В 1929 году в стихотворении «Обед» он писал:

Поэт так и поступил: он отвел свой взор от площадей и стен города и преклонил колени перед растениями и животными, связанными с человеком родственными узами и ждущими избавления от вековечного взаимного уничтожения и страданий.

В 1929 – 1930 годах была написана поэма «Торжество Земледелия», посвященная взаимоотношениям человека и природы. С самого начала работы был намечен ее стержень: от хаоса – к научной упорядоченности мироздания, от эгоизма – к мудрости коллективного преобразования земледелия и всей природы, от животного существования предков – к победе разума. Поэту казалось, что все живое, пронизанное зачаточным грубым сознанием, ждет от человеческого разума прекращения бездумной эксплуатации растений и животных. Он хорошо помнил слова Хлебникова: «Я вижу конские свободы и равноправие коров».

В круг интересов Заболоцкого все более входили философские проблемы естествознания. Он читал труды Платона, Григория Сковороды, Энгельса, Вернадского… В начале 1932 года познакомился с работами Циолковского, которые произвели на него неизгладимое впечатление. В письме к ученому и великому мечтателю писал: «…Ваши мысли о будущем Земли, человечества, животных и растений глубоко волнуют меня, и они очень близки мне. В моих ненапечатанных поэмах и стихах я, как мог, разрешал их».

В начале 30-х годов были написаны поэмы «Безумный волк», «Деревья», «Птицы», несохранившаяся поэма «Облака», стихотворения «Школа Жуков», «Венчание плодами», «Лодейников» – произведения, развивающие натурфилософскую концепцию, которая явно или косвенно служила основой и для более поздних стихотворений Заболоцкого о природе.

Публикация «Торжества Земледелия» в 1933 году вызвала новую волну травли поэта. Совсем недавно войдя в литературу, он уже оказался с клеймом поборника формализма и апологета чуждой идеологии. Составленная им новая, готовая к печати книга стихов (1933 г.) не смогла увидеть свет. Угрожающие политические обвинения в критических статьях и крушение надежд на сборник стихотворений все более убеждали поэта, что ему не дадут утвердиться в поэзии со своим собственным, оригинальным направлением. Эти обстоятельства породили у него разочарование и творческий спад во второй половине 1933-го, 1934, 1935 годах. Вот тут и пригодился жизненный принцип поэта: «Надо работать и бороться за самих себя. Сколько неудач еще впереди, сколько разочарований, сомнений! Но если в такие минуты человек поколеблется – его песня спета. Вера и упорство. Труд и честность…» И Николай Алексеевич продолжал трудиться. Средства к существованию давала начатая еще в 1927 году работа в детской литературе – в 30-х годах он сотрудничал в журналах «Еж» и «Чиж», писал стихи и прозу для детей. Наиболее известны его перевод-обработка для юношества поэмы Ш. Руставели «Витязь в тигровой шкуре» (в 50-х годах был сделан полный перевод поэмы), а также переложение книги Рабле «Гаргантюа и Пантагрюэль» и романа Шарля де Костера «Тиль Уленшпигель».

В январе 1930 года Николай Алексеевич женился на окончившей тот же педагогический институт, что и он, Кате Клыковой. В1932 году у них родился сын Никита, в 1937 – дочь Наташа. Постепенно положение Заболоцкого в литературных кругах Ленинграда укреплялось. С женой и детьми он жил в «писательской надстройке» на Канале Грибоедова, активно участвовал в общественной жизни писателей города. Такие стихотворения, как «Прощание», «Север», «Горийская симфония», «Седов», получили одобрительные отзывы в печати, в 1937 году вышла его книжка, включающая семнадцать стихотворений («Вторая книга»). На рабочем столе Заболоцкого лежали начатые поэтическое переложение древнерусской поэмы «Слово о полку Игореве» и своя поэма «Осада Козельска», стихотворения, переводы с грузинского… Но наступившее благополучие было обманчивым…

