Решение Малера стать композитором получило подкрепление в 1877 году, когда в Вене гастролировали Ференц Лист и Антон Рубинштейн. Посетив их концерты, Густав пришел к выводу, что у него нет достаточного мастерства и необходимой масштабности исполнения, важной для концертирующего пианиста. Этим заключением Малер незамедлительно отмел от себя малейшую возможность фортепианной карьеры. Курс дирижирования в консерватории не преподавали, оставалось одно — сочинительство.

Осознавая потребность в наставнике, разделявшем взгляды на современное искусство, которого Малер так и не нашел в консерваторском образовании, молодой композитор обратился к университетской профессуре. Окончив гимназию, в октябре 1877 года семнадцатилетний Густав начал посещать лекции по литературе, философии, истории музыки и гармонии в Венском университете, где курс гармонии вел тот самый Антон Брукнер, о котором Густав был немало наслышан, в том числе от Ротта. Ганс учился у Брукнера исполнительству на органе и нашел в его лице единственного из музыкантов старшего поколения, по достоинству оценившего его дарование.

Вместе с Вольфом и Роттом Малер никогда не упускал возможности посетить необыкновенные лекции этого незаурядного человека. Презираемый ненавистниками Вагнера, застенчивый и скромный профессор контрапункта композитор Антон Брукнер вел бесконечные споры с авторитетными музыкальными критиками, находясь именно в университетской аудитории. К своему удивлению, он нашел там куда более дружелюбное общество, чем в стенах консерватории, отдававшей приоритет старому искусству. Он инстинктивно понимал, что его реальная значимость для молодых энтузиастов была не столько в преподавании контрапункта, сколько в несении нового знамени, символизировавшего знакомство с более широким миром музыкального искусства.

Брукнер был весьма необычным человеком. В его жизни религия всегда стояла на первом месте, а усердие в молитвах порой перерастало в маниакальную идею. Он был неуклюж, незаметен, во многих вопросах по-детски наивен. Его прямота, непосредственность, грубоватый верхнеавстрийский диалект — всё, даже одежда, выдавало в нем провинциала, которым он оставался до конца своих дней. И это несмотря на десятилетия, проведенные в Вене! При этом Брукнер был очень привлекательным человеком: почти все отмечали особое обаяние его наивной, простой и скромной натуры. Дирижер и пианист Бруно Вальтер растолковывает магнетизм Брукнера так: «Для себя я объясняю эту привлекательную силу его странной индивидуальности сиянием высокой, праведной души с величием музыкального гения, просвечивающего через непритязательную обыденность. Если его общество и сложно назвать “интересным”, то оно было трогательным — да, возвышающим… Его невзрачное тело венчала голова римского императора, которую можно было назвать величественной, с внушительными очертаниями бровей и носа, странно контрастировавшими с кротостью в глазах и в складке рта».

Иногда у Брукнера появлялись болезненные идеи: к примеру, он собирался осушить Дунай, сосчитать звезды, песчинки, листья на деревьях… Периодически он вынужден был обращаться к врачам и проводить курсы лечения от этой мании. Часто он не понимал, что пишет, и уничтожал только что сочиненную музыку. Брукнер мог ходить всё лето в пальто, пока ему не начинали напоминать, что зима уже закончилась. При этом в разговорах о музыке Брукнеру не было равных. Он мог несколько часов подряд разбирать мельчайшие штрихи звуковой ткани, сопровождая свое интереснейшее рассуждение занятными примерами из музыкальной литературы. Так, отвечая на вопрос одного из студентов, он на протяжении целого дня рассказывал об обычном мажорном трезвучии. Будучи крайне религиозным человеком, Брукнер видел божественное проявление во всём, включая материю музыки. В своих лекциях он часто обращался к средствам музыкальной выразительности, придавая им некую одухотворенность: «О, грандиозное форте» или «Господин До мажор».

