Кизлярский уезд – город Кизляр. В 1827 году уезд преобразован в округ. Со 2 мая 1847 года – вновь уезд. 9 декабря 1867 года часть уезда вместе с городом Кизляром передана из Ставропольской губернии в Терскую область. Оставшаяся в губернии часть территории вошла в состав Новогригорьевского уезда с центром в селе Прасковея;
Моздокский уезд – город Моздок;
Ставропольский уезд – город Ставрополь.
30 апреля 1790 года Кавказская губерния была упразднена и административные учреждения были переведены в Астрахань. Губерния вновь получила статус области в составе Астраханской губернии.
В мае 1793 года Императорская Академия наук и художеств (с января 1803 года Императорская Академия наук) командировала на Кавказ известного натуралиста-путешественника, профессора и ученого-энциклопедиста Петера Симона Далласа, который подробно описал источники горы Машук, а также и сделал впервые качественный химический анализ минеральных вод данного региона (все анализы минеральных вод проводились за пределами Кавминвод – в Петербурге, Москве и Харькове). Солдаты из крепости, жившие близ горячеводских источников, были уже знакомы с их целебными свойствами, и от них в том числе российский ученый узнал, что серные ванны помогают от кожных заболеваний, ревматизма, подагры и т. п. Важнейшим результатом поездки П. С. Палласа было обследование Долины нарзанов (в настоящее время бальнеоклиматическая курортная местность в Кабардино-Балкарии, в 87 километрах к северо-западу от Нальчика), которой он придавал большое значение и предсказал блестящее будущее при становлении санаторно-курортной сферы на КМВ. Подробный отчет о поездке на Кавказские Минеральные Воды, представленный П. С. Палласом в Императорской Академии наук и художеств, Медицинской канцелярии, а также в Провиантской экспедиции Военной коллегии, произвел большое впечатление на их руководство, однако финансировать развитие источников на том этапе решили отложить из-за резкой позиции управляющего Экспедицией для ревизии государственных счетов, тайного советника А. И. Васильева (с сентября 1802 года министр финансов Российской империи). Последующие подробные научные исследования минеральных вод горы Машук и Долины нарзанов были произведены только весной 1801 года химиком И. Симсоном и в 1802 году – штаб-лекарями И. Крушневичем, Ф. Гординским и аптекарем Г. Швенсоном. По полноте и точности солевого состава эти физико-химические анализы можно считать первыми в истории изучения Кавказских Минеральных Вод, положившими начало их официального признания на государственном уровне.
В 1802 году Кавказская губерния была отделена от Астраханской губернии и восстановлена в составе пяти уездов, в том числе:
Кизлярский – город Кизляр;
Георгиевский – город Георгиевск;
Моздокский – город Моздок;
Ставропольский – город Ставрополь;
Александровский – город Александровск, позже переименованный в одноименную станицу.
Губернским городом был назначен Георгиевск. В августе 1822 года Кавказская губерния преобразована в область, а через два года, 2 октября 1824 года, указом Александра I все областные присутственные места переводятся из Георгиевска в Ставрополь. 24 апреля 1803 года император Александр I подписал знаменитый Рескрипт «О признании государственного значения Кавказских Минеральных Вод и необходимости их устройства», после чего началось официальное постепенное становление санаторно-курортной зоны в этом регионе. Таким образом, именно в Пятигорске, который стал первым бальнеологическим центром на КМВ, началась история отечественной курортологии. В том же году была построена Кисловодская крепость (в то время Кислые Воды), положившая начало строительства города, а в дальнейшем и остальной курортной зоны в регионе Кавминводы. А вот официальное присоединение Кисловодской долины к Российской империи произошло только в 1806 году. Несмотря на ряд положительных факторов и официальное признание региона КМВ лечебной местностью, коренное население, проживающее на Северном Кавказе, немногочисленная диаспора русских переселенцев, а также казачества не могли, по мнению Медицинского департамента Военного министерства Российской империи, развивать курорт в широком смысле этого слова. Задачи государственной политики России в области культуры на КМВ базировались на идее вхождения региона в культурное поле империи. Это могло быть реализовано с учетом региональной специфики Кавказских Минеральных Вод. Она заключалась в том, что регион был населен многочисленными горскими народами, исповедующими иные традиции, обычаи и веру и говорящими на разных языках, к тому же располагающими редким природным сокровищем – целебными минеральными источниками. Исследователи этой местности, ученые И. О. Адамс, И. А. Гюльденштедт, Г. Ю. Клапрот, П. С. Паллас, Я. Е. Рейнегс, А. Б. Цеэ и др. обращали внимание на то, что по лечебным качествам и разнообразию свойств равных этим источникам нет нигде в Европе. Все это диктовало особый подход к делу культурного освоения и строительству КМВ прежде всего как курортов. Российская империя не имела опыта курортного строительства, в отличие от стран Западной Европы, где курортное дело успешно развивалось начиная с XVI века. Русское дворянство знало и охотно посещало европейские курорты (в основном во Франции, Чехии, Италии, Баварии и Швейцарии), где к началу XIX века уже была сформирована, построена и отлажена инфраструктура для лечения и досуга.
В этот период – 1800 – 1920-е годы – в окрестностях будущих курортов Пятигорска и Кисловодска поселяются первые западноевропейские колонисты. Целью их официального приглашения от Министерства государственных имуществ Российской империи было лучшее благоустройство и продовольственное обеспечение новых российских здравниц.
Российское правительство, заинтересованное в скорейшем освоении региона, разрешило также переселение поволжских немецких колонистов на Кавказскую линию. Близ Пятигорска в 1802 году выходцами из Шотландии Г. Брунтоном и А. Патерсоном была основана колония Каррас (с 1809 года здесь же поселяются немецкие колонисты – выходцы из Поволжья). В окрестностях Пятигорска в 1819 году немцами была основана колония Николаевская, а в 1831 году – Константиновская (к востоку Машука от станицы Константиновской до Кара). С 1822–1823 годов была учреждена особая строительная комиссия (под ходатайством генерала А. П. Ермолова) и приглашены первые архитекторы – выходцы из Швейцарии братья Джузеппе и Джиованни Бернардацци. В 1823 году для более полного и всестороннего описания лечебных свойств минеральных вод данного региона из Санкт-Петербурга в КМВ был командирован профессор Медико-хирургической академии, основатель отечественной фармакологии А. П. Нелюбин. В 1825 году вышел его капитальный труд «Полное историческое, медико-топографическое, физико-химическое и врачебное описание Кавказских Минеральных Вод», которое много лет было основой для развития кавказских курортов и фактически заложило фундамент для последующей научной и санаторно-курортной деятельности в Российской империи.
Несмотря на массовое строительство одноколейных дорог (больше стратегического назначения, чем гражданского) между активно строящимися городами Георгиевском (с 1802 по 1822 год стал губернским центром Кавказской губернии и столицей КМВ), Пятигорском, Железноводском, Кисловодском и Ставрополем, по сути весь регион Кавказских Минеральных Вод находился под крайне жестким управлением военной администрации генерал-лейтенанта А. П. Ермолова, который в 1822 году приказом императора Александра I был назначен командиром Отдельного Кавказского корпуса, а также управляющим по гражданской части на Кавказе и в Астраханской губернии. Больших перспектив развития санаторно-курортной деятельности при руководстве региона КМВ генералом А. П. Ермоловым не предвиделось, так как немногочисленные бюветы и павильоны для бальнеологических процедур (бальнеолечебницы), выстроенные в Пятигорске и Кисловодске, использовались в основном старшим офицерским составом и крайне редко заезжавшей на Кавказ столичной знатью. Удивительно, но в чрезвычайно важном в стратегическом отношении регионе до 1875 года не было сети железных дорог, впрочем, уже имеющиеся грунтовые дороги тоже не отличались хорошей проходимостью. К середине XIX века регион КМВ считался типичным российским захолустьем, в котором проживать было непрестижно, а порой и опасно из-за периодических восстаний горцев. В Кавказской области часто свирепствовали многочисленные эпидемии малярии, холеры и даже чумы. 2 мая 1847 года указом императора Николая I Кавказская область переименована в Ставропольскую губернию, а три ее округа (Кизлярский, Ставропольский и Пятигорский) стали уездами, что, конечно, повысило ее статус как региона для проживания, но столичный люд не желал ехать в КМВ отдыхать, предпочитая Францию и Швейцарию, в которых санаторно-курортная индустрия к тому времени была фактически образцом для подражания и копирования. В настоящее время практически совсем не упоминается чрезвычайно любопытный факт учреждения 20 января 1820 года медицинским комитетом Министерства внутренних дел Российской империи должности смотрителя Кавказских Минеральных Вод. Как известно, первым смотрителем Вод, назначенным главнокомандующим Кавказской линией генералом А. П. Тормасовым 23 апреля 1810 года, стал надворный советник генерал-майор М. П. Афросимов.