Контратакующими действиями русские войска отбили у противника Большой перевал, гору Семафорную и свои прежние позиции на восточном берегу бухты Лунвантан за исключением горы Куинсан. Атака этой высоты началась силами 5 стрелковых рот и сводно-охотничьей команды под общим начальством полковника В. Савицкого. В ряде случаев штурмовые колонны подходили к вражеским позициям на дистанцию в 400 шагов. Однако частый встречный ружейный огонь не позволял сибирским стрелкам ударить в штыки. Не помог и обстрел высоты из полевых орудий, поскольку японские пехотинцы при начале обстрела укрывались в блиндажах. Штурм горы Куинсан, который велся два дня - 20 и 21 июня, закончился для русских безрезультатно. Их потери составили более 700 человек, потери оборонявшихся японцев были примерно вдвое меньше.
После боев за гору Куинсан на Квантунском полуострове до 13 июля вновь установилось затишье. Русские войска за это время сумели обустроить свою новую позицию, однако достроить полевые укрепления они не успели. Японская осадная армия, заметно усилившись численно за счет доставленных морем подкреплений, начала наступление с целью выбить русских с передовых позиций к самому Порт-Артуру.
В 6.30 утра 13 июля японская артиллерия открыла сильный огонь по русским позициям и японская пехота под ее прикрытием устремилась в атаку. К полудню она заняла слабо укрепленный Большой перевал. Теперь противник получал хорошую возможность ударить во фланг позиции на Зеленых горах. Понимая всю опасность сложившейся ситуации, начальник 7-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии генерал-майор Р.И. Кондратенко отдал распоряжение начать контратаки и к вечеру японцы были выбиты с Большого перевала.
Рано утром следующего дня японская артиллерия начала обстрел Зеленых гор и затем последовала атака пехоты. Вскоре обстановка на правом фланге русской позиции стала складываться в пользу атакующих. Подошедший из Порт-Артура отряд кораблей повел из бухты Тахэ обстрел фланга наступавшей осадной армии генерал-полковника Маресукэ Ноги, но с подходом крейсеров Соединенного флота был вынужден уйти обратно во внутреннюю гавань. У самого ее входа крейсер "Баян" наткнулся на мину и получил подводную пробоину.
Наступившая темнота прекратила бой за Зеленые горы. Но ночью японцы внезапно атаковали русских на высоте 93 и овладели ею. Тогда командование обороной Порт-Артура принимает решение отойти с Зеленых гор на более сильные позиции, расположенные на соседних Волчьих горах. Всего за два дня жарких боев русские потери составили около 1500 человек. Атакующий противник потерял убитыми и ранеными до 6 тысяч человек.
Волчьи горы представляли из себя цепь невысоких сопок, которая тянулась полукругом на расстоянии 7-8 километров от крепости. В сторону противника сопки имели крутые склоны, перед которыми тянулись сплошные поля гаоляна, достигавшего в высоту 1,5-2 метров и служившего прекрасным укрытием для японских пехотинцев в случае их скрытного подхода к Волчьим горам. Начальник Квантунского укрепленного района генерал-лейтенант А. М. Стессель не только не проследил за заблаговременным строительством инженерных полевых укреплений на сопках, но не позаботился об уничтожении полей гаоляна даже на ближайших подступах к позициям.
В 4 часа утра 17 июля по всему фронту началось настойчивое наступление японцев. Через три часа им удалось прорваться в центре и на левом фланге обороны русских войск. Генерал-майор
А.В. Фок приказал в 8 часов вечера своей 4-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии, не исчерпавшей большей части своих возможностей в бою, отойти с Волчьих гор в район крепости, что и было сделано к 10 часам вечера.
На Волчьих горах продолжала стойко вести оборонительный бой только 7-я Восточно-Сибирская стрелковая дивизия генерал-майора Р.И. Кондратенко. Особенно кровопролитные схватки велись за высоты Дагушань и Сягушань, которые атаковывали батальоны и полки 11-й японской пехотной дивизии. На их вершинах начались рукопашные схватки. Генерал Кондратенко обратился к Стесселю с просьбой прислать резервы, но их он не получил.
