Памела Джонс скончалась от лейкемии в возрасте 2-х лет. Однако вскоре у Брайана появилась сестра Барбара (род. в 1946 г.). Шумный и энергичный Брайан со временем стал ребенком, что называется, в себе. Как вспоминала его мать, он с самых ранних лет старался вести себя не как все. Вполне вероятно, что индивидуальность Брайана сложилась особым образом в результате того, что в детстве он отличался слабым здоровьем и поэтому нуждался в постоянном внимании родителей. В четыре года он перенес крупозное воспаление легких, что в последующие годы переросло в бронхит, а затем в астму, принявшую отчетливый нервный характер в более зрелом возрасте, когда ее приступы приключались у Брайана в моменты сильного стресса. До восьми лет Брайан жил с родителями и сестрой в доме под названием «Rosemead» под №17 на Эльдорадо-роуд. В 1950-м семья Джонсов переселилась в дом «Ravenswood» №335 по Хэтэрли-роуд. Это была традиционная провинциальная двухэтажная постройка с белыми стенами, по одному окну на каждом этаже, с ромбовидной кладкой из красного кирпича у входной двери. Перед домиком был живой островок — лужайка и деревья: самое подходящее место для детских игр.
Летом — обычно после семейных походов на пляж — Брайану становилось трудно дышать, и он начинал кашлять. После приступов кашля Брайан медленно приходил в себя. В такие минуты он отдалялся от своих друзей, садился под деревом, опирался на него спиной и наблюдал, как дети веселятся без него — это прямо-таки настоящая сценка из песни «As Tears Go By». Как вспоминала Луиза, подобные вынужденные уединения превратили его в меланхоличного и мечтательного мальчика.
Брайан рано проявил себя чрезвычайно способным ребенком. Его не нужно было заставлять заниматься познавательной деятельностью. Он любил ходить с родителями на выставки поездов, где над ним возвышались огромные локомотивы и, вернувшись домой, упражнял свою фотографическую память, проводя целые часы за тем, что вырисовывал мельчайшие детали этих локомотивов в своих альбомчиках для рисования. Именно эта страсть Брайана к транспорту заставила его отца соорудить для него игрушечный деревянный автобус-даблдеккер, оснащенный фарами и сигнальным рожком, с которым Брайан играл и в зрелые годы, когда приезжал домой.
Когда Брайану исполнилось шесть лет, Луиза наняла ему первую учительницу по музыке, которая начала давать ему уроки игры на фортепиано. Сама Луиза учила сына сольфеджио. От пианино Брайан вскоре перешел к блокфлейте, а от нее — к кларнету, но учителя у него долго не задерживались. Успехи Брайана в занятиях музыкой были настолько ощутимыми, что его отец даже начал подумывать о том, не светит ли его сыну карьера классического музыканта. Одной из любимых пьес Брайана был Концерт для кларнета с оркестром Вебера, который он с блеском исполнял под фортепианный аккомпанемент матери.
В 1947-м году Брайан поступил в начальную платную частную школу Дина Клоуза, основанную в Челтнеме во второй половине XIX века. Здесь он сразу же проявил себя в таких предметах, как музыка и родной язык. Еще в первом классе ему было дано задание каждую неделю писать небольшое сочинение. Брайан придумал космическую историю с продолжением и каждый раз сочинял новую главу. Это так понравилось его учителю, что тот с нетерпением ждал каждого продолжения.
В детстве Брайан носил очки. Примерно в девять лет ему стало казаться, что он очень некрасив. Брайан протестовал против ношения школьной формы и все время прятал свои шорты и блейзер, чтобы мать не могла его одеть. В то время у учителей еще не было привычки называть учеников по имени, и он был известен учителям как Джонс Л.Б.Х. По окончании начальной школы в 1953 г. Брайан поступил в престижную челтнемскую среднюю школу Пейта на Хай-стрит (то здание, в котором она располагалась, уже снесено) в районе Променада. Школа эта была основана в 1574 г. Ричардом Пейтом, тогдашним членом британского Парламента от Глостершира. Пейт был похоронен в 1588 г. в кафедральном соборе Глостера, и эпитафия на его надгробии одновременно стала и девизом школы, который был выгравирован на ее гербе: «Patebit tum quod latuit» (лат. «Все тайное станет явным»). Для того чтобы быть зачисленным туда, Брайан блестяще прошел ответственный экзамен, разделяющий детей по способностям. Директором школы тогда был доктор Артур Белл, считавший его «интеллигентным бунтарем». К тому времени Брайан стал интровертным, погруженным в себя. С годами характер Брайана развивался в пику школьным правилам, что выливалось в регулярные вызовы «на ковер» к доктору Беллу. Однако когда приходила пора экзаменов, он был на высоте.
