После этого неудивительно встретить нам от современников сильные жалобы на опричнину. Опричнина с своей стороны не оставалась, как видно, безгласною: говорили против бояр, что они крест целуют да изменяют; держа города и волости, от слез и от крови богатеют, ленивеют; что в Московском государстве нет правды; что люди приближаются к царю вельможеством, а не по воинским заслугам и не по какой другой мудрости и такие люди суть чародеи и еретики, которых надобно предавать жестоким казням; что государь должен собирать со всего царства доходы в одну свою казну и из казны воинам сердце веселить, к себе их припускать близко и во всем верить.

Неудовольствием, возбужденным опричниною, хотели воспользоваться враги Москвы, и неудавшиеся попытки их повели к новым казням, содействовали еще более утверждению опричнины. Какой-то Козлов, родом из московских областей, поселился в Литве, женился здесь, отправлен был гонцом от Сигизмунда-Августа к Иоанну и дал знать королю, что успел склонить всех вельмож московских к измене; отправленный вторично в Москву, Козлов вручил от имени короля и гетмана Ходкевича грамоты князьям Бельскому, Мстиславскому, Воротынскому и конюшему боярину Ивану Петровичу Челяднину с приглашением перейти на сторону короля.

Грамоты были перехвачены; Иоанн велел написать или, вернее, сам написал от имени означенных бояр бранчивые ответы королю и гетману, которые и были отправлены с Козловым. Бельский, Мстиславский, Воротынский успели выпутаться из беды; не успел старик Челяднин и был казнен вместе с женою и соумышленниками: князем Иваном Куракиным-Булгаковым, Дмитрием Ряполовским, троими князьями ростовскими, Петром Щенятевым, Турунтаем-Пронским, казначеем Тютиным. Мы видели, что этот Челяднин участвовал в возмущении народа против Глинских после пожара; князья ростовские возбудили против себя гнев Иоанна с тех пор, как хотели всем родом отъехать в Литву после болезни царя; во время этой болезни князья Петр Щенятев и Турунтай-Пронский выказали себя явными приверженцами князя Владимира Андреевича (1568 г.).

Мы видели, как духовенство русское могущественно содействовало утверждению единовластия; но когда московские единовластители вступили в последнюю борьбу с остатками старины, с притязаниями князей и дружины, то духовенство приняло на себя священную обязанность – среди этой борьбы сдерживать насилие, не допускать торжествующее начало употреблять во зло свою победу; усердно помогая московскому государю сломить притязания князей и членов дружины, духовенство в то же время брало этих князей и членов дружины под свой покров, блюло над их жизнию как членов церкви; так утвердился обычай, что митрополит и вообще духовенство печаловались за опальных и брали их на поруку.

Митрополит Макарий, получивший митрополию вследствие торжества Шуйских, являлся по просьбе молодого Иоанна ходатаем пред Шуйскими за Воронцова, причем подвергался оскорблениям; он пережил Шуйских, пережил волнения, последовавшие за их падением, умел не сталкиваться с Сильвестром и, если верить Курбскому, защищал последнего при его падении, видел возобновление казней и умер в 1563 году; он хотел несколько раз оставить митрополию, но был удерживаем царем и владыками.

Преемником Макария был монах Чудова монастыря Афанасий, бывший прежде духовником государевым. Выговаривая себе неограниченное право казнить своих лиходеев, учреждая опричнину, Иоанн жаловался на духовенство, что оно покрывало виновных, и требовал у него отречения от обычая печаловаться. Афанасий был свидетелем учреждения опричнины, получил позволение отпечаловать боярина Яковлева, князя Воротынского и в 1566 году оставил митрополию по болезни. В преемники Афанасию был назначен Герман, архиепископ казанский; но беседы его, по словам Курбского, не понравились любимцам Иоанновым; Германа отстранили и вызвали соловецкого игумена Филиппа, сына боярина Колычева; Филипп объявил, что он согласится быть митрополитом только под условием уничтожения опричнины; Иоанн рассердился; наконец Филипп уступил убеждениям, что его обязанность нейти прямо против царской воли, но утолять гнев государя при каждом удобном случае.