19 марта 1938 года Н.А. Заболоцкий был арестован и на шесть с половиной лет оторван от литературы, от семьи, от свободного человеческого существования. В качестве обвинительного материала в его «деле» фигурировали подписанные под пытками ложные показания двух ранее арестованных писателей и клеветническая обзорная рецензия-донос, определяющая творчество Заболоцкого как «активную контрреволюционную борьбу против советского строя». Несмотря на крайне жестокие допросы, он не признал себя виновным, не наклеветал ни на себя, ни на других интересующих следователей людей. До 1944 года он отбывал незаслуженное заключение в исправительно-трудовых лагерях на Дальнем Востоке и в Алтайском крае. С весны и до конца 1945 года, уже освободившись из заключения, он вместе с семьей жил в Караганде. Благодаря хлопотам его друга литературоведа Н. Л. Степанова и заступничеству влиятельных писателей (А. А. Фадеева, Н. С. Тихонова. И. Г. Эренбурга, С. Я. Маршака, П. И. Чагина и др.), в 1946 году Н. А. Заболоцкого восстановили в Союзе писателей, и разрешили жить в столице под негласным наблюдением соответствующих органов. (Документы из «дела» см. в кн.: Никита Заболоцкий. Жизнь Н.А.Заболоцкого. М., 1998; СПб. 2003.)

Начался новый, московский период жизни и творчества опального поэта. Несмотря на все удары судьбы Заболоцкий сумел сохранить душевную прочность и остался верным делу своей жизни – как только появилась возможность, он вернулся к неосуществленным литературным замыслам. Еще в 1945 году в Караганде, работая чертежником в строительном управлении, Николай Алексеевич в свободное от службы время в основном завершил начатый до ареста перевод «Слова о полку Игореве», а в Москве возобновил перевод грузинской поэзии. Переводил он и стихи других народов СССР, а также немецких, итальянских, венгерских и других поэтов. (См.: Н.А. Заболоцкий. Поэтические переводы в 3-х томах. М., 2004 г.).

Период возвращения к поэзии был не только радостным, но и трудным. Счастливые минуты вдохновения сменялись сомнениями, а порой и чувством бессилия выразить то многое, что скопилось в мыслях и искало путь к поэтическому слову. Не случайно в написанных тогда стихотворениях «Слепой» и «Гроза» звучит тема творчества, самовыражения. Но поэт не хотел замыкаться в собственных переживаниях. Так в стихотворении «Уступи мне, скворец, уголок», невзирая на все свои испытания, он восторженно обратил свою душу «к мирозданью лицом», к мирозданью со всеми его противоречиями, горестями и радостями. Но порой и сдерживал себя, еще не вполне доверяя свободе и возрождению своей творческой жизни. С грустной иронией он писал:

Заболоцкий сохранил свой голос. Стихотворения 1946 года, несомненно, относятся к его шедеврам. В них и последующих стихах четко прослеживается логическое продолжение развития творчества 30-х годов. Особенно это заметно в преемственности его натурфилософских представлений, отраженных в таких произведениях 40-х годов, как «Читайте, деревья, стихи Гезиода», «Я не ищу гармонии в природе», «Завещание», «Сквозь волшебный прибор Левенгука…». Но в новых стихах можно обнаружить и определенное развитие мысли поэта. Ранее Заболоцкий упорно искал смысл взаимопроникновения зла и добра, косности и мудрости, тьмы и разума. Теперь он все более утверждается в мысли, что совокупность законов природы неизбежно направляет ее развитие к торжеству высоких духовно-нравственных принципов. Только оплодотворенный высокой нравственностью разум способен освободить природу от зла и насилия во имя торжества справедливости, взаимной любви, красоты, вдохновенного творчества. В этом направлении развития мироздания проявляется та душа природы, которая так убедительно была изображена в стихотворении «Лесное озеро».Чем старше становился поэт, тем более необходимым ему казалось сотрудничество разума и души. Недаром он писал жене из Алтайского края: «Живая человеческая душа теперь осталась единственно ценной». Когда свое программное стихотворение он начинал словами: «Я не ищу гармонии в природе», он одновременно утверждал ее страдающую душу, стремящуюся к этой гармонии: