Ещё в декабре 1986 года в Москву из горьковской ссылки был возвращён академик Сахаров. В феврале 1988 года была проведена официальная реабилитация вождей антисталинской оппозиции Бухарина, Рыкова и др. В 1989–1990 годах в советском гражданстве были восстановлены выдающиеся деятели культуры и искусства, которых в период «застоя» вынудили эмигрировать из страны (Ростропович, Вишневская, Войнович, Аксёнов, Копелев, Владимов, Солженицын). В это же время многие диссиденты получили возможность не только приехать в страну, но и выступить перед многочисленной аудиторией по телевидению и на страницах газет и журналов. Убеждённые сталинисты не могли в свободных дискуссиях ни противостоять поднявшейся волне ежедневных разоблачений, ни веско опровергнуть факты, свидетельствующие о преступлениях тоталитарного режима. Радикальные сторонники перемен открыто вели разговоры о необходимости покончить с монополией КПСС на власть и отменить злополучную 6-ю статью Конституции.

Однако антиперестроечные силы не теряли надежды взять реванш. 13 марта 1988 года в газете «Советская Россия» было опубликовано письмо преподавателя Ленинградского технологического института Нины Андреевой «Не могу поступиться принципами». Это был «манифест антиперестроечных сил», поддержанный рядом влиятельных членов Политбюро: Лигачёвым, Громыко, Воротниковым. На состоявшемся заседании Политбюро Горбачёв решительно осудил публикацию статьи и квалифицировал её содержание как «создание антиперестроечной платформы». Большинство членов Политбюро поддержали позицию Генерального секретаря, и 5 апреля газета «Правда» дала официальный отпор этой попытке сталинистов взять реванш. Атака сталинистов была отбита.

Ветер перемен, поднявшийся в обстановке перестройки и гласности, способствовал выходу наружу и резкому обострению давних этнических конфликтов, до этого в скрытой форме тлевших на окраинах Советского Союза. В стране усилились центростремительные тенденции, в национальных республиках обострились сепаратистские настроения. Всё это давало мощный козырь антиперестроечным силам, жаждущим наведения «порядка».

17–18 декабря 1986 года — волнения на этнической почве в столице Казахстана Алма-Ате. Погибли три человека.

6 июля 1987 года — демонстрация крымских татар на Красной площади в Москве с требованием разрешить им вернуться в Крым, откуда они были насильственно выселены в годы Великой Отечественной войны.

28–29 февраля 1988 года — антиармянские беспорядки в городе Сумгаите Азербайджанской ССР. Погибли 32 человека, ранены 197 человек. Начало армяно-азербайджанского конфликта из-за Нагорного Карабаха.

18 сентября 1988 года — вооружённое столкновение у села Ходжалы в Нагорном Карабахе между армянами и азербайджанцами. Через три дня в Нагорном Карабахе было введено особое положение, а в столицу автономии Степанакерт были введены войска.

Ноябрь 1988 года — новый виток армяно-азербайджанского конфликта. Массовый исход беженцев из обеих республик. Азербайджан покинули около 200 тысяч армян, из Армении депортировали 120 тысяч азербайджанцев. В Ереване было введено чрезвычайное положение.

9 апреля 1989 года — разгон подразделениями МВД и войсками Закавказского военного округа антиабхазского митинга в Тбилиси. Применялся слезоточивый газ. Погибли 19 человек. Сотни митингующих получили травмы.

3–15 июня 1989 года — погромы в Ферганской долине. В результате насилия узбеков над турками-месхетинцами только 4 июня погибли 103 человека, из них 52 турка-месхетинца и 36 узбеков.

13 июля 1989 года — вооружённые столкновения между таджиками и киргизами в таджикском городе Исфара.

15–16 июля 1989 года — вооружённые столкновения между абхазами и грузинами в столице Абхазии Сухуми. Погибли 11 человек, ранено 127.

13–20 января 1990 года — армянские погромы в Баку и других городах Азербайджана. Погибли 148 человек, 503 получили ранения. В Баку было объявлено чрезвычайное положение и введены войска. В столкновениях с армией погибли 130 человек и около 700 получили ранения.

10 февраля 1990 года — погромы в Душанбе, направленные против эвакуированных из Баку армян и всех живущих в городе нетаджиков. Погибли от 20 до 35 человек, более 500 получили ранения.

4 июня 1990 года — столкновения между киргизами и узбеками в Ошской долине Киргизии. Погибли 185 человек.

27 ноября 1990 года — Верховный Совет Чечено-Ингушской АССР принял «Декларацию о государственном суверенитете».

4 января 1991 года — грузино-осетинский конфликт в Южной Осетии. В течение года грузинские отряды были вытеснены из автономии.

12–21 января 1991 года — столкновения между населением и союзными силовыми структурами в Вильнюсе и Риге. Погибли 13 человек, в том числе один военнослужащий.

В октябре 1987 года на пленуме ЦК КПСС Ельцин выступил с резкой критикой в адрес Лигачёва и Горбачёва, публично заявив, что перестройка пока что ничего не дала населению страны. Это выступление хотя и предопределило снятие Ельцина с поста 1-го секретаря МГК, в одночасье превратило его в лидера антипартийной оппозиции, получившего мандат доверия не только членов партии, но и широких слоев населения.

28 июня — 1 июля 1988 года состоялась XIX Всесоюзная партийная конференция, которая приняла решение о созыве Съезда народных депутатов СССР. Конференция обострила противостояние между либеральным и консервативным крыльями коммунистической партии. Выборы народных депутатов были первыми в истории СССР свободными выборами и сопровождались ожесточённой предвыборной борьбой. Партия продолжала контролировать ситуацию в стране, что позволяло окружным избирательным комиссиям отклонять кандидатуры неформалов и обеспечило депутатские мандаты 85 процентов коммунистов от общего числа избранных народных депутатов. Однако избирательная кампания проходила в условиях быстрой политизации миллионов людей и многотысячных демократических митингов. Именно поддержка населения позволила Ельцину одержать убедительную победу: за него проголосовало 89,4 процента избирателей. Кроме него депутатские мандаты получили люди с демократическими и даже антисоветскими убеждениями: А. Собчак, Г. Старовойтова, Г. Попов, Г. Бурбулис, академик Сахаров, С. Станкевич, Ю. Афанасьев и др. 25 мая — 9 июня 1989 года в Москве прошёл 1-й Съезд народных депутатов СССР. Заседания съезда транслировались по телевидению в прямом эфире. Постоянные нападки, которым подвергалось «агрессивно-послушное большинство» съезда со стороны немногочисленных демократов, становились достоянием гласности и способствовали росту демократических настроений в стране. На заключительном заседании съезда академик Сахаров потребовал отменить 6-ю статью Конституции. После длительной и ожесточенной борьбы 13 марта 1990 года 3-й Съезд народных депутатов внес поправки в Конституцию СССР, переформулировал эту статью и изъял положение о «руководящей роли» КПСС. 15 марта 1990 года на этом же съезде Горбачёв был избран первым Президентом СССР.