Аверроизм был осужден католической церковью. Сигер Брабантский, поучавший «неугодным правдам» (по выражению Данте), был убит в папской курии. Однако идеи аверроизма не погибли, в XIV в. они были подхвачены в Падуанском и Болонском университетах, отчасти мыслителями Возрождения, в частности, Помпонацци, Пико делла Мирандолой и Джордано Бруно, их влияние можно обнаружить также в антипапских политических теориях Жана Жандена и Марсилия Падуанского.
В конце XIII в. против томизма выступил английский философ-францисканец Дунс Скот (ок. 1265—ок. 1308), вдохнувший новые силы в номинализм и мобилизовавший его возможности для борьбы против официальной схоластики. Учение Скота зиждется на двух фундаментальных положениях — об однозначности бытия и множественности формальных различий. Разум бесполезен для веры, но он является совершенным инструментом логического познания реального мира. Все, что касается нематериальных субстанций, — вне его компетенции, следовательно истины откровения не могут быть предметом науки, они по существу противоразумны, а мышление есть прерогатива человеческого разума. Тончайший логик (doctor subtilis) Дунс Скот важную роль в процессе познания отводил математике, эмпирико-сенсуалистическим методам. Своим релятивизмом в оценке основных постулатов христианства он объективно подрывал устои религии и в своем учении нес зародыш разрушения схоластики.
Стремление к синтезу проявилось не только в теологии и философии, но и в других сферах интеллектуальной жизни. XIII в. — это столетие «сумм», грандиозных энциклопедических сводов знания, не отличавшихся критическим подходом к собранному материалу, но стремившихся к всеохвату того, что было известно в различных областях, не обязательно строго «научных». В них могли включаться и житейские наблюдения, и моральные рекомендации, и практические соображения, различного рода описания и т.д. Обязательно присутствовало изложение основ христианской теологии. Энциклопедическая традиция, сформировавшаяся еще у истоков средневековья и столь значимая для западноевропейской культуры той эпохи, в XIII в. нашла наиболее последовательное воплощение у Винсента из Бове, который в своем исполинском «Зерцале», состоявшем почти из 10 тысяч глав, постарался дать максимально полный свод знаний своего времени.
Одним из самых популярных сочинений энциклопедического характера в XIII в. была «Книга сокровищ» Брунетто Латини, флорентийского юриста и дипломата, объездившего всю Западную Европу. Свою энциклопедию он написал на французском языке, который в то время уже начинал соперничать с латынью как средство международного общения. Латини был наставником Данте.
К XIII в. традиционно относят зарождение интереса к опытному знанию в Западной Европе. Накапливались технические изобретения, расширялись познания в медицине, химии и других науках. В период крестовых походов европейцы многое позаимствовали на Востоке. Вошли в научный оборот естественнонаучные сочинения античных авторов, арабских ученых (Аверроэса, Авиценны, Аль-Кинди и др.).
В XII—XIII вв. определенный прогресс наметился в области механико-математических знаний. В Европе широкой известностью пользовались итальянские математики и астрономы. «Книга счета» Леонардо Фибоначчи (1202 г.) положила начало деятельности целой плеяды итальянских математиков, которых отличал интерес не только к теоретическим штудиям, но и практическому их применению, что сказалось на развитии инженерного дела, строительной практики, торговли и финансовой системы, расцветших позже в эпоху итальянского Ренессанса.
Изменялось отношение к математике и у более широких слоев. В исторических сочинениях и описаниях городов стало отводиться место «количественным характеристикам». Так, например, Бонвезино делла Рива (XIII в.) в описании города Милана сообщал, что в Милане 6000 фонтанов, 1000 лавок, 150 постоялых дворов, 10 больниц, 120 юристов, 14 монастырей и так далее подробнейшим образом. Его трактат больше напоминал инвентарный список, чем привычное для средневековья чисто описательное повествование. Формировались зачатки математико-статистического взгляда на окружающее, предвосхищавшего некоторые тенденции последующего развития европейского знания.
