Союз православных братств стал материальным воплощением воли и мысли владыки Иоанна. Под духовным руководством митрополита Иоанна союз православных братств выступал за сохранение чистоты православной веры, возврат нашей церковной жизни в каноническое русло, восстановление Церковного суда. Члены союза были убежденными противниками компромиссов в области вероучения, стояли за выход Русской Православной Церкви из так называемого Всемирного совета Церквей, считали экуменические молитвы грубым попранием церковных правил. Выражая мнение большинства русских православных людей, союз выступал за укрепление церковной дисциплины, против повсеместного распространения сомнительного обливательного крещения, так называемой общей исповеди, небрежного отправления богослужений, неуместного в церкви концертного стиля песнопений и западной живописи. Члены братств протестовали против любых попыток модернизма и обновленчества: намерения перевести богослужения на русский язык, ввести новый календарный стиль и т.п.
Союз православных братств выступал за восстановление самодержавного православного царства, против антихристианских сил, которые стремятся уничтожить Святую Русь, — талмудического иудаизма, сионизма, масонства, сатанизма, а также требовал ограничения деятельности протестантских миссионеров, сектантов, католиков и униатов.
Выражая дух живого народного Православия, Союз выступил первым инициатором канонизации Царской семьи. В 1991 году его активисты собирают подписи под исповедническим воззванием за канонизацию Царственных мучеников. В Москве, Санкт-Петербурге, Сергиевом Посаде, Екатеринбурге, Царицыне, Ялте, Архангельске, Пскове и других городах организуются православные заставы по сбору подписей. Были собраны тысячи подписей. Многие православные на коленях, со слезами на глазах, молились перед святыми ликами Царственных мучеников о заступничестве их перед Богом. В значительной части русских церквей появились святые иконы Царя-мученика Николая и Царственных страстотерпцев. На 2-м съезде Союза православных братств было принято решение просить церковное священноначалие осуществить канонизацию Царственных мучеников, а в 1992 году Союз обращается с этой просьбой прямо к патриарху.
Почитание Царственных мучеников уже в 1993 году приобрело всенародный характер, священники на местах совершали им богослужения по текстам Русской Зарубежной Церкви в положенные дни, иконки с ними находились почти в каждой православной семье и почти в каждом храме.
Всенародное почитание Николая II и его семьи вынудило изменить отношение к ним и иерархов, которые в большинстве своем занимали в этом вопросе двойственную позицию. Большую роль в изменении отношения иерархов касательно канонизации Царя сыграла активная позиция митрополита Иоанна, которую невозможно было игнорировать. Именно владыка
Иоанн стоял за официальным посланием патриарха и Священного Синода к 75-летию убиения Царской семьи, в котором говорилось: «... Грех цареубийства, произошедшего при равнодушии граждан России, народом нашим не раскаян. Будучи преступлением и Божеского и человеческого закона, этот грех лежит тяжелейшим грузом на душе народа, на его нравственном самосознании. И сегодня мы, от лица всей Церкви, от лица всех ее чад — усопших и ныне живущих — приносим перед Богом и людьми покаяние за этот грех. Прости нас, Господи! Мы призываем к покаянию весь наш народ, всех чад его, независимо от их политических воззрений и взглядов на историю, независимо от их этнического происхождения, религиозной принадлежности, от их отношения к идее монархии и к личности последнего Российского Императора... Ныне, отрекаясь от грехов прошлого, мы должны понять: благие цели должны достигаться достойными средствами...»
