На следующий день, первого мая, удалены были из дворца Языков с сыном и Лихачевы с их друзьями. Это было сделано, с одной стороны, в угоду стрельцам, с другой - оттого, что Нарышкины не любили их. Вместо отставленных стрелецких полковников, назначены были другие, угодные стрелецкому кругу, а обвиненных вывели перед Рейтарским приказом для наказания и правежа. Стрельцы подавали на них счеты. Им верили на слово без всякого исследования. Сначала полковников одного за другим, раздевши, “клали на землю”, и в присутствии целой толпы стрельцов двое палачей били их батогами до тех пор, пока стрельцы не закричат “довольно”. Тех, на которых особенно были злы стрельцы, клали по два и по три раза; другим досталось меньше. Это было собственно наказание; затем следовал правеж, продолжавшийся целых восемь дней. Несчастных полковников били ежедневно два часа по ногам до тех пор, пока они не заплатили того, что на них насчитывали; в заключение их выслали из Москвы.
Нарышкины и их сторонники потачкою, данною стрельцам, сами, так сказать, разлакомили их к самоуправству и заохотили к бунтам. Теперь стрельцам все стало нипочем. Они толпами ходили по улицам, грозили боярам, дерзко обращались со своими начальниками, а некоторых даже сбросили с каланчи. Тут-то сторонники Софьи нашли удобный случай обратить разнузданное войско для перемены правительства. Выборные люди, избравшие Петра на царство, 6 мая, были распущены; собор об уравнении податей и служб был отсрочен. Быть может, это сделалось по козням тех, которые замышляли переворот. Трудно решить, в какой степени сама Софья заправляла этим делом, но она, без сомнения, знала о замысле поднять стрельцов, составленном ее благоприятелями. Главными зачинщиками были: боярин Иван Михайлович Милославский, двое Толстых и князь Иван Хованский, прозванный “тараруем”. Хованский, призвав к себе одного за другим влиятельных стрельцов, говорил им: “Видите, в каком вы теперь ярме у бояр; а кого царем выбрали? Стрелецкого сына по матери; теперь уже не дают вам ни платья, ни корму, а что дальше будет? Станут отправлять вас и сынов ваших на тяжелые работы, отдадут вас в неволю постороннему государю. Москва пропадет; веру православную искоренят. С королем польским вечный мир постановили по Поляновскому договору! От Смоленска отреклись… Теперь пусть Бог наш благословит защищать отечество наше: не то что саблями и ножами, зубами надобно кусаться…” Такие подущения начали распространяться между стрельцами; какая-то малороссиянка, Федора Родимица, шаталась между ними и раздавала деньги от имени Софьи. Из новопоставленных стрелецких начальников некоторые ходили тайно к боярину Милославскому, который тогда притворился больным и никуда не выходил из дому, и сделались горячими сторонниками предполагаемого переворота. Из этих стрелецких начальников более всех действовал тогда подполковник Циклер. Возмутители волновали стрельцов рассказами о том, будто бы Нарышкины намерены произвести розыск над стрельцами, которые силою истребовали наказание своим начальникам; будто бы зачинщиков хотят казнить, других рассылать по городам и вообще забрать стрельцов в крепкие руки.
День ото дня возрастало между стрельцами волнение, при помощи распространяемых всякого рода слухов и сплетен. 11 мая приехал в Москву Артамон Сергеевич Матвеев. Зная, какая роль ожидает его при новом царе, все спешили к нему с поздравлением, и сами стрельцы поднесли ему хлеб-соль. Артамон Сергеевич с первого же разу высказал неодобрение последних действий правительства. Он был недоволен уже и тем, что братьев царицы Натальи слишком рано по их летам возвели в высшее достоинство: один из них, Иван, был сделан боярином и оружничим, достигнувши едва 23-летнего возраста. Но еще более порицал Матвеев крайнюю слабость, выказанную по отношению к стрельцам, и говорил: “Они таковы, что если им хоть немного попустить узду, то они дойдут до крайнего бесчинства…” Слова эти тотчас стали известны между стрельцами, и Матвеев сделался у них врагом. Два дня спустя, 14 мая, стала ходить между стрельцами такая сплетня: брат царицы Натальи, Иван, надевал на себя царский наряд, садился на трон, примеривал на свою голову царский венец и говорил, что он ему идет лучше, чем кому-нибудь другому; вдова царя Федора Марфа Матвеевна, царевна София и царевич Иван стали его за это укорять, а он бросился на царевича и, верно, задушил бы его, если бы царица и царевич не закричали и на крик их не прибежали караульные и не отняли царевича из рук Нарышкина. Эта сплетня пущена была только предварительно, чтобы приготовить стрельцов к другому слуху, который сильнее должен был их взволновать. 