Центром взаимодействия западноевропейской, византийской и арабской культур было Норманнское королевство в Сицилии, где процветали различные науки, и искусства, развернулась широкая деятельность по переводу философских и естественнонаучных сочинений греческих и арабских авторов на латынь.
В XII—XIII вв. жажда познания не только бога, но и мира охватывала все более широкие слои общества, постепенно переставая быть прерогативой лишь ученой элиты. Развивалось «описательное естествознание». Создавались многочисленные бестиарии (книги о животных), лапидарии (книги о камнях и металлах), физиологии (наставления в природоведении). В Оксфордском университете переводились и комментировались естественнонаучные трактаты древних ученых и арабов. Философ Роберт Гроссетест сделал попытку внесения математических методов в естествознание.
Наиболее ярким примером интереса к естественным наукам является деятельность Роджера Бэкона (ок. 1214—1294), выходца из оксфордской школы, крупнейшего ученого средних веков. Жизнь Бэкона была полна превратностей и лишений. Его преследовала церковь, он несколько раз подолгу сидел в тюрьме. Начав с ультрасхоластических штудий, он в конечном счете приходит к исследованию природы, к отрицанию авторитета, решительно отдавая предпочтение опыту перед чисто умозрительной аргументацией. Он считал, что там, где говорит сама природа, не нужны человеческие «наставления», имея в виду особенно популярный в средневековой школе жанр учебной литературы. Особое значение он придавал математике, методы которой, как он считал, применяются во всех науках. Бэкон достиг существенных результатов в оптике, физике, химии. За ним укрепилась прочная репутация мага и волшебника. О нем рассказывали чудесные истории, утверждали, что он создал говорящую медную голову (первого робота), выдвинул идею воздвижения моста путем сгущения воздуха, создания самодвижущихся судов, колесниц, летательных аппаратов.
Картина духовной жизни средневековья была бы обеднена, если бы мы не сказали о той важной роли, которую играла в ней история. В ту эпоху история не рассматривалась как наука или как занимательное чтение. Она была существенной частью миросозерцания.
Различного рода «истории», хроники, летописи, биографии королей, описания их деяний и прочие исторические сочинения были излюбленным жанром средневековой словесности. Средневековое общество постоянно пыталось соотнести себя с прошлым и будущим. Этому способствовало то, что очень большое значение истории придавало христианство. Христианская религия изначально претендовала на то, что ее основа — Ветхий и Новый завет — принципиально исторична. Существование мира и человека разворачивается во времени, имеет свое начало — творение мира и человека и конец — второе пришествие Христа, когда должен будет свершиться Страшный суд, откроется смысл и свершится цель истории, представленной как путь спасения человечества Богом.
В феодальную эпоху истории летописец, хронограф мыслился как «человек, связующий времена». История была инструментом самопознания общества и гарантом его мировоззренчески-социальной стабильности, ибо утверждала его универсальность и закономерность в смене возрастов человечества, во всемирной истории. Это особенно ярко прослеживается в таких «классических» исторических сочинениях средневековья, как хроника Гвиберта Ножанского, Оттона Фрейзингенского, Уильяма Мальмберийского и др.
Подобный глобальный «историзм» сочетался с удивительным, на первый взгляд, отсутствием у средневековых людей чувства конкретной исторической дистанции. Прошлое они представляли в костюмах своей эпохи, усматривая в нем не то, что отличало людей и события давних времен от них самих, но то, что казалось им общим, универсальным. Прошлое не усваивалось, а присваивалось, как бы становилось частью их исторической реальности. Александр Македонский представал средневековым рыцарем, а библейские цари правили на манер феодальных государей. Это особенно заметно в таком «околоисторическом» жанре, как житийная литература, пользовавшемся в средние века наибольшей популярностью. В XIII в. в средневековой историографии возникли новые тенденции, связанные с развитием городов. Они нашли отражение в «Хронике» итальянского францисканца Салимбене (1221—ок. 1288), отличавшейся острым интересом к событиям мирской жизни его времени, тонкой наблюдательностью и рационализмом в объяснении причин и следствий события, наличием автобиографического элемента, предвещавшим появление нового мировоззрения.