Японцы усилили натиск на позиции противника на Дагушане и Сягушане. Отступавшие с высот пехотные батальоны генерал-полковник Маресукэ Ноги приказал заменять свежими силами и без промедления бросать их в атаку. Русские же роты, которые оборонялись на вершинах, менять было просто некому. Солдаты этих рот не спали уже двое суток, не имели воды, некому было убрать погибших и позаботиться о раненых. Несмотря на это, японские атаки отбивались одна за другой.
В конце концов атакующие смогли захватить Дагушань и втащить по крутым скатам горы на ее вершину несколько артиллерийских орудий. Начался методичный обстрел соседней высоты Сягушань. На третий день обороны генерал-майор Р.И. Кондратенко обратился к коменданту Порт-Артурской крепости генерал-майору К.Н. Смирнову с предложением.
"Дагушань сильно обстреляна нашей артиллерией, но обратно занять ее едва ли возможно, ввиду большого скопления японцев в деревнях близ Дагушаня, - писал он. - Сягушань занята тремя ротами (сибирских стрелков. А.Ш.). Одно орудие лопнуло, у другого нет снарядов; подвоз снарядов невозможен, так как дорога обстреливается со стороны побережья, куда уже пробрались японцы, и таким образом массами окружили Сягушань. Полагал бы, до рассвета увести роты в крепость, чтобы их сохранить".
Смирнов, не зная фактической обстановки, в ответ приказал контратакой отбить гору Дагушань. Однако японцы опередили русских и в час ночи начали большими силами новый штурм вершины Сягушаня, на которой безмолвствовали противоштурмовые орудия. После рукопашной схватки защитники высоты отступили к крепости, отбиваясь по пути от наседавшей японской пехоты.
Так Порт-Артурская крепость лишилась на своем правом фланге последних передовых позиций. Русские потеряли в этих боях 450 солдат и офицеров, японцы - 1280 человек. Потеря Дагушаня и Сягушаня во многом объяснялась тем, что против оборонявшихся здесь трех русских стрелковых батальонов действовало неприятельских 36 горных орудий, 8 гаубиц и 24 мортиры. Их огню защитники высот противопоставить почти ничего не могли. А из общего резерва крепости они не получили подкреплений. Ближайшее будущее показало, что горы Дагушань и Сягушань надо было удерживать любой ценой.
После того как русскими войсками были оставлены последние передовые позиции на Квантуне, японская осадная армия приступила к осаде собственно крепости Порт-Артур. Теперь начиналась многомесячная борьба за ее удержание и обладание. Потеря передовых позиций с их господствующими высотами обернулась для защитников Порт-Артура еще одной большой бедой: теперь неприятель получил возможность обстреливать дальнобойной осадной артиллерией ее внутреннюю гавань, где стояли корабли Тихоокеанской эскадры. Особенно опасным оказался огонь из тяжелых мортир.
Перекидной из-за высот артиллерийский огонь по внутренней гавани, который японцы вели аккуратно и постоянно, вскоре дал желаемые результаты. Один крупнокалиберный снаряд попал в рубку эскадренного броненосца "Цесаревич". Другой броненосец - "Ретвизан" был поражен семью снарядами. Через образовавшуюся подводную пробоину корабль принял 500 тонн забортной воды. Русскую эскадру в такой ситуации спасало то, что вражеские осадные батареи вели бесприцельный огонь, стреляя по плошадям.
О такой крайне опасной, поистине смертельной ситуации для кораблей Тихоокеанской эскадры стало известно в штабе главнокомандующего вооруженными силами России на Дальнем Востоке адмирала Е.И. Алексеева. Для спасения эскадры он принимает решение вывести ее из осажденного Порт-Артура и перебазировать в морскую крепость Владивосток. В противном случае японская многочисленная осадная артиллерия могла за непродолжительный срок превратить внутреннюю гавань Порт-Артурской крепости в кладбище русских броненосных кораблей и тогда бы флот Тихого океана в своих главных корабельных силах на какое-то время прекратил существование.
В телеграмме главнокомандующего говорилось:
