Однажды, 31 марта 1568 года, царь решил поехать с опричным войском к обедне в Успенский собор. После обедни царь подошел к Филиппу за благословением. Но Филипп молчал. Царь еще пару раз обратился к Филиппу, но Филипп молчал. Наконец не выдержали перепуганные бояре, они стали просить митрополита дать царю благословение. Филипп не дал. Напротив, он припомнил царю все его опричные подвиги. Иван рассердился и стал грозить Филиппу. Тот спокойно ответил, что служит только Богу, а лютой смерти не боится, ибо «мы на земле всего лишь насельники». Царь уехал в слободу в ярости, в этот же вечер он замучил князя Пронского.

Другой раз царь и митрополит столкнулись в Новодевичьем монастыре, где Филипп был по случаю храмового праздника. На этот праздник после разорения боярских вотчин приехали и царь со своей вечной свитой. Все были пьяны. Увидав, что кто-то из опричных стоит в шапке, Филипп оскорбился — это было нарушение правил. Он тут же обратился к царю: «Царь, разве прилично благочестивому держать агарянский закон?» Иван не понял и стал кричать только: «Как? что? кто?» «Один из ополчения твоего, из лика сатанинского», — сказал всенародно Филипп.

Иван вернулся в слободу в ярости. Он решил извести неуживчивого митрополита.

Составился заговор между царем и послушными ему иерархами. Стали собирать на Филиппа компромат, с большим трудом нашли готовых солгать, собрали собор, тогда царь и стал укорять митрополита неправыми обвинениями. Митрополит это выслушал и сказал, что смерти не боится, за должность не держится, так что готов хоть сейчас сложить с себя сан — и положил свой жезл, мантию и белый клобук (отличительные знаки сана). Повернулся и пошел к дверям. Царь впал в неистовство, он пообещал, что так легко Филипп не отделается, и приказал тому служить обедню на Михайлов день. Митрополит все понял. Он готовился к смерти.

Во время обедни в храм вошли опричники во главе с Басмановым. Они вытащили митрополита из алтаря, сорвали митру и облачение, надели на него драную рясу и повезли в Богоявленский монастырь. Народ бежал следом, митрополит благословлял, опричники били его и ругались, так и доехали. Через пару дней ему зачитали обвинительный приговор. В монастыре Святого Николая его посадили в колодки и морили голодом. Затем сослали в заточение в Отрочский тверской монастырь. На его место было немало желающих. Наибольшие старания по смещению Филиппа приложил Пимен, но сначала сан достался Кириллу. Царь успокоился тем, что приказал умертвить своего двоюродного брата Владимира с женой, дабы не передались в Польшу.

Тут некстати умерла Мария Темрюковна, Иван решил, что ее отравили, как Анастасию. Он стал подозревать, что к этому причастны его опричники. Он стал еще мнительнее и опасливее, даже писал к английской королеве Елизавете, прося на всякий случай убежища от злодеев в Англии. Еще ему в голову запала светлая мысль жениться на англичанке, хорошо бы — на королеве. Правда, Елизавета на этот счет думала иначе.

Рассуждая, откуда бы может идти крамола, которую он старательно искореняет и искореняет, а ее становится больше и больше, Иван вдруг понял — из Новгорода, вот где корень зла. Не додавили. Город уж столетие как был московский. От прежнего вольного духа там остались разве архитектурные напоминания. Однако Иван Васильевич совсем забыл, что всех, кто мог в Новгороде передаться Литве, давно вывели под корень. Он стал ждать удобного случая, чтобы навсегда отомстить новгородцам.

История с предлогом к этой мести темная и очень путаная. Вроде бы вдруг в Москве объявился некий человек с Волыни, который донес, будто новгородские священники готовятся перейти в латинство, а город сдать польскому королю и будто бы письмо к королю со всеми подписями горожан и самого архиепископа Пимена лежит прямо в Софийском соборе за образом Богородицы. Иван тут же снарядил туда своих людей. Письмо нашли. Теперь у Ивана были все доказательства измены. Начался страшный поход на север.

