Покинув заводской причал 15 марта 1939 г, "Лейпциг" вновь включился в маневры и упражнения Разведывательных сил. До войны оставалось совсем немного времени, но крейсер успел совершить еще один короткий зарубежный поход - последний. Пройдя 17 апреля Кильским каналом, он посетил знакомый рейд Танжера, где его командир и командующий Разведывательными силами обменялись визитами вежливости с будущими противниками, французским контр-адмиралом, находившимся на борту новейшего лидера "Могадор", и командиром британского эсминца "Графтон". 18 мая "Лейпциг" возвратился в Киль. 24 мая командующий Разведывательными силами перенес свой флаг на "Нюрнберг".
Короткий "представительский" поход сменился напряженными учениями. За июнь-июль крейсер провел все возможные стрельбы, а также совместные радио- и ходовые упражнения с "Нюрнбергом" и "Кельном". Эти три корабля составляли костяк Разведывательных сил, и предпринимались значительные усилия, чтобы отряд был сплаванным. В промежутках "Лейпциг" служил учебной целью для самых различных кораблей германского флота, от подводных лодок до линкора "Гнейзенау".
В начале войны "Лейпциг", командиром которого в это время был капитан цур зее Нордманн, базировался на Киль. Зоной его действий была Балтика, однако крейсер не принимал участия в боевых действиях против Польши, поскольку в октябре его поставили на двухнедельный ремонт механической установки. После обязательных ремонтных испытаний и учебных торпедных стрельб обновленный корабль перешел Кильским каналом на Северное море, где провел остаток месяца на буе стоянки Брунсбюттель. Не имевшее конкретных целей командование Кригмарине вновь перевело корабль на Балтику, и 1 ноября он прибыл в Свинемюнде, где должен был принять участие в маневрах вместе с "Нюрнбергом", "Кельном" и "Кенигсбергом". В дождливую и темную ночь 7 ноября он столкнулся вблизи Киля с учебноартиллерийским судном "Бремзе", получив повреждения обшивки правого борта. Последовал недельный ремонт в Киле, после которого был получен приказ войти в состав действующего на Северном море отряда контр-адмирала Лютьенса.
Основной задачей отряда, состоявшего из "Нюрнберга", "Кельна" и "Лейпцига", являлось прикрытие минных постановок у восточного побережья Британии, выполнявшихся германскими эсминцами. Первый выход на задание состоялся 12 ноября; в начале декабря последовали еще три - все без потерь и происшествий. 8 декабря последовало распоряжение на очередное задание: прикрытие минной постановки в районе Ньюкасла. Этот выход, названный операцией "Напни- Софи", обещал быть опасным, поскольку разведка доносила о возможности встречи со 2-й крейсерской эскадрой англичан (мощные "города": "Эдинбург", "Саутгемптон" и "Глазго"), периодически базировавшейся на Фирт-оф-Форт. Крейсерам предписывалось занять позицию к северо-востоку от Доггер-банки к моменту возвращения в эту точку эсминцев. Операция несколько раз откладывалась, и только вечером 12 декабря отряд покинул стоянку Шиллинг.
На несчастье немцев, в этот раз у них совершенно отсутствовали силы прикрытия для крейсеров. Все 5 готовых к действиям эсминцев принимали участие в постановке, а сопровождавшие отряд Льютенса во всех предыдущих выходах миноносцы были небоеспособны или находились на Балтике. Между тем, отряду прикрытия приходилось идти в район, где не раз отмечались дозорные английские лодки.
Погода оставалась ясной, и на утро следующего дня Льютенс принял решение использовать в качестзе противолодочного патруля свои гидросамолеты. Около 8 часов отряд прибыл в точку ожидания и приготовился к выпуску гидроавиации. "Арадо" имели только "Лейпциг" и "Нюрнберг"; на "Кельне" же катапульту демонтировали еще весной 1938 г. В течение нескольких часов крейсера (в строе треугольника) и их самолеты утюжили на большой скорости заданный район, ожидая появления своих эскадренных миноносцев с задания. Предполагалось отослать "арадо" на берег, получив взамен прикрытие из летающих лодок с базы гидроавиации. Однако смена не прибыла, и в последующий критический час отряд остался без противолодочного прикрытия.