Филипп дал запись: «В опричнину ему и в царский домовый обиход не вступаться, а после поставленья за опричнину и за царский домовый обиход митрополии не оставлять». Но, отказавшись от вмешательства в опричнину, Филипп не отказался от права печаловаться. Начались казни вследствие дела Козлова; опричнина буйствовала; вельможи, народ умоляли митрополита вступиться в дело; он знал, что народ привык видеть в митрополите печальника, и не хотел молчать. Тщетно Иоанн избегал свиданий с митрополитом, боясь печалований; встречи были необходимы в церквах, и здесь-то происходили страшные сцены заклинаний. «Только молчи, одно тебе говорю: молчи, отец святый! – говорил Иоанн, сдерживая дух гнева, который владел им. – Молчи и благослови нас!» Филипп: «Наше молчание грех на душу твою налагает и смерть наносит». Иоанн: «Ближние мои встали на меня, ищут мне зла; какое дело тебе до наших царских советов?» Филипп: «Я пастырь стада Христова!» Иоанн: «Филипп! Не прекословь державе нашей, чтоб не постиг тебя гнев мой, или лучше оставь митрополию!» Филипп: «Я не просил, не искал чрез других, не подкупом действовал для получения сана: зачем ты лишил меня пустыни?»

Царь выходил из церкви в большом раздумье, это раздумье было страшно опричникам; они решили погубить Филиппа и нашли сообщников между духовными, во владыках новгородском, суздальском, рязанском, благовещенском протопопе, духовнике царском; последний явно и тайно носил речи неподобные Иоанну на Филиппа; отправились в Соловецкий монастырь, привезли оттуда преемника Филиппова, игумена Паисия, доносы которого легли в основание обвинений на суде соборном; защитников Филиппу не было, все молчало.

8 ноября 1568 года опричники с бесчестием вывели Филиппа из Успенского собора, народ бежал за ним со слезами. Местом изгнания для Филиппа назначен был Тверской Отроч монастырь. В 1569 году, проезжая Тверь на походе на Новгород, Иоанн заслал к Филиппу одного из самых приближенных опричников, Малюту Скуратова, взять благословение; но Филипп не дал его, говоря, что благословляют только добрых и на доброе; опричник задушил его. Так пал непобежденным великий пастырь русской церкви, мученик за священный обычай печалования. На место Филиппа возведен был троицкий архимандрит Кирилл.

В 1569 году дошел черед и до того, за приверженность к которому уже многие погибли, дошел черед до двоюродного брата царского, князя Владимира Андреевича. Мы упоминали о клятвенной записи, насильно взятой с Владимира в 1553 году; в следующем, 1554 году, после рождения другого царевича, Ивана, государь взял с двоюродного брата другую запись: держать этого Ивана вместо царя в случае смерти последнего. До какой степени уже Иоанн не доверял брату после своей болезни, доказывает следующее обещание Владимира: «Жить мне в Москве на своем дворе; а держать мне у себя на дворе своих людей всяких… (число людей стерто), а больше того мне людей у себя на дворе не держать, а всех своих служилых людей держать в своей отчине». Иоанн определил поведение Владимира и в том случае, если начнутся междоусобия между молодым царем и родным его братом; Владимир обязывается: «Если который брат родной станет недругом сыну твоему, царевичу Ивану, и отступит от него, то мне с этим его братом в дружбе не быть и не ссылаться с ним; а пошлет меня сын твой, царевич Иван, на этого своего брата, то мне на него идти и делать над ним всякое дело без хитрости, по приказу сына твоего, царевича Ивана. Князей служебных с вотчинами, бояр, дьяков, детей боярских и всяких людей сына твоего мне никак к себе не принимать. Которые бояре, дьяки ваши и всякие люди нагрубили мне чем-нибудь при тебе, царе Иване, и мне за те их грубости не мстить им никому. Без бояр сына твоего, которые написаны в твоей духовной грамоте, мне никакого дела не делать и, не сказавши сыну твоему и его матери, мне никакого дела не решать. Если мать моя, княгиня Евфросинья, станет подучать меня против сына твоего, царевича Ивана, или против его матери, то мне матери своей не слушать, а пересказать ее речи сыну твоему, царевичу Ивану, и его матери вправду, без хитрости. Если узнаю, что мать моя, не говоря мне, сама станет умышлять какое-нибудь зло над сыном твоим, царевичем Иваном, над его матерью, над его боярами и дьяками, которые в твоей духовной грамоте написаны, то мне объявить об этом сыну твоему и его матери вправду, без хитрости; не утаить мне этого никак, по крестному целованию. А возьмет Бог и сына твоего, царевича Ивана, и других детей твоих не останется, то мне твой приказ весь исправить твоей царице, великой княгине Анастасии, по твоей духовной грамоте и по моему крестному целованию».