Заканчивает свой рассказ Флёров так: "…говорят, что гора сия и проход сделаны для отвращения грабежа и убийств, разорявших Россию литовцев (поляков). Однако целость горы и внутренних ее укреплений подают повод догадаться, что литовцы не проницали в оную и что нечто неизвестное скрывается в оной доселе и, вероятно, имение несчастных вологжан, погибших от литовцев".

В 1813 году журнал "Вестник Европы" перепечатал эту статью и вместе с нею поместил ответ на нее митрополита киевского Евгения, бывшего вологодского епископа, который опровергает рассказ Флёрова.

Митрополит Евгений (Болховитинов) писал, что Соборная гора была раскопана еще в середине  XVII века, так как по архивным документам было известно, что в царствование Алексея Михайловича раскапывали погреба в горке и нашли в кладовых "несколько серебра". Но не ясно было происхождение здания, остатки которого находились в горе. Историк П. Б. Иноходцев сделал предположение, что Иван Грозный одновременно с Софийским собором начал строить для себя каменный дворец вместо деревянного. Но, пишет автор опровержения, деревянный дворец Ивана Грозного находился ниже по реке Вологде, у Покровской церкви, которая в старых документах называлась "что у государя на сенях", и выдвигает свою догадку, что "дом сей должен был для архиерея к новостроящемуся собору…"

В 1823 году Соборную гору, представляющую собой пустырь, изрытый ямами, стали благоустраивать под сад. Но тайна горы все продолжала беспокоить умы историков и археологов. И вот летом 1866 года по инициативе археологического общества на Соборной горе начались новые раскопки. Руководил ими "штабс-капитан З.", как называют его "Вологодские епархиальные ведомости".

В течение двух недель десять рабочих рыли Соборную гору "в разных местах и направлениях". Особое внимание обращалось на ту часть горы, где она обрывалась к реке и где в двух саженях от поверхности было обнаружено "устье кирпичной трубы, идущей горизонтально куда-то во внутренность горы к Софийскому собору". Труба была положена на деревянный настил и обернута берестой. Стали искать начало трубы, и в трех саженях от берега вырыли яму. На глубине двух саженей обнаружили трубообразную пустоту, но она вела не к собору, а в другую сторону – к архиерейскому саду.

Больше в этой части Соборной горы не копали, а перешли на южную сторону, где еще в 1859 году при копке канавы видели две кирпичные "пещеры" со сводами и дверью. Но и здесь ничего не было найдено, кроме следов какого-то фундамента на дубовых сваях. "Вообще, — сообщает газета, — скудость средств, которыми мог располагать при своих работах штаб-капитан З., не позволила произвести исследования в значительных размерах, а потому и результаты работ оказались неудовлетворительными".

И тайна Соборной горы осталась нераскрытой.

Так что же все-таки это за "пещеры" со сводами и железными дверями? Что это за кирпичное здание, построенное внутри горы, на одной стене которого самодеятельные археологи прошлого видели "четвероугольное по аршину в обе стороны окно с железною решеткою, на другой стене, обращенной ко внутренности горы, полукруглое углубление – как бы закладенную кирпичом дверь"?

Версий разгадки тайны Соборной горы предложено несколько. А что, если выдвинуть еще одну догадку.

Не связана ли сия тайна с пропавшей библиотекой Ивана Грозного, которую ищут почти триста лет? А вдруг она там, в Соборной горе, и спрятана?

Ничего фантастического, неправдоподобного в этом нет, если внимательно разобраться. Давайте попробуем…

…К нашим северным краям отношение Грозного было особое. Кирилло-Белозерский монастырь царь считал едва ли не родным: ведь именно после поездки сюда на богомолье у бездетного великого князя Василия III и его жены Елены Глинской (правда, спустя два года) родился он – Иван.

