7 января последовал приказ готовиться к переводу на военное положение крепостей Порт-Артур и Владивосток. Одновременно разрабатываются инструкции по охране кораблей Тихоокеанской эскадры на внешнем порт-артурском рейде. Они вводятся в действие приказом адмирала Е.И. Алексеева. Русские миноносцы впервые выходят в Желтое море для несения дозорной службы.

20 января царский наместник вновь запросил у правительства разрешения объявить мобилизацию войск Дальнего Востока и Сибири и дать указание об использовании флота в случае высадки японцев в Корее. При этом он высказал свое мнение о целесообразности использования морских сил для противодействия высадке японской армии в порту Чемульпо. Высочайшее разрешение на мобилизацию и инструкции об использовании Тихоокеанской эскадры пришли в Порт-Артур 27 января, уже после начала войны.

Сперва была объявлена мобилизация войск дальневосточного наместничества, затем Сибирского военного округа (4-го армейского Сибирского округа), а в начале февраля 1904 года - запасных Вятского и Пермского уездов. Мобилизация проходила без каких-либо осложнений, если не считать громадности расстояний для доставки призванных в армию запасников. Гораздо проще обстояло дело с мобилизацией Забайкальского, Амурского, Уссурийского, Сибирского, части Оренбургского и Уральского казачьих войск казачьи полки привычно собирались и выступали на войну в считанные дни.

Большой ошибкой российского руководства было запоздалое назначение высшего командования русскими сухопутными и морскими силами на Дальнем Востоке. Если главнокомандующий маршал Ивао Ояма, командующие японскими армиями, намеченными для высадки на материке, и действующим флотом назначались микадо за несколько месяцев до начала войны, то в Санкт-Петербурге решились на такой шаг только после начала боевых действий. Командующий русской Маньчжурской армией генерал от инфантерии А.Н. Куропаткин и командующий флотом Тихого океана вице-адмирал С.О. Макаров получили свои назначения после прихода в столицу вести о нападении японцев на русские корабли под стенами морской крепости Порт-Артур. То, что командующие со своими штабами обычно делают в подготовительный, предвоенный период (изучение оперативных планов, обстановки на театре военных действий, состояния войска и флота), полководец А.Н. Куропаткин и флотоводец С.О. Макаров вынуждены были делать в условиях уже начавшейся войны. Свое командование Маньчжурской армией и флотом Тихого океана они начали в поезде, который шел из российской столицы в Порт-Артур не одну неделю.

27 января был обнародован Высочайший манифест всероссийского монарха Николая II Александровича Романова с официальным объявлением о начале русско-японской войны. Он гласил:

"В заботах о сохранении дорогого сердцу нашему мира нами были приложены все усилия для упрочения спокойствия на Дальнем Востоке. В сих миролюбивых целях Мы изъявили согласие на предложенный японским правительством пересмотр существовавших между обеими империями соглашений по корейским делам. Возбужденные по сему предмету переговоры не были, однако, приведены к окончанию, и Япония, не выждав даже получения последних ответных предложений правительства Нашего, известила о прекращении переговоров и разрыве дипломатических отношений с Россией.

Не преуведомив об этом, что перерыв таковых сношений знаменует собой открытие военных действий, японское правительство отдало приказ своим миноносцам внезапно атаковать Нашу эскадру, стоявшую на внешнем рейде Порт-Артура.

По получении о сем донесения Наместника Нашего на Дальнем Востоке, Мы тотчас же повелели вооруженной силой ответить на вызов Японии.

Объявляя о таковом решении Нашем, Мы с непоколебимой верой в помощь Всевышнего и в твердом уповании на единодушную готовность всех верных Наших подданных встать вместе с Нами на защиту Отечества, призываем благословление Божие на доблестные Наши войска армии и флота".

Высочайший манифест микадо - императора Японии о начале войны с Россией официально вышел на следующий день после опубликования российского, 28 января. В японском императорском манифесте говорилось следующее:

"Мы объявляем войну России и приказываем нашим армии и флоту всеми вооруженными силами начать враждебные действия против этого государства, а также Мы приказываем всем поставленным от нас властям употребить все силы при исполнении своих обязанностей во всем, согласно с полномочиями, для достижения народных стремлений при помощи всех средств, дозволенных международным правом.

В международных сношениях мы всегда стремились поощрять мирное преуспевание нашей Империи в цивилизации, укреплять дружественную связь с другими державами и поддерживать такой порядок вещей, который обеспечивал бы на Дальнем Востоке прочный мир, и нашим владениям безопасность, не нарушая при этом права и интересы других государств. Поставленные от нас власти исполняли до сих пор свои обязанности, сообразуясь с нашим желанием, так что наши отношения к державам становились все более сердечными.

Таким образом, вопреки нашим желаниям, нам, к несчастью, приходится начать враждебные действия против России.

Неприкосновенность Кореи служила всегда для нас предметом особой заботы, не только благодаря традиционным сношениям нашим с этой страной, но и потому, что самостоятельное существование Кореи важно для безопасности нашего государства. Тем не менее Россия, невзирая на торжественное обещание в договорах с Китаем и на неоднократные уверения, данные другим державам, продолжает занимать Маньчжурию, утвердилась и укрепилась в этих провинциях, стремясь к их окончательному присоединению. Ввиду того, что присоединение к России Маньчжурии сделало бы для нас невозможным поддерживать неприкосновенность Кореи и отняло бы всякую надежду на поддержание в будущем мира на Дальнем Востоке, мы решили ввиду этих обстоятельств начать переговоры по этим вопросам, чтобы таким путем обеспечить прочный мир. Имея в виду такую цель, поставленные от нас власти вошли по нашему приказанию в переговоры с Россией и в течение шести месяцев происходили частые совещания по затронутым вопросам.

Россия, однако, ни разу не пошла навстречу нашим предложениям в духе примирения и умышленными проволочками старалась затянуть улаживание этого вопроса. Заявляя о своем желании поддерживать мир, она, с другой стороны, усердно готовилась к войне на море и суше, стараясь таким образом выполнить свои эгоистические планы.

Мы никоим образом не можем поверить тому, что Россия с самого начала переговоров была воодушевлена серьезным и искренним желанием мира. Она отклонила предложения нашего правительства. Независимость Кореи в опасности. Это угрожает жизненным интересам нашей Империи.

Нам не удалось обеспечить мир путем переговоров. Теперь нам остается обратиться к оружию.

Наше искреннее желание, чтобы преданностью и храбростью наших верных подданных был бы скоро восстановлен вечный мир и сохранена слава нашей Империи".

После обнародования Высочайших манифестов о начале войны, в столицах России и Японии состоялись торжественные официальные церемонии по такому случаю. 27 января, в 4 часа дня, в санкт-петербургском Зимнем дворце состоялся "Высочайший выход к молебствию" по случаю объявления войны с Японией. Государь-император Николай II Романов был встречен собравшимися, среди которых было много военных людей, с "неописуемым восторгом". В стенах исторического дворца Российского государства долго гремело единодушное ура.

Официальная церемония объявления войны России в Японии выглядела более сдержанно. 29 января в дворцовых покоях столицы страны Восходящего Солнца города Токио - в залах Кенджо, Ко-рей-ден и Ками-доно - были совершены богослужения и собравшимся прочтен императорский манифест. С той же целью обер-гофмаршал принц Инакура Томосада был отправлен микадо в особо почитаемый храм Исе, где кроме участия в богослужении по поводу объявления войны совершил поклонение гробницам Джимму-Денно, где покоились останки основателя правящей династии на Японских островах и Комея - отца нынешнего микадо.