Сначала Иван двинул опричное войско на Тверь, где сидел в заточении прежний митрополит Филипп. Иван знал, что новгородцы ощущают его к ним ненависть и попросили Филиппа предстоять за них перед царем. Еще до истории с непонятной грамоткой Иван стал проводить хорошо нам знакомую политику — выселять наиболее уважаемые семейства из Новгорода и Пскова: из первого было взято 150 семейств, из второго — 500. Города пребывали в страхе. Слухи об измене могли быть и относительной правдой: тогда, действительно, рассуждали, не лучше ли соединиться с Литвой, чем ждать уничтожения, но реальных шагов к этому сделано не было.

Итак, двинувшись на Тверь, Иван прежде всего отправил Малюту Скуратова в монастырь, где тот собственными руками задушил бывшего митрополита, затем пожжению, разграблению, насилию и прочим мерзостям была предана как Тверь, так и вся Тверская земля — Иван почему-то считал, что тверичи, так же как и новгородцы, с охотой пойдут под Литву. Окружив город, Иван стоял под ним пять дней, чтобы как следует испугать жителей, затем вошел в Тверь. Сначала опричники уничтожили все, что только можно было уничтожить. Жители с этим даже смирились, думая, что на этом гнев и утихнет. Не тут-то было! После уничтожения имущества началось уничтожение людей без разбора возраста и пола, тела убитых кидали в Волгу, разрубали на части и отправляли под лед. Погибли не только жители Твери, но и содержавшиеся в тюрьмах пленники из Полоцка и Ливонии, всего почти 1500 душ. Число 1490 записано в помяннике самого Ивана. Впрочем, это неточное число, оно могло оказаться и больше, считали наспех.

За Тверью наступила очередь Торжка. Там опричное войско начало с башен, где находились заключенные немцы и татары. Немцы, увидев убийц, даже не сопротивлялись. Иван смотрел и наслаждался их мучениями. Когда же дошла очередь до татар, то обреченные бросились на мучителей, и мурзам удалось ранить Малюту и едва не схватиться с царем. Двое опричников в этой битве с татарами в тюремной башне погибли, но царь остался цел. В этот раз Иван меньше насладился полученными впечатлениями. Участь Торжка разделили все города по пути к Новгороду — Вышний Волочек, Валдай, Яжелбицы и все окрестные села. За собой опричники оставляли сожженные дома и мертвые тела.

В Новгород царь сначала послал свой авангард. Задача этого осадного полка была простой: обложить город со всех сторон и закрыть все дороги к нему, чтобы никто не мог бежать из города. Опричники захватили все окрестные и новгородские монастыри, взяли, извините, в плен, иного слова не подобрать, монахов и поставили их на правеж, то есть стали монахов бить. Били их пять дней и требовали выкуп по 20 рублей с человека. Тем временем опричные бояре вошли в детинец, велели туда идти всем знатным новгородским семействам, надели на них цепи и поставили стражу, а дома опечатали. Скоро на Городище приехал и сам государь с полуторатысячным стрелецким войском.

На другой же день после прибытия государь велел перебить дубинами всех захваченных монахов и тела развезти по монастырям, откуда их забирали на правеж. Затем он объявил, что придет в воскресенье к обедне в Святую Софию. «По давнему обычаю, — говорит Костомаров, — архиепископ Пимен со всем собором, с крестами и иконами стал на Волховском мосту у часовни Чудного Креста встречать государя. Царь шел вместе с сыном Иваном, не целовал креста из рук архиепископа и сказал так: „Ты, злочестивец, в руке держишь не Крест Животворящий, а вместо креста оружие; ты, со своими злыми соумышленниками, жителями сего города, хочешь этим оружием уязвить наше царское сердце; вы хотите отчину нашей царской державы Великий Новгород отдать иноплеменнику, польскому королю Жигимонту-Августу; с этих пор ты уже не назовешься пастырем и сопрестольником Св. Софии, а назовешься ты волк, хищник, губитель, изменник нашему царскому венцу и багру досадитель!"