Познакомившись с Брукнером, Малер стал почитать его так же, как Вагнера. Брукнер увлеченно рассказывал о своем паломничестве в 1876 году на открытие театра в Байройте, ознаменовавшееся первым исполнением вагнеровской тетралогии «Кольцо нибелунга». Его живое участие в судьбах молодых талантов с постоянной готовностью бескорыстно их поддерживать, что-то советовать всегда вдохновляло юных музыкантов. В это время он активно работал над новой редакцией своей Третьей симфонии, премьера которой состоялась в декабре того же 1877 года. Однако оркестранты Венской филармонии саботировали это сочинение: по окончании симфонии они немедленно покинули сцену, не дождавшись аплодисментов, и композитор, в одиночестве стоя на опустевшем помосте, кланялся группе энтузиастов, среди которых был и Густав Малер. Восхищенный творением Брукнера, он самостоятельно осуществил переложение этой симфонии для фортепиано, которое вскоре вышло в свет благодаря издателю Раттигу.

Брукнер и Малер нашли друг друга: оба знали, что такое критика и непризнанность, испытывали любовь к Вагнеру и понимали стратегию развития искусства. Позднее дружба их так сплотила, что Брукнера стали называть приемным отцом Малера. Густав со своими друзьями нередко оказывался свидетелем столкновений Брукнера, в частности с критиком Гансликом, который постоянно разжигал страсти, обрушиваясь с беспощадной тирадой на Вагнера, а впоследствии и на Малера. Известно, что Ганслик пытался не допустить Брукнера к преподаванию в университете, но Брукнер всё же читал там гармонию и контрапункт, сделав теорию музыки частью университетской учебной программы.

Дружбу между Малером и Брукнером можно назвать духовным венцом консерваторских дней Густава. Сохранилось много историй, свидетельствующих о их привязанности и взаимном уважении. С другой стороны, чувство молодого Малера к Брукнеру было преклонением перед великим человеком. Он присутствовал на лекциях Брукнера в университете и видел, какой восторг они вызывали у слушателей. Юный и зрелый композиторы были настолько дружны, что вместе входили и выходили из здания университета. Малер являлся одним из немногих привилегированных гостей в доме Брукнера. Старший друг играл ему отрывки из сочиняемой в тот момент симфонии. Как высший знак уважения маэстро всегда провожал Густава, проходя все четыре лестничных пролета, и расставался с ним у двери на улицу. Вопрос, был ли Малер брукнеровским учеником, не столь важен ввиду неопровержимых доказательств существования их более глубокого взаимного чувства. Однако после смерти Малера было обнаружено письмо, отвечающее на этот вопрос: «Я никогда не был учеником Брукнера. Все думают, что я учился у него, потому что в студенческие годы в Вене часто был в его компании и числился среди его первых учеников. На самом деле, я думаю, что в свое время мой друг Кржижановский и я были его единственными последователями. Несмотря на большую разницу в возрасте между нами, веселый нрав Брукнера и его детская доверчивость сделали наши отношения чистой открытой дружбой. Естественно, понимание и реализация моих художественных и человеческих взглядов невозможны без его влияния. Поэтому я считаю, что, возможно, более оправданно, чем большинство других, называю себя его учеником, и всегда буду делать это с глубокой благодарностью».

Достоинство, непреклонность и прежде всего непоколебимая вера в истинность сказанного, которыми Брукнер отвечал на жестокие обвинения, возносили его выше всяческих нападок. Для Малера в этом заключался нравственный урок, который, несомненно, помогал не падать духом в течение многих лет, когда ему — неизвестному композитору отказывали в признании. Как и Брукнер, не уступавший любым попыткам недоброжелателей принизить или изменить его взгляды, Малер впоследствии никогда не шел на творческие компромиссы. Позже, став концертирующим дирижером, Густав всегда навещал Брукнера в Вене. Надпись, сделанная Малером при дирижировании «Те Deum» Брукнера, стала знаменитой. На обложке партитуры вместо привычных слов «Для солистов, хора и оркестра» он написал: «Для ангельских голосов, чистых сердец и душ, очищенных огнем».