…К 1566 году кровавый террор опричников вызвал ненависть многих бояр и служилых людей. Русское государство разделилось на "земщину" и "опричнину". Граница раздела проходила, можно сказать, по самому Кремлю. Дело дошло до того, что царь не жил в своих кремлевских покоях, а выстроил дворец на крутом берегу Неглинной. Опричной же столицей была подмосковная Александровская слобода. Но и тут Грозный не чувствовал себя в безопасности, боясь за личную жизнь и судьбу своих близких. Вот поэтому он и решает перенести столицу опричнины в северный город Вологду. Именно центром опричнины предстояло быть Вологде, а не стольным градом всея Руси, как считают многие до сего времени.

Еще до отъезда на север царь имел беседу с английским послом Дженкинсоном, которому высказал свою тайную мысль о возможности его побега в Англию, и просил у королевы, через ее посла, убежища для всей царской семьи.

Вот как об этом писал в середине семнадцатого века французский врач и путешественник Пьер-Мартин де Ламартиньер в своей книге "Путешествие в северные страны": "Царь питал уважение и такое особенное расположение к королеве Елизавете, что не упускал ни одного случая засвидетельствовать ей это. Полагают, что он даже хотел на ней жениться, и что когда он приказал укрепить Вологду и свез туда свои сокровища, у него было намерение – искать убежище в Англии, если бы обстоятельства довели его до последней крайности".

Заметим также, что путь в "туманный Альбион" из Москвы проходил через Вологду. Именно по нему ходил вологодский купец Осип Непея – первый русский посол в Англию – еще десять лет назад, в 1556 году посланный Иваном Грозным к владевшей тогда английским троном королеве Марии Тюдор для завязи торговых отношений. Правда, если не считать поездки русских послов Василия III, в 1524 году побывавших в Англии. Но они были там проездом, направляясь в Испанию, к императору Священной Римской империи Карлу V.

Историки отмечают еще одно загадочное событие тех времен: в Вологде Иван Грозный построил несколько морских судов.

"Тысячи вологжан любовались большими кораблями, красовавшимися на реке против города, — замечает в своей книге "Земной круг" известный русский историк, писатель и исследователь Сергей Николаевич Марков. — Изображения единорогов, слонов, драконов и львов, сверкая золотом и серебром, украшали эти дотоле невиданные отечественные морские корабли".

Для чего же строил Иван Грозный морские суда в Вологде? Ясно, что для плавания по морю. Но вот куда? Точного ответа на этот вопрос нет и сегодня.

Некоторые историки считают, что на этих морских судах царь намеревался плыть в Англию. С. Н. Марков полагает, что корабли были предназначены для плавания на восток, для отыскания морского пути в Китай, ибо "в царствование Ивана Грозного русские открыватели проникали на рубеж Ледовитого и Теплого морей и достигали не только Чукотки и Камчатки, но даже берегов Северной Америки.»

Как бы там ни было, а почти три года жил Иван Грозный в Вологде, лично руководя строительством крепости и собора, который воздвигался по образцу главного великокняжеского храма Московского Кремля – Святого Успенья. Так он поначалу и назывался, до тех пор, пока уже после смерти царя Ивана в 1588 году не был освящен и наречен Софийским – во имя Святой Софии.

Не в ту ли пору рядом с храмом приказал Иван Грозный построить подземное здание для хранения свезенных в Вологду сокровищ, и в их числе, возможно, библиотеки, которые хранил в двухстах тридцати одном сундуке и коробе? Так могло быть.

Не доведя до конца строительство собора, Грозный внезапно покидает Вологду в 1570 году. Народная молва объясняет отъезд царя тем, что в новостроящемся храме ему на голову упала "плинфа красная". Это, якобы, разгневало царя, и он уехал в Москву. На самом же деле Иван Грозный отбыл из Вологды, когда получил тайное известие о новом боярском заговоре в столице, нити которого вели в Польшу. Получив донесение о поимке королевского лазутчика, Иван Грозный и выехал срочно в Москву.