15 мая, во вторник, в полдень, когда бояре собрались на совет, между стрельцами раздался крик: “Иван Нарышкин задушил царевича Ивана Алексеевича!” Самый день был выбран как бы преднамеренно, чтобы напомнить об убиении Димитрия царевича, совершенном именно 15 мая. Поднялась тревога: стрельцы схватились за оружие, ударили в набат во многих церквах; огромная толпа со знаменами и барабанным боем бросилась с криками в Кремль. Затворить от них ворот не успели. В Кремле стояло много боярских карет. Стрельцы напали на кучеров, побили их, перерубили лошадям ноги и бросились на дворец. Бояре метались, не зная, что им делать: немногие из них успели выскочить из Кремля; другие в страхе прятались по углам во дворце. Стрельцы вопили. “Давайте сюда губителей царских, Нарышкиных! Они задушили царевича Ивана Алексеевича! А не дадите - всех предадим смерти!” Тогда, по совету Матвеева и патриарха, царица Наталья, взявши за руки царевичей Петра и Ивана, в сопровождении патриарха и бояр вышла на Красное крыльцо. Стрельцы, уверенные, что царевича Ивана нет на свете, были поражены его появленьем и спрашивали: “Точно ли ты прямой царевич Иван Алексеевич?” Иван отвечал, что “он жив, никто не думал его изводить, ни на кого не имеет злобы и ни на кого не жалуется”. Но стрельцы, настроенные возмутителями, закричали: “Пусть молодой царь отдаст корону старшему брату! Выдайте нам всех изменников! Выдайте Нарышкиных; мы весь их корень истребим! Царица Наталья пусть идет в монастырь!”
Патриарх сошел было с лестницы и стал уговаривать мятежников, но они закричали ему: “Не требуем совета ни от кого; пришло нам время разобрать: кто нам надобен!” Между стрельцами было много раскольников, и потому понятно, что увещания патриарха не подействовали. Стрельцы мимо патриарха вломились на крыльцо. Большинство бояр в ужасе убежали с крыльца во дворец, но не убежали с ними начальник Стрелецкого приказа Михаил Юрьевич Долгорукий, Артамон Сергеевич Матвеев и Михаил Алегукович Черкасский. Долгорукий прикрикнул было на стрельцов, пригрозил им виселицею и колом. Но стрельцы за это сбросили его с крыльца на расставленные копья и изрубили в куски; потом стрельцы бросились на Матвеева. Матвеев отодвинулся от них к царице, взял за руку Петра. Стрельцы оттащили его от царя. Князь Черкасский стал отбивать Матвеева у стрельцов, повалил его на землю, лег на него, закрывал его собою. Стрельцы избили Черкасского, разорвали на нем платье, вытащили из-под него Матвеева и сбросили на копья. Царица в ужасе убежала с сыном и царевичем в Грановитую палату.
Стрельцы ворвались во дворец; у них был список обреченных на смерть, составленный заранее возмутителями, числом до сорока человек. Первою жертвою их во дворце был отставленный стрелецкий начальник Горюшкин и Юренев, которые вздумали было защищать вход во дворец. Но главною целью поисков мятежников были Нарышкины. Стрельцы бегали по царским покоям, заглядывали в чуланы, шарили под кроватями, переворочали постели, тыкали копьями в престол и жертвенники в придворных церквах, везде искали Нарышкиных, и принявши за Афанасия Нарышкина молодого стольника Федора Салтыкова, убили его, а узнавши свою ошибку, послали тело убитого с извинением к его отцу. Думный дьяк Ларионов спрятался, по одним известиям, в трубу, по другим - в сундук; его вытащили, сбросили с крыльца на копья и рассекли на части: “Ты, - кричали они, - заведовал Стрелецким приказом и нас вешал! Вот тебе за это!” Тогда же ограбили его дом и нашли у него каракатицу, которую он держал в виде редкости. “Это змея, - кричали стрельцы, - вот этою-то змеею он отравил царя Федора”. Убили затем сына Ларионова Василия, за то, что знал про змею у отца и не донес. Наконец, стрельцы добрались до Афанасия Нарышкина, брата царицы Натальи; они нашли его под престолом церкви Воскресенья на Сенях: его указал им карлик царицы Хомяк. Стрельцы вытащили Афанасия, поволокли на крыльцо и сбросили на копья. Но Ивана Нарышкина никак не могли найти. Он запрятался в терем восьмилетней царевны Натальи, младшей сестры Петра.