В январе 1950 года началась очередная страшная политическая игра в науке: состоялась Объединенная сессия Медицинской и большой Академий, на которой был объявлен бой "за торжество физиологического учения академика Павлова". Часть учеников великого физиолога - академик Орбели и его школа обвинялись в искажении, недопонимании, принижении учения Павлова. На этой сессии Орбели получил ту болезнь сердца, которая впоследствии свела его в могилу. "Низкая травля Орбели так возмутила меня, что я написал ему сегодня письмо", - сообщал Владыка Лука сыну Алексею после Павловской сессии.] Даже тогда, когда за два месяца до смерти Сталина началась подготовка научной общественности к объявлению Орбели "врагом народа" и его аресту, он мужественно ожидал этого".
Владыка Лука написал Л. А. Орбели: "Я очень тронут тем, что в долгом разговоре обо мне с моим сыном Алексеем Вы просили его передать мне Ваш низкий поклон как ученому и человеку... Вы знаете, конечно, как трудно мне было плыть против бурного течения антирелигиозной пропаганды и как много страданий причинила она мне и доныне причиняет... Я очень высоко ценю Вас как весьма выдающегося ученого и смелого борца против недостойных прихлебателей славы великого физиолога Павлова.
Да продлит Господь Бог Вашу светлую и высоко полезную жизнь и да облегчит великую тяжесть работы Вашего больного сердца. Об этом буду молить Его в молитвах своих.
Архиепископ Лука 5 сентября 1958 г."
В годы управления Крымской епархией Высокопреосвященный Лука произнес большую часть своих проповедей. Он начал проповедовать еще в Ташкенте, но по причине ареста и ссылки многие годы вынужден был молчать. Но с весны 1943 года, когда в Красноярске открылся храм, и до конца жизни архиепископ Лука проповедовал неустанно: писал проповеди, произносил их, печатал, правил, рассылал листки с текстом по городам страны. "Считаю своей главной архиерейской обязанностью везде и всюду проповедовать о Христе", - сказал он в Симферопольском соборе 31 октября 1952 года.
За тридцать восемь лет священства Владыка Лука произнес тысячу двести пятьдесят проповедей, из которых не менее семисот пятидесяти были записаны и составили двенадцать толстых томов машинописи (около четырех тысяч пятисот страниц) . Совет Московской Духовной Академии назвал это собрание проповедей "исключительным явлением в современной церковно-богословской жизни" и избрал автора почетным членом Академии.
Архиепископ Куйбышевский Мануил писал, что проповеди Владыки "Отличаются простотой, искренностью, непосредственностью и самобытностью". Рассматривая отрывок из его "Слова в Великий Пяток" он говорит: "На эту тему так много говорили в течение тысячи девятисот лет лучшие христианские проповедники, что, кажется, ничего нового сказать уже нельзя. И все-таки слова архиепископа Луки трогают, как что-то неожиданное: "Господь первый взял Крест, самый страшный Крест, и вслед на Ним взяли на рамена свои кресты меньшие, но часто тоже страшные кресты, бесчисленные мученики Христовы. . . Неужели мы не возьмем на себя кресты свои и не пойдем за Христом? " Если припомнить, что эти слова были сказаны весной 1946 года, когда уже приближалась слепота и архиепископ Лука был вынужден оставить хирургию, его смиренная готовность принять на себя новый тяжелый крест приобретает особенный смысл.
Протоиерей Александр Ветелев, профессор гомилетики Московской Духовной Академии, знавший Владыку Луку и состоявший с ним в переписке, считал его проповеди "сокровищницей изъяснения Священного Писания". "Каждая его проповедь дышала "духом и силой", приближаясь к благовестию апостольскому и святоотеческому и по силе искреннего, сердечного чувства, и по духу пастырской душепопечительности, и по простоте и доходчивости содержания и изложения" - писал отец Александр ["ЖМП", 1961, No8, с. 37.].
Однако апологетический труд архиепископа Луки "Дух. Душа. Тело", несомненно, представляющий интерес с точки зрения научной, по мнению многих православных богословов, с точки зрения догматической является спорным.
В годы управления Тамбовской и Крымской епархиями, как вспоминает Н. П. Пузин, архиепископ Лука иногда приезжал в Москву и служил в разных храмах: "Он очень любил проповедовать и считал проповедь самым важным делом в своем архиерейском служении. Мне пришлось несколько раз бывать у него в гостинице "Москва", где он останавливался, и присутствовать при совершаемых им богослужениях в разных храмах столицы... Я счастлив, что мне было предназначено судьбой встречаться с этим удивительным человеком", - писал Н. П. Пузин.
В последние годы своей жизни Владыка Лука стал сильно уставать от служб, проповедей, епархиальных дел. В это время в жизни Русской Церкви происходили печальные, трагические события, которые глубоко волновали старца-архиепископа.
1960-й год начался в стране новой волной гонений на Церковь. Последовало Постановление ЦК КПСС, в котором говорилось: "Руководители некоторых партийных организаций не ведут настойчивой борьбы против чуждой идеологии, не дают должного отпора... идеалистической религиозной идеологии..." В печати появились бесчисленные антирелигиозные статьи, брошюры и монографии.
В марте 1960 года Совет по делам Православной Церкви представил Св. Синоду проект церковно-приходской реформы, в результате которой епископы и приходские священники лишались всякой власти. Уже после кончины Владыки Луки, 18 июля 1961 года, состоялся Собор, на котором было проведено изменение Церковного положения.
Вот что писал Владыка незадолго до смерти своей духовной дочери: "Я всецело захвачен и угнетен крайне важными событиями в Церкви Русской, отнимающими у всех архиереев значительную часть их прав. Отныне подлинными хозяевами церкви будут только церковные советы и двадцатки, конечно, в союзе с уполномоченными. Высшее и среднее духовенство останутся только наемными исполнителями богослужений, лишенными большей части власти в распоряжении церковными зданиями, имуществом и деньгами. Вы понимаете, конечно, что я не могу сейчас думать ни о чем другом..."
Приближалась кончина архиепископа, он стал бледным, отказывался от пищи, тяжелые душевные переживания сказывались на состоянии Владыки. Е.П. Лейкфельд вспоминала: "Его несказанно мучил своими действиями против Церкви, постоянно неправильными, уполномоченный, человек жестокий и совершенно беспринципный". "Последнюю свою Литургию совершил на Рождество, последнюю проповедь произнес в Прощеное воскресенье. Проповеднического долга не оставлял до последней минуты, видимо, много молился..." - писала Е.П.Лейкфельд.