Гнев и фанатизм находили себе поддержку в холодной политике. Завоевание Португалии (1580 г.) почти удвоило силы Филиппа II. Оно добавило ему единственный флот, который еще мог соперничать с испанским флотом. Обладание португальскими колониями принесло его флагу такое же господство в Индийском и Тихом океанах, каким он пользовался в Атлантическом океане и в Средиземном море; теперь можно было не только вытеснить англичан и еретиков из Нового Света на Запад, но и лишить их участия в прибыльной торговле с Востоком. В Нидерландах и во Франции все, казалось, благоприятствовало планам Филиппа II. Его войска под командой герцога Пармского постоянно одерживали победы в Нидерландах; еще более роковым ударом для его мятежных подданных было умерщвление Вильгельма Оранского. С другой стороны, смерть герцога Анжуйского сделала наследником французской короны Генриха Наваррского, вождя партии гугенотов, что исключало всякую возможность вмешательства Франции.
Чтобы помешать торжеству ереси через вступление на престол короля протестанта, Гизы и французские католики тотчас подняли оружие; но составленная ими Священная лига опиралась главным образом на поддержку Филиппа II, и пока он снабжал ее деньгами и людьми, ему был обеспечен покой со стороны Франции. В это время Фарнезе, взяв Антверпен, одержал свою главную победу; падение города после блестящей защиты убедило даже Елизавету в необходимости вступиться за единственную «узду на Испании, избавлявшую Англию от войны». Лорд Лестер был послан к берегам Фландрии с 8000 человек. С еще более вызывающей смелостью Елизавета позволила Фрэнсису Дрейку с флотом из 25 кораблей напасть на испанские колонии. Поход Дрейка принес ряд побед. За обиды, причиненные английским морякам инквизицией, было отплачено сожжением городов Сан-Доминго и Картахены; берега Кубы и Флориды подверглись опустошению, и хотя флот с золотом ускользнул от него, но Дрейк вернулся (1586 г.) с богатой добычей. Бездействие войск Лестера было прервано только неудачной стычкой при Цутфене, в которой пал Сидни, а между тем Елизавета напрасно старалась воспользоваться присутствием своей армии, чтобы достигнуть соглашения между Филиппом II и голландцами.
В то же время в самой Англии было неблагополучно. Раздраженные преследованием, обманутые в надеждах на внутреннее восстание или внешнюю помощь, пылкие католики обратились к мысли об убийстве, которой умерщвление Вильгельма Оранского придало угрожающе значение. Раскрытие заговора Сомервилля, фанатика, принявшего причастие перед отправлением в Лондон с целью «застрелить королеву из пистолета», вызвало, естественно, строгие меры: католические дворяне и пэры бежали или были арестованы, училище правоведения, где еще оставалось несколько католиков, подвергли сильной чистке, новые кучки священников отправили на эшафот. Допрос и казнь Парри, члена Нижней Палаты, служившего в свите королевы, вызвали общую панику. Собравшийся парламент был охвачен ужасом и чувством преданности королеве. Все иезуиты и «семинарские священники» изгонялись из королевства под страхом смерти. Закон о безопасности королевы навсегда лишал права наследовать корону всякого претендента на нее, подстрекавшего подданных к восстанию или к покушению на особу королевы.
Угроза была направлена против Марии Стюарт. Утомленная долгим заточением, неудачей своих надежд на помощь Филиппа II или Шотландии, провалом восстания английских католиков и интриг иезуитов, она одно время склонялась к покорности. «Позвольте мне уйти, писала она Елизавете, — позвольте мне удалиться с этого острова в какое нибудь уединение, где я могла бы приготовить свою душу к смерти. Согласитесь на это, и я откажусь от всех прав, на которые я или мои родственники можем иметь притязания». Ее просьба оказалась тщетной, и она, отчаявшись, нашла новое и страшное утешение в заговорах на жизнь Елизаветы. Она знала и одобрила обет убить королеву, данный Энтони Бабингтоном и кучкой молодых католиков, большей частью принадлежавших к свите Елизаветы; но и заговор, и одобрение были одинаково известны Уолсингему, а захваченная переписка Марии Стюарт доказала ее виновность. Несмотря на ее протест, комиссия пэров явилась судить ее в Фотерингейском замке, и их обвинительный приговор по постановлениям недавнего закона лишил ее права на корону.