Мать Брайана вспоминала, что он делал ощутимые успехи в физкультуре, особенно в крокете, настольном теннисе и дзюдо. Кроме того, он был хорошим ныряльщиком, хотя плавание как вид спорта его не особо интересовало. Позднее, впрочем, Брайан говорил, что в детстве футбол и крокет казались ему «скучными». Когда Брайану нужно было играть в футбол, он внезапно начинал хромать или кашлял весь день с целью быть исключенным из списка игроков.
В старших классах у Брайана начались проблемы с дисциплиной: так, он никогда не стучался в дверь класса, когда опаздывал. Его IQ равнялось внушительному коэффициенту 135, но в классе он чувствовал себя явно не в своей тарелке. Против него были дважды приняты дисциплинарные санкции. В первый раз это случилось, когда он выступил против обязательного ношения соломенных шляп летом и прямоугольных шляп с кисточкой зимой («нераскаянным грехом» Брайана было использование своей шляпы в качестве бумеранга, которая в конце концов, как он того и добивался, просто развалилась на мелкие кусочки). Во второй раз Брайан стал лидером забастовки против старосты класса, и за это его на некоторое время даже отлучили от учебы. Эта штрафная неделя должна была стать горьким уроком для Джонса Л.Б.Х., но вместо того, чтобы раскаяться, Брайан провел все время своего изгнания в челтнемском бассейне «Lido» и вернулся в школу героем.
Родители Брайана почувствовали себя очень задетыми этим его наказанием. Отец понимал, что школа была не лучшим средством к образумлению сына, но его отношения с доктором Беллом от этого только ухудшились. Дома родители строго спрашивали с Брайана за жалобы, которые они получали из школы, на что тот отвечал невозмутимым тоном: «Ведь это всего лишь учителя. Они же ничего не делают!» Льюису было просто нечем крыть. Между Брайаном и родителями постепенно возник непреодолимый барьер. Брайан понимал, что для того, чтобы войти к ним в доверие, нужно было отказаться от любых проявлений своей личности и своих интересов.
Бунтарство Брайана проявилось даже в его занятиях музыкой: от классики он переметнулся к джазу, который, как вспоминал его отец, «стал для него абсолютной религией». Льюису и Луизе вскоре стало казаться, что эту страсть в нем надо пресечь на корню. Брайан, к 12 годам самоучкой овладев игрой на гитаре, прекратил разучивать классические пьесы на пианино и кларнете. Спустя два года он увлекся творчеством Чарли Паркера. Брайан продал кларнет, который купили ему родители, и на эти деньги приобрел подержанный альт-саксофон. (Профессиональные музыканты хорошо знают, что кларнетистам перейти к игре на саксофоне чрезвычайно легко, так как у этих инструментов один и тот же способ звукоизвлечения и почти идентичная аппликатура.) Предвидя яростное противодействие своим занятиям, Брайан прятался в спальне, где играл за закрытыми дверями. Родители считали, что если бы Брайан посвящал учебе столько же времени, сколько он отдавал музыке, то вскоре стал бы превосходным учеником.
В общественной жизни Брайана, в отличие от домашней, в то время наступил небольшой просвет, так как он присоединился к местной скиффл-группе. Он играл в ней на стиральной доске и абсолютно не стыдился столь плебейского инструмента, так как все ребята в группе в основном валяли дурака, а не играли настоящую музыку. Позднее, когда Брайан выучился неплохо играть на саксофоне, стиральная доска, конечно же, была заброшена. Оркестры с его участием — под управлением Джока Хендерсона, Джона Кина и Алекса Уэлша — выступали перед концертами заезжих джазовых звезд: тромбониста Криса Барбера и Хамфри Литтлтона, признанных лидеров биг-бендов.