Синодальная комиссия по канонизации святых Русской Церкви, возглавляемая митрополитом Ювеналием, в течение пяти лет «рассматривала» вопрос о прославлении Царственных мучеников. Фактически это была намеренная проволочка, устроенная через членов Комиссии некоторыми из действующих иерархов, связанными с обновленчеством и экуменизмом и склонными к сотрудничеству с криминальнокосмополитическим режимом и иудо-масонской властью. Комиссия фактически игнорировала как мнение миллионов верующих, почитавших Государя, так и факты канонизации Царственных мучеников в Русской Зарубежной и Сербской Православных Церквях. В работе Комиссии практически не были отражены архивные источники и современные исторические исследования, позволившие в корне пересмотреть ошибочные взгляды на жизнь Царской семьи и ее окружения. Комиссия опиралась на либеральную концепцию оценки царствования Николая II, многие положения которой были фальсифицированы масонами и революционерами в целях дискредитации царской власти и самого Государя. с этой масонской концепцией владыка пытался бороться, приглашая на заседания православных ученых. Однако после его смерти митрополит Ювеналий стал приглашать на заседания комиссии по канонизации святых преимущественно церковных либералов71. Будь жив владыка Иоанн, комиссия никогда бы не позволила сделать такой чудовищный вывод: «Подводя итоги государственной и церковной деятельности последнего Российского Императора, комиссия не нашла в ней достаточных оснований для его канонизации». В такой формулировке сказалась склонность части православных иерархов к политическому компромиссу с нынешней иудо-масонской властью, являющейся прямой наследницей антирусского, антиправославного режима еврейских большевиков 1918 года, осуществившего ритуальное убийство Царской семьи.
Митрополит Иоанн отмечал несомненный ритуальный характер убийства Царской семьи. Убивая Николая II, говорил митрополит, убивали русскую православную государственность. Убивая наследника престола царевича Алексея, преступники убивали будущее России, провоцировали гражданскую войну и распад страны. Эту мысль владыка Иоанн часто повторял как в своих выступлениях, так и в письменных трудах.
После завершения заседания комиссии по канонизации в апреле 1994 года владыка Иоанн перед уходом подозвал меня и попросил подобрать некоторые материалы по истории русского масонства. Он знал, что я работаю в Особом архиве КГБ СССР, и благословил меня на работу по изучению масонства и тайных иудейских сект.
Между прочим, речь зашла о русских как уникальной нации. Владыка Иоанн мягко, но очень убедительно попенял мне за «однобокое увлечение русским вопросом». По мнению митрополита, вопрос этот носит скорее религиозный, чем национальный характер. Тяжелые испытания, обрушившиеся на русских, являются следствием того, что они в течение последних столетий были народом-богоносцем, главным хранителем христианской веры. Поэтому именно на русских пришелся основной удар врагов рода человеческого.
Понятие «русские», сказал митрополит, не является исключительно этнической характеристикой. соучастие в служении русского народа может принять каждый, признающий Богоустановленность этого служения, отождествляющий себя с русским народом по духу, цели и смыслу существования, независимо от национальности.
В нашей стране, говорил владыка Иоанн, национальный вопрос был преимущественно только внешней формой, за которой скрывалось стремление русских сохранить свою веру. Все видимые противоречия: социальные, экономические, политические — имели второстепенное значение, а главным для коренного русского человека всегда оставался вопрос о вере, о святой Руси, воспоминания о которой хранились в тайниках его души. Возрождение Святой Руси во всем величии и единстве Православия, Самодержавия и Народности — главный смысл жизни коренного русского человека. Эту мысль великий православный подвижник постоянно проводил в своих трудах и беседах.
Мою последнюю встречу с митрополитом Иоанном за десять дней до его смерти я никогда не забуду.
Она произошла в резиденции петербургских митрополитов на каменном острове. Один из величайших русских духовных подвижников и мыслителей XX века неуютно чувствовал себя в роскошном особняке. Лепнина и позолота, картины в дорогих багетах были явно не по душе истинному монаху — молитвеннику за русский народ. Из множества апартаментов резиденции владыка Иоанн выбрал себе небольшую комнатку на втором этаже, где стояли его узкая монашеская кровать, небольшой письменный стол, несколько полок с книгами и, конечно, киот с иконами в красном углу.