В 1918 Шиле стал участником 49-й выставки Сецессиона, на которую было отобрано 50 работ художника. Они имели громкий успех, повысивший спрос и цену на его искусство. Не менее успешными были выставки в Праге, Цюрихе и Дрездене.

После смерти Климта весной 1918 высокий интерес к творчеству Шиле должен был сделать его главной фигурой в искусстве Австрии, но этого не случилось. Осенью того же года пандемия испанского гриппа унесла жизни всех членов семьи мастера — Эгона, Эдит и их нерожденного шестимесячного младенца. Художник умер через три дня после смерти супруги, успев за это время сделать несколько набросков с ее изображением. Последней картиной стало пронзительное полотно «Семья» (1918, галерея Бельведер, Вена), на котором он представил себя, жену и маленького ребенка.

Сложные отношения Шиле с матерью, смерть троих братьев в младенчестве стали лейтмотивом серии работ, появившихся в 1908–1915. Эти произведения, наполненные мистицизмом, противопоставлением жизни и смерти, вполне отвечают программе символизма.

Композиция картины «Мертвая мать I» тяготеет к построению образов Мадонны старых мастеров: представлена женщина, нежно обнимающая младенца. Тем не менее здесь нет ни тени умиления сценой — мать мертва, она не дарит жизнь, а забирает ее. Пока живой ребенок скоро последует за ней в царство теней.

Колористическое решение и идея работы обнаруживают также связь с творчеством Мунка, трактовавшего тему материнства с точки зрения боли и страданий. В палитре преобладают темный колорит, землистые оттенки черного. Ребенок, изображенный в центре композиции, является самым ярким цветовым пятном. Он все еще жив, но его судьба предрешена. Своеобразный черный кокон, в котором находится дитя, прильнувшая к нему фигура матери создают впечатление, что вскоре мгла сомкнется и так недавно начавшуюся жизнь полностью поглотит небытие.

В последний раз Шиле затронул тему материнства в картине «Мать с двумя детьми II». Композиционное строение полотна более сложно, чем в ранних произведениях серии. Здесь можно говорить о наложении друг на друга двух иконографических типов Мадонны и их новой трактовке. На картине изображена сидящая женская фигура, укутанная в бесформенное одеяние. Один из детей лежит у нее на коленях. Эта композиция полностью соответствует иконографии Пьеты, к которой обращались такие мастера, как Микеланджело, Тициан и многие другие художники. Второго ребенка женщина обнимает и льнет к нему. В этом случае Шиле снова обращается к иконографии Мадонны с младенцем.

Колористическая гамма «Матери с двумя детьми II» отличается от ранних работ серии. Она гораздо светлее и ярче, чем ее предшественницы. Тем не менее напряженное мрачное настроение никуда не исчезло. К чистым оранжевым, желтым и зеленым цветам Шиле примешивает грязный серо-зеленый колорит. Этот эффект лишает картину какого-либо умиротворения, добавляя к ощущению безысходности смерти момент нервного ожидания.

Данная картина Шиле завершает небольшую серию, в которой были также «Видящий собственного духа I» (1910, галерея Сент-Этьен, Нью-Йорк) и «Пророки» («Двойной автопортрет», 1911, Галерея искусств Мальборо-Герсон, Нью-Йорк). Несмотря на схожесть в композиционном построении — плоский фон, две фигуры на переднем плане, — произведения наполнены разными аллегориями. Если в «Видящем собственного духа I» Шиле наделяет свое второе «Я» фемининными чертами, то в «Двойном автопортрете» рассматривается тема противоречивости пророчеств. Главным в этой работе является стремление к спиритуальности как в визуальном, так и концептуальном разрезе. Данный подход находит более развитое выражение в «Видящем собственного духа II» («Смерть и мужчина»). Фигура мужчины, размещенная на переднем плане, трактована в абстрактной манере, но более конкретно по сравнению с изображением стоящей за ней Смерти. Смерть мягко прикасается к Жизни с каким-то смущенно-застенчивым выражением лица. Картина выполнена в темных тонах. Акцент на бестелесности Смерти Шиле делает цветом — самым светлым и ярким пятном на холсте является именно ее фигура. Складывается впечатление, что она полупрозрачна, соткана из светящейся эфирной субстанции.

Картина «Отшельники» продолжает тему амбивалентности, начатую в обеих версиях «Видящего собственного духа», «Пророках». С этой серии у Шиле появляются работы, в названиях которых слышится религиозный оттенок. Себя в полотнах он изображает в монашеском образе. Композиционное строение холста имеет ту же структуру, что и в названных произведениях: смысловой центр представлен двумя сливающимися друг с другом мужскими фигурами, написанными в натуральную величину. Это сам живописец (слева) и его наставник Климт (справа). Художник делал акцент на своем намерении изобразить фигуры так, чтобы не было ясно, каким образом они объединяются в целое. Сросшиеся тела, облаченные в черные одежды, покроем напоминающие те, что любили носить Климт и подражавший ему Шиле, стоят на земле. В этой двусмысленной трактовке кроется поэтическая идея произведения. Творцы «вмяты» друг в друга, рождая новую субстанцию — своеобразное «облако праха», восстающее из земли, являющееся ее продолжением. Их объединяет декадентский эмоциональный настрой — очевидно, что облако будет развеяно, когда живописцы израсходуют отмеренный им запас сил.

Квазирелигиозная идея произведения заключается в сравнении художника, отвергаемого массовой, официальной культурой, с мучеником. Шиле предлагает необычную трактовку образа Климта. Перед зрителем предстает изможденный человек. Его лоб исчерчен глубокими морщинами, ввалившиеся глаза с темными кругами прикрыты. Утратившая силы фигура опирается на плечо, подставленное Шиле. Как уже упоминалось, идеи Климта, которые он начал внедрять в изобразительное искусство, были приняты неоднозначно. Его творчество к моменту написания данной картины постепенно начинало выходить из моды. Собственный портрет Шиле трактует более активно: полные губы, контрастирующие с впалостью щек, болезненно-энергичный взгляд широко раскрытых глаз, голова, украшенная венком из высохшего чертополоха. Он предстает защитником нового авангардного течения в искусстве.

Картина Шиле «Кардинал и монахиня» считается ответом художника на тюремное заключение. Она — парафраз «Поцелуя» Климта (1907–1908, галерея Бельведер, Вена), вышедшего из-под кисти мастера в 1907. При очевидной общности темы и композиции произведение Шиле является антиподом «Поцелуя». В отличие от наполненной позитивным чувством работы Климта «Ласка» становится воплощением темных страстей. Художник отказывается от золота, делая фон полотна непроницаемо-черным. Неестественность объятий подчеркнута сложенными в молитвенный жест руками. Здесь нет и следа от чувственности картин Климта — на лице монахини написано смятение.

Произведение построено на контрастах светлых, почти белых карнаций, фона, черных и ярко-красных одеяний. Замысел полотна заключается в передаче высвобожденного сексуального желания, абсолютно запретного и преступного для католиков, облаченных саном.