Территориальная структура древнерусской церкви, состоявшая к XIII в. из 16 епархий с епископами в центрах княжеств, соответствовала территориально-политической структуре Руси того времени. Первоначально церковная организация обеспечивалась централизованной десятиной, выделяемой князем из собранных им даней, судебных штрафов и торговых пошлин. Переход к обеспечению церкви земельными владениями, населенными крестьянами, относится к рубежу XI—XII вв., когда сначала монастыри, а затем и епископские кафедры становились земельными собственниками.
Постепенное превращение русской церкви в феодального собственника вело к важным явлениям в жизни русского общества. Оно значительно расширяло и укрепляло определяющий частнофеодальный уклад, что вело к вытеснению и сужению ранних форм эксплуатации лично-свободного населения путем княжеских даней. Практика передачи феодалами земель по завещанию с целью обеспечить поминание после смерти и моления о прощении грехов вкладчика вела к нараставшему и неограниченному тогда еще увеличению церковной земельной собственности. Это приводило к конфликтам епископов с князьями и городами: в 1159 г. жители Суздаля выгнали поставленного за год до этого епископа Леона, обвинив его в обогащении за счет рядовых священников. После неудачной попытки князя Андрея Боголюбского учредить во Владимире Суздальском митрополию кандидат в митрополиты наложил на город интердикт, заперев церкви и забрав ключи от них, отбирал у бояр села, оружие и коней, а некоторых рядовых горожан превратил в холопов.
Система церковно-монастырской феодальной собственности строилась на организационных основах, отличных от светской. Древнерусская церковная организация в лице митрополита и административно подчиненных ему епископов не являлась верховным собственником всех принадлежавших кафедрам, монастырям и храмам земель, как и соответствующая епископия не была собственником земель входивших в ее епархию церквей. Церковные земли были раздроблены между отдельными церквями.
Связь церковной организации Руси с восточнохристианским центром проявлялась в поставлении в Константинополе на Русь митрополитов-греков, в сохранении за патриархом (и императором, как номинальным главой христианского мира) права суда высшей инстанции по делам веры и церкви, в тесных культурных и церковно-политических связях Византии с Русью. Заинтересованность в этих связях со стороны княжеской власти и городов не позволяла порывать их. Вместе с тем, русские деятели, которые в редких случаях в результате политической борьбы все же оказывались на киевской кафедре (Илларион, Кирилл, Алексий), оставляли заметный след в истории страны.
В политической борьбе на Руси высшие деятели церкви, как правило, не отстаивали или защищали какую-либо свою, особую линию, но лишь разделяли позицию одной из борющихся сторон, выступая как важный идеологический и политический фактор, влиявший на успех той или иной стороны в борьбе княжеских и боярских группировок.
Большую роль в жизни древнерусского города играли монастыри, основывавшиеся главным образом князьями и боярами. Являясь с самого начала земельными собственниками, они не брезговали и торговыми операциями и были также идеологическими центрами. Здесь составлялись летописи, писались жития местных святых, существовали скриптории, готовились кадры для занятия епископских кафедр. В крупных городах, где было несколько монастырей, с помощью княжеской власти возникали архимандритии (центрами их становились наиболее сильные монастыри города), осуществлявшие руководство деятельностью других монашеских организаций.
Во второй половине XIV в. на севере Руси монастыри получили необычайное распространение, когда в сельской местности и в лесах на огромной территории от Москвы до Белого моря было основано выходцами из крестьян и горожан около 40 новых монастырей. Они внедряли интенсивное сельское хозяйство на основе использования дешевой рабочей силы и наряду с хозяйственной деятельностью выполняли идеологические функции.
Свои организации — клиросы — имели и городские церкви. Белое духовенство городов объединялось в клирос при церкви, в которой проводились ежедневные службы. В крупных городах было несколько таких соборных организаций (например, в Новгороде в XV в. — семь соборов). Члены клироса кафедральных соборов участвовали в поставлении священнослужителей, имели функции контроля за городскими мерами и весами, в XIV в. участвовали в суде.
Монголо-татарское нашествие и установление политического господства завоевателей над Русью изменило положение церкви. Она имела теперь дело не только с княжеской властью, но и с иноземными ханами. Признавая их, как «поставленных от бога», она за это сохранила в неприкосновенности свои владения, получила освобождение от собиравшегося завоевателями побора «выхода», от обязанностей давать войско для ханских походов, что вынуждены были делать князья. Таким образом, русская церковь, как и князья, также стала вассалом ханов, и ее иерархи получили возможность отстаивать свои интересы в Орде помимо княжеской власти. Это сделало их активными участниками политической борьбы на Руси в XIV—XV вв. Вместе с тем церковь в XIV в. нередко выступала и как идейный вдохновитель борьбы против ордынского ига, играла серьезную роль в сохранении и укреплении русской народности и в стремлении избавиться от иноверного и иноземного гнета. Так, один из ее крупнейших деятелей Сергий Радонежский, основатель Троицкого монастыря близ Москвы, как свидетельствует житийное сказание, благословил московского князя Дмитрия Донского на великую Куликовскую битву 1380 г., в которой ордынское войско потерпело сокрушительное поражение.
Миссионерская деятельность церкви была одним из средств включения соседних с русскими княжествами народностей в орбиту государственности при сохранении местных форм раннефеодальной организации и племенных князей. В 1207—1210 гг. приняли крещение часть Латгалии и Карелии, в 1227 г. была обращена в христианство почти вся Карельская земля. Принятие новой веры открывало перед «старейшинами» племен возможности поступления на феодальную службу Руси.
Активно вел христианизацию народа коми-зырян устюжанин Стефан, прозванный Храпом. Образованный монах, он не только выучил зырянский язык, но и создал для него особую (пермскую) азбуку и перевел на этот язык богослужебные книги. После прений с местными волхвами, проповедей и сожжения языческих молелен и идолов ему удалось добиться христианизации части края. В 1383 г. он был поставлен епископом новой Пермской епархии. Являясь одновременно наместником Московского великого князя в этом крае, он объединял в своих руках и светскую, и церковную власть, что способствовало успеху его деятельности. В XV в. пермские епископы уже сами вели миссионерскую деятельность за Уралом, в Западной Сибири.
Превращение на Руси христианства в господствующую идеологию приводило к тому, что выступления против существующего строя, как и на Западе и в Византии принимали форму ересей, антицерковных движений.
Наиболее важным среди таких выступлений XIV в. была ересь стригольников, возникшая в середине столетия среди демократических слоев горожан в Новгороде и получившая также развитие во Пскове в первой половине XV в. Это было рационалистическое учение, направленное против государственной церкви как организации культа. Стригольники отрицали церковную иерархию, принятую систему поставления священнослужителей, роль священников как посредников между богом и человеком, выступали против церковных таинств. Господствующей феодальной церкви они стремились противопоставить демократическую общность христиан, не владевших собственностью и возглавляемую учителями, авторитетными для верующих не своим положением, а своим примером. Таким образом, это была попытка заменить феодальную церковь далекой от реальности организацией, в которой воплощались бы раннехристианские идеалы, что было опасно и для самой церкви, и для тесно связанного с ней государства. В 1375 г. в Новгороде еретики были публично казнены, но это не смогло прекратить существование ереси, и в борьбу с ней включились московский митрополит и константинопольский патриарх.