При известии о ее осуждении улицы Лондона засверкали огнями и начался колокольный звон; но, несмотря на просьбы парламента и настояния Совета казнить ее, Елизавета не решалась на это. Однако сила общественного мнения увлекала все за собой, и единодушное требование народа вынудило, наконец у королевы согласие против ее воли. Она бросила на пол подписанный приказ, и Совет принял на себя ответственность за его исполнение. Смерть на эшафоте, воздвигнутом в зале Фотерингейского замка, Мария встретила так же бесстрашно, как и жила. «Не плачьте, — сказала она своим фрейлинам, — я дала за вас слово». «Скажи моим друзьям, поручила она Мелвиллю, — что я умираю доброй католичкой».
Едва казнь свершилась, как гнев Елизаветы обрушился на министров, вырвавших у нее приказ. Сесиль, ставший теперь лордом Берли, на время впал в немилость. Дэвисон, передавший приказ Совету, был посажен в Тауэр в наказание за шаг, расстроивший политику королевы. Действительно, смерть Марии Стюарт, казалось, положила конец несогласиям английских католиков и тем устраняла с пути Филиппа II последнее препятствие. Мария передала ему как ближайшему родственнику католического вероисповедания свои права на корону, и с этого времени надежды ее приверженцев были связаны с Испанией. Чтобы побудить Филиппа II к действию, не нужно было нового толчка. Победы Дрейка показали ему, что для безопасности его владений в Новом Свете необходимо завоевать Англию. Присутствие английской армии во Фландрии убедило его в том, что путь к завоеванию Нидерландов идет через Англию. Поэтому действия Фарнезе, ввиду более крупного предприятия, были приостановлены. Из всех портов испанского берега были собраны корабли и припасы для флота, который уже три года назад начали формировать на Тахо. Филиппа II сдерживала только боязнь нападения со стороны Франции, где дела Лиги шли неудачно.
Слухи о вооружении Армады снова вызвали Дрейка в море (1587 г.). Он отправился с 30 небольшими судами, сжег в гавани Кадиса перевозочные суда и галеры, взял приступом гавани Фаро, и только приказы с родины помешали его попытке напасть на саму Армаду. Но высадка в Ла-Корунье завершила то, что Дрейк называл «поджиганием бороды испанского короля». Елизавета воспользовалась смелым ударом для возобновления переговоров о мире, но испанская гордость была задета за живое. Среди обмена протоколов Фарнезе собрал для будущего вторжения 17 тысяч человек, составил в Дюнкирхене флот из плоскодонных транспортов и нетерпеливо ожидал Армады для прикрытия переправы. Но нападение Дрейка, смерть первого адмирала и зимние бури помешали отплытию флота. Еще сильнее задерживала его боязнь Франции, но весной 1588 года терпение Филиппа II было вознаграждено. Лига восторжествовала, и король очутился пленником в ее руках. Армада тотчас отплыла из Лиссабона, но едва она вышла в море, как буря в Бискайском заливе погнала ее разбросанные суда в Ферроль. Только 19 июля паруса Армады были замечены с мыса Лизард, и сигнальные огни передали тревогу вдоль берега Англии. Весть эта нашла страну готовой. В Тилбери была собрана армия под командой Лестера, ополчения центральных графств собрались в Лондоне, а милиция юга и востока приготовилась к отражению высадки на том или другом берегах. Если бы Фарнезе высадился в самый ранний из предполагаемых им дней, он нашел бы путь в Лондон прегражденным более крупным войском, чем его собственное, — притом войском, в рядах которого было много людей, уже успешно сражавшихся с его лучшей пехотой во Фландрии. «Когда я произведу высадку, — предостерегал он Филиппа II, — мне придется давать одну битву за другой, придется терять людей от ран и болезней, придется оставлять за собой отряды для охраны моих сообщений; в короткое время силы моей армии ослабеют настолько, что я буду не в состоянии идти вперед на глазах неприятеля, а еретики и другие враги Вашего величества получат время вмешаться; в то же время могут появиться большие затруднения, которые погубят все, и я не буду в состоянии их устранить». Действительно, даже в случае высадки Фарнезе успех испанцам могло обеспечить только восстание католиков, а в этот критический момент в сердцах английских католиков патриотизм оказался сильнее религиозного фанатизма. Католические лорды командовали своими судами рядом с Дрейком, Чарльзом Говардом, лордом Эффингемом, католические дворяне привели своих вассалов в Тилбери. Но для обеспечения высадки вообще испанцам нужно было владеть Ла-Маншем, а там стоял английский флот, готовый к упорной борьбе за господство над проливом.