Макаров настаивал на дальнейшем продвижении на Дальний Восток отряда кораблей контр-адмирала А. А. Вирениуса (броненосец "Ослябля", крейсер 1-го ранга "Аврора" и "Дмитрий Донской", 7 эскадренных миноносцев), который с получением известия о начале войны остановился у аравийских берегов, в порту Джибути. Макаров считал возможным обеспечить его приход поддержкой порт-артурской эскадры и отрядом владивостокских крейсеров.
В ответ на возражения должностных лиц Морского министерства, что такое невозможно, вице-адмирал С.О. Макаров решительно возразил: "Если этот отряд в составе трех кораблей и семи миноносцев не может появиться в водах театра войны, то, следовательно, в таком составе мне никогда нельзя будет выслать отряд для каких-либо операций". Однако морской министр вице-адмирал Ф.К. Авелан не поддержал "беспокойного" Макарова в этом вопросе и отряд контр-адмирала А.А. Вирениуса получил приказание покинуть порт Джибути и возвратиться из Индийского океана на Балтику, в Кронштадт.
Учитывая, что Тихоокеанская эскадра не имела достаточного количества быстроходных миноносцев, С.О. Макаров поднял вопрос о посылке по железной дороге (подобные примеры уже были) в Порт-Артур в разобранном виде 8 миноносцев типа "Циклоп" и постройки 40 малых миноносцев. Их он предполагал использовать для охраны портов и защиты побережья. Однако и это не встретило поддержки в Морском министерстве.
Японский флот, значительно превосходивший силы порт-артурской эскадры в количественном и качественном отношении, имел в своем составе несколько десятков эскадренных миноносцев и малых миноносцев. Это позволяло флотоводцу Хейхатиро Того успешно решать многие локальные задачи. Из 24 русских эскадренных миноносцев, оказавшихся на театре войны, в море могли выйти только 6, остальные были неисправны и нуждались в ремонте.
Прибывший в Порт-Артур новый командующий русским флотом на Тихом океане увидел безрадостную картину. Шла война, а корабли Тихоокеанской эскадры в бездействии стояли во внутренней гавани морской крепости. Они не препятствовали неприятельским войскам перевозить снаряжения в Желтом море.
Порадовали только действия владивостокского отряда крейсеров. Он несколько раз выходил на поиск врага в Японское море, и такая активность русских, исходившая из морской крепости Владивосток, сильно обеспокоила вице-адмирала Хейхатиро Того. Ему пришлось для пресечения активности противной стороны создать специальную "сдерживающую" эскадру из пяти броненосных, двух легких крейсеров и двух отрядов эскадренных миноносцев. Эта эскадра по своей силе значительно превосходила владивостокский отряд, состоявший из четырех крейсеров и десяти миноносцев. Но своими действиями они заметно облегчили положение порт-артурской эскадры.
Свою деятельность в Порт-Артуре вице-адмирал С.О. Макаров начал со знакомства с обстановкой и экипажами кораблей. Свой штаб командующий разместил на самом мощном корабле Тихоокеанской эскадры броненосце "Петропавловск". Макарову было известно о широкой сети японской агентуры в Маньчжурии и на Квантуне. Поэтому он сразу же позаботился о сохранности военных тайн. Его приказ № 1 от 29 февраля 1904 года потребовал от командиров кораблей принимать приказы командующего только в запечатанных пакетах, хранить лично у себя, а в случае угрозы захвата противником уничтожать их. Приказ № 2, датированный тем же числом, гласил:
"Для успеха дела, который так дорог каждому из нас, было бы самое лучшее вообще ничего не писать, но так как я не считаю возможным подвергать служащих такому лишению, то указываю, что не возброняется писать свои личные впечатления и собственно бытовые подробности каждой стычки с неприятелем, лишь бы из этого не видны были наши тактические приемы, наши недостатки".
Командующий русским флотом Тихого океана этими приказами попытался позаботиться о сохранении военной тайны в "стенах" Порт-Артурской крепости. Японцы же позаботились об этом с первых дней войны. В самом конце войны газета "Джапан таймс" писала:
"С первых же дней войны японская печать получила беспреко-словное приказание правительства: хранить в тайне все, что касается организации, мобилизации и передвижения морских и сухопутных сил их родины.