В 10:40 на горизонте появился датский пароход "Шарков", и "Лейпциг" получил приказ досмотреть его. Два других крейсера образовали противолодочный патруль вокруг застопорившего машины "Лейпцига". После досмотра отряд восстановил строй и дал ход 24 узла. Казалось, наиболее опасный момент миновал, но тут в небе появился самолет - явно не германский. Напряженность сохранялась в течение получаса, когда около 11:20 наконец прибыли долгожданные два "Не-115" прикрытия. Корабли и самолеты еще обменивались опознавательными сигналами, когда головной "хейнкель" начал радировать сигнал: "UUU". К неудаче немцев, позывной дня был именно "U". Пока удивленные офицеры крейсера пытались понять смысл сигнала, британская подводная лодка "Сэмон" успела дать залп и уйти на глубину. В 11:22 с "Лейпцига" заметили в 700 м от корабля следы торпед. Нордман дал команду "Лево на борт", но уклониться от торпед, выпущенных с 30 каб. "Сэмоном", уже не удалось.
Англичане ошиблись с объектом атаки. Командир лодки, капитан-лейтенант Э.Бикфорд, сумел опознать только ближайший к нему "Лейпциг", приняв остальные 2 корабля за "Блюхер" и "Хилпер". В попытке "зацепить" более привлекательный тяжелый крейсер, он приказал выпустить торпеды широким, веером. Возможно, это спасло германский крейсер от верной гибели, поскольку хотя он находился в отличной позиции для подводной атаки, попала только одна торпеда.
Тем не менее, эффект вначале показался сокрушительным. Попадание пришлось в середину корпуса, вблизи переборки между 1-м и 2-м котельными отделениями, на глубине 3-4 метра под ватерлинией. Пробоина имела в длину около 13 м, простираясь от 83-го до 96-го шпангоута. Броневая палуба над местом взрыва вспучилась, а килевая балка деформировалась. Котлы левого борта оказались уничтоженными взрывом, а правого - сброшенными с оснований. Оба отсека почти мгновенно наполнились водой; из них не спасся ни один человек. От толчка обе турбины остановились; правда, правую удалось спустя 15 минут ввести в дело, однако и она постепенно сбрасывала обороты по мере того, как "садился" пар в котельном отделении N3 правого борта, где в питательную воду для котлов попала нефть. Все питательные трубопроводы, паровые магистрали и кабели связи с левого борта оказались разорванными. Сила удара вывела из строя оба гирокомпаса и рулевое управление. Через несколько минут "Лейпциг" накренился на 8° на левый борт. Несмотря на значительный объем затопленных помещений (крейсер принял свыше 1700 т воды), корабль не опрокинулся, поскольку вода заполнила симметрично расположенные отсеки.
Спустя 2 минуты торпеду получил и флагманский "Нюрнберг". Его повреждения оказались менее существенными, а вот "Лейпциг" действительно находился в тяжелом состоянии. Единственным средством передвижения оставались его дизели, которые, к счастью, не пострадали. Крейсер медленно дал ход и покинул поле битвы на скорости 10 узлов. "Зависший" над отрядом британский самолет отогнали огнем, а спустя 2 часа на горизонте показались долгожданные эсминцы. Теперь прикрываемым пришлось самим заняться прикрытием. "Байтцен" и "Хайнеманн" взяли под опеку "Лейпциг", отставший от ушедшего вперед флагмана. "Кельн" остался с тяжело поврежден-ным "сослуживцем"; только ранним утром следующего дня он ушел на базу большим ходом. К эскорту присое-динился эсминец "Шеманн" и сторожевые корабли "F-7" и "F-9", группа тральщиков и морских охотников ("раумботов"). Суда эскорта образовали плотное кольцо вокруг крейсера. И не напрасно.
