ф. Визнер станет заместителем директора ЦРУ США.

Как подчеркивают немецкие историки М. Уль и А. Вагнер, приоритетом разведывательной деятельности "Организации Гелена", равно как и американских, британских и французских спецслужб являлось выявление боевого потенциала советских войск, расквартированных на востоке страны. Причем разведывательные операции "ОГ" простирались также на территорию Австрии, Чехословакии, Болгарии, некоторых военных округов СССР .

Например, оперативным сектором МГБ только в Тюрингии 20 июня 1948 г. по оперативному делу "Нить" были арестованы 88 агентов. В документах МГБ СССР они именовались "американскими шпионами". Однако, в начале 1990-х годов, сличением советских и американских архивных источников, было установлено, что в действительности эта агентурная сеть принадлежала "Организации Гелена", и лишь опосредованно "работала" на американскую разведку. Что, впрочем, не меняет существа преступной деятельности ее участников.

После создания Центрального разведывательного управления США, 1 июня 1949 г. к его берлинской оперативной базе перешло оперативное руководство "Организацией Гелена".

В мае 1949 г. начальник представительства МГБ СССР в Германии Н.К. Ковальчук информировал министра В.С. Абакумова, что с 1 января по 1 апреля было "вскрыто и ликвидировано 40 вражеских организаций и групп с арестом 291 их участника, а всего за это время было арестовано 1 060 немцев". Из них за шпионаж - 440 человек, диверсантов, террористов и за саботаж - 73 человека, за проведение антисоветской работы - 141, военных преступников - 200, за незаконное хранение оружия - 102, за другие преступления - 104 человека.

Немецкие историки А. Вагнер и М. Уль, изучавшие в государственном архиве ФРГ рассекреченные фонды БНД о ее разведывательной деятельности в советской оккупационной зоне, подтверждают, что эта деятельность велась исключительно активно: агентурное наблюдение велось за 169 советскими гарнизонами, и что уже в 1950-е годы БНД имела на территории ГДР до 4 тысяч информаторов.

12 сентября 1949 г., после провозглашения Федеративной Республики Германии (ФРГ), "Организация Гелена" была официально признана ее правительством. Хотя решение о преобразовании "Организации Гелена" в государственную Федеральную разведывательную службу (Bundesnachrichtendienst, БНД) было принято канцлером ФРГ Конрадом Аденауэром только 1 апреля 1956 г.

Тайная война Германии против СССР перешла на новую стадию.