Мурад-бей продолжал свое отступление, поднимаясь вверх по Нилу. Хасан из Ямбо перешел через реку и направился к Кене, чтобы ждать там второго отряда шерифов, уже высадившихся в Косейре. Французская армия заночевала 22-го в Ху. 23-го она прибыла в Дендеру и стала биваком среди величественных развалин. 24-го, обогнув отрог Ливийского хребта, вдающийся в долину Нила, она увидела, наконец, знаменитые руины Фив - города двухсот врат. Присущее им величие произвело большое впечатление на всех; несколько часов было посвящено осмотру их. 25-го января армия заночевала в ущелье Двух гор и 26-го прибыла в Исну. Мамлюки бежали при приближении победителя. Они сожгли свои обозы и палатки и разделились на несколько отрядов. Мурад-бей, Хасан-бей и восемь других беев с их мамлюками кинулись в область барабра; Эльфи-бей укрылся в большом оазисе. Дезэ занял Йену, укрепил ее, создал там военную пекарню, склады и большой госпиталь. По мере продвижения вверх по Нилу долина становится все более узкой, судоходство все более затрудняется. Фриан со своей бригадой остался в Йене, чтобы наблюдать за Эльфи-беем и Хасаном из Ямбо. Армия прошла через Идфу (в древности Аполлинополис Великий - крупный поселок в 10 лье от Исны) и мимо развалин большого храма на высоте, которая господствует над течением реки (жители зовут их цитаделью). Генерал предоставил только один час для осмотра этих руин - он спешил настичь врага. Он перешел через прилегающие к Нилу сланцевые холмы; солдаты с трудом передвигались по этой местности. Затем он двинулся по следам древне-римского шоссе, остатки которого были еще заметны, и заночевал в деревне Бибан - напротив прекрасного острова того же названия.
2 февраля он стал биваком напротив Асуана на левом берегу. 3 февраля он переправился через реку в городе. В этом месте Нил имеет ширину в 500 туазов. В первый раз Дезэ покинул левый берег. Мамлюки все время оставались на нем, потому что равнина шире с этой стороны, местность более плодородна и оттуда ближе к оазисам, в то время как если бы они маневрировали по правому берегу, их могли бы прижать к Красному морю.
Остров Элефантина, именуемый местными жителями "Островом цветов", велик и весьма плодороден. Он расположен напротив Асуана, в 3500 туазах от острова Филэ; древняя стена ограждает это пространство, образующее треугольник, двумя сторонами которого является Нил. Пороги находятся между островами Элефантина и Филэ. От Асуана до порогов - 3000 туазов (если следовать извилинам Нила). Вверх по течению от порогов Нил делится на протоки, образуя три острова; остров Филэ, расположенный в 200 туазах от правого берега, где течение наиболее сильно; остров Бега и остров Хеффа, которые вместе имеют 1200 туазов. На острове Филэ находилась могила Озириса; он был местом паломничества. Остров Филэ полон памятников. Там никогда не было городов, почва его не обрабатывалась. Он находится вне пределов современного Египта, ибо расположен к югу от асуанских порогов.
Выше острова Филэ долина имеет всего 600 футов в ширину. Две горы сближаются и остаются разделенными только руслом реки, которая в пределах видимости течет перпендикулярно к этому острову. Генерал Бельяр захватил 150 судов - остаток флотилии мамлюков; поскольку воды Нила стояли очень низко, их не смогли провести через пороги. Они были ограблены жителями соседних деревень, которые укрылись со своей добычей на острове Филэ, считая его неприступным.
Генерал с 300 солдат выступил 5-го в поход, чтобы установить характер барьера, отделявшего его от области барабра, где нашел убежище Мурад-бей. Ему пришлось перейти через высокие горы, отвесно вздымающиеся над Нилом и преграждающие бечевник. Он достиг первой деревни барабра. Находившиеся там на постое мамлюки дали сигнал тревоги. Возвращаясь, он по пути предложил находившимся на острове Филэ сдаться. Презренные грабители ответили гиканьем и совершенно смехотворными провокациями. Они говорили, что они не мамлюки, никогда не сдадутся и не обратятся в бегство перед христианами. Не было возможности доставить суда для переправы через Нил, но саперы построили плот; на него вступило 40 стрелков, которых прикрывал огонь четырехфунтовой пушки, стрелявшей картечью. Они высадились на этом знаменитом острове Филэ; там они нашли имущество, награбленное на судах флотилии мамлюков. Французы с любопытством осмотрели развалины памятников, которыми славился этот остров. Дезэ перенес свою главную квартиру в Исну, оставив генерала Бельяра в Асуане для наблюдения за областью барабра.
Между тем город заставил Хасан-бея покинуть со своей дружиной, женами и сокровищами страну барабра. Чтобы оставить больше места Мурад-бею, он спустился вдоль правого берега, направляясь к перешейку Коптос, где он владел деревнями и располагал агентурой. Генерал Даву, узнав о приближении его к Фивам, перешел через Нил с 22-м егерским и 15-м драгунским полками и 12 февраля захватил его врасплох. Французы имели превосходство в численности, но мамлюки хвастались, что каждый из них стоит двух драгун. Хасана стеснял его обоз и гарем с охраной, имевшие слабое прикрытие. Этот мужественный старец с замечательным хладнокровием встретил все угрожавшие ему опасности. Битва велась с ужасным ожесточением. Гарем с охраной был спасен и скрылся. Обе стороны понесли одинаковые потери. Бей проткнул одного драгуна; под ним убили коня. Его помощник Осман-бей был ранен. Не имея более возможности стать лагерем в долине, Хасан отправился в пустыню и расположился у колодцев Гитты.
Полковник Конру выступил из Исны с 300 солдат своего полка, перешел через Нил и прогнал из Кены Хасана из Ямбо, отбросив его в пустыню. Однако несколько дней спустя к последнему присоединился отряд, высадившийся в Косейре. С этим пополнением он совершил ночной переход, чтобы захватить врасплох Конру и перерезать его отряд. Однако 11-го в 11 часов вечера французское боевое охранение подняло тревогу и выдержало первый натиск врагов, которые, имея в качестве проводников местных жителей, проникли в город с четырех концов. Конру беглым шагом атаковал сначала одну колонну, затем последовательно разбил все остальные и прогнал их из города; при этом он был ранен. Полковник (впоследствии дивизионный генерал) Дорсенн, командовавший пешими гренадерами, заменил его. Испуганные шерифы сосредоточились в финиковой роще, на расстоянии одного лье от Кены. Когда взошла луна, Дорсенн атаковал их, сбил с занимаемой позиции и отбросил далеко в пустыню.