Правительство микадо предостерегало прессу своей страны от разглашения военных тайн, подчеркивая, насколько печать может вредить военным операциям, ссылаясь на примеры последней японо-китайской войны. Оно просило не оглашать никаких сведений, которые, как бы они ни были интересны для публики, могли даже одними намеками принести пользу противнику, давая ему указания о намерениях или предполагаемых движениях японцев.
Насколько честно японская печать отозвалась на призыв правительства, красноречиво доказано той непроницаемой тайной, которою были окутаны все движения кораблей адмирала Того и армии маршала Ойяма".
С прибытием вице-адмирала С.О. Макарова порт-артурская эскадра перестала "прятаться" во внутренней гавани крепости. Она начала выходить в открытое море и действовать. Командиры кораблей получили макаровские инструкции для похода и боя, в которых определялись их обязанности в войне на море. Уже 11 марта новый командующий русским флотом на Тихом океане докладывал главнокомандующему на Дальнем Востоке адмиралу Е.И. Алексееву:
"Несмотря на всякие несовершенства и недостаток в исправных миноносцах, я нахожу, что мы могли бы рискнуть теперь попробовать взять море в свои руки, и, преднаметив постепенно увеличивать район действия эскадры, я предусматриваю генеральное сражение, хотя благоразумие подсказывает, что теперь еще рано ставить все на карту, а в обладании морем полумеры невозможны".
Вместо того чтобы поддержать наступательные стремления флотоводца, царский главнокомандующий ответил, что "для достижения поставленной конечной задачи нынешней войны участие флота может довершить скорейший успех и нанести неприятелю решительное поражение. Такое действие флота, вероятно, потребуется с переходом наших войск в пределы Кореи, а поэтому сбережение наших морских сил до того времени приобретает весьма важное значение, и в то же время, отдаляя всякое невыгодное столкновение с неприятельскими силами на море, мы можем более уверенно рассчитывать на присоединение к Тихоокеанскому флоту подкреплений, ныне спешно изготовляющихся к посылке из Балтики на Дальний Восток".
Иными словами, главнокомандующий вооруженными силами России на Дальнем Востоке адмирал Е.И. Алексеев ратовал за пассивность и выжидательность в начавшейся большой войне. Макаров же таких взглядов не разделял, и он начал действовать по собственной инициативе.
Командующий флотом Тихого океана прежде всего позаботился о "беспокойстве" японцев за свои морские коммуникации. Вице-адмирал С.О. Макаров дает начальнику отряда владивостокских крейсеров контр-адмиралу К.П. Иессену следующую инструкцию:
"Вверенный Вам отряд по месту своего нахождения наиболее подходит для того, чтобы препятствовать неприятелю перевозить войска в Гензан и другие пункты, лежащие к северу от него. Это есть главнейшее задание, возлагаемое на вас, но разумеется, всякий вред, который вы можете нанести неприятелю, будет вполне уместным действием, и в некоторых случаях появление ваше у берегов Японии может быть даже полезно, чтобы отвлечь внимание неприятеля от главнейшей вашей задачи".
Русский флотоводец находился в полном неведении, где и что предпринимает неприятель и каковы его дальнейшие намерения. Поэтому вице-адмирал С.О. Макаров в первую очередь позаботился о морской разведке. Его интересовала обстановка на море близ Ляодунского полуострова и у близлежащих островов Эллиот. В Желтое море стали высылаться небольшие отряды быстроходных эскадренных миноносцев для разведки сил японцев. Начались боевые столкновения с врагом. В одном из них подвиг совершил экипаж эскадренного миноносца "Стерегущий" под командованием лейтенанта А.С. Сергеева. При возвращении из ночной разведки, недалеко от Порт-Артура, два русских эсминца - "Стерегущий" и "Решительный" под командованием капитана 2-го ранга Ф.Э. Боссе встретили неприятельский отряд из четырех эсминцев, на поддержку которых, что было хорошо видно, спешили два крейсера. Боссе принял решение пробиваться к Порт-Артуру. В бою это удалось только "Решительному".
