1900 г., когда в связи с реорганизацией департамента уже в чине тайного советника был назначен товарищем (одним из заместителей) министра финансов (тогда этот пост занимал С. Ю. Витте), заведовавшим промышленностью и торговлей. По существу эта должность была образована специально для Ковалевского с целью расширить его права и создать ему (а вместе с тем и Витте) более благоприятные условия деятельности. При обсуждении в 1900 г. в Государственном совете вопроса об учреждении новой должности товарища министра Витте указывал, что она необходима для , "человека, который давал бы всему делу общее направление", "человека, который мог бы ответственно и самостоятельно вести это дело". Таким человеком с самого начала считался Ковалевский. А. А. Половцов называет Ковалевского в своем дневнике (август 1901 г.) "министром по делам промышленности и торговли". Организаторский талант Ковалевского вполне осознавался современниками. Дореволюционные газеты называли его "ближайшим помощником Витте в осуществлении коренных реформ нашей промышленности, в развитии производительных сил страны". Но уже в ноябре 1902 г. по причинам личного характера Ковалевский должен был подать в отставку. В 1903-1916 гг. он был председателем Русского технического общества. Вместе с тем он занимал пост председателя правлений трех крупных акционерных компаний. После Октябрьской революции работал в центральных научных сельскохозяйственных учреждениях: с 1920 г. был председателем Сельскохозяйственного ученого комитета Наркомзема, а с 1923 г. - почетным председателем Ученого совета Государственного института опытной агрономии в Ленинграде. Являлся ближайшим сотрудником Н. И. Вавилова. Умер Ковалевский 2 ноября 1934 г., имея почетное звание заслуженного деятеля науки и техники.

Для решения вопроса о реформе системы чинопроизводства вообще в 1883 г. было образовано Особое совещание (еще одно!) во главе с С. А. Танеевым. Наиболее последовательным сторонником отмены чинов и самым активным членом совещания стал А. А. Половцов. Последний считал, что "чины ... умножают число тунеядцев, которые числом годов жизни приобретают чины, а потом являются полными претензий и на получение мест, и на казенные деньги в форме содержаний, и особливо пенсий".

Главной идеей Совещания стало предположение "о слиянии чинов с должностями", лежавшее в основе и трех предыдущих попыток ликвидации гражданских чинов. Совещание пришло к выводу, что "соотношение между чином и служебным положением лица, его носящего, сделалось ныне явлением почти случайным, и вследствие того чин утратил всякое полезное значение". Массовый характер получил и обход действовавших правил чинопроизводства; подчинение чиновников начальникам, состоящим в более низких чинах;

наличие высших чиновников, не несущих соответствовавших их чинам служебных обязанностей (напомним, что число чиновников IV класса более чем в 3 раза превышало количество должностей этого класса), и т. п. Из этих явлений делался вывод о том, что "чин, очевидно, не может считаться мерилом ни служебного или общественного положения лица, им облеченного, ни действительных заслуг, сим лицом оказанных. Несмотря на этот несомненный факт, стремление к получению чинов, и в особенности высших степеней оных, нисколько не уменьшается в нашем обществе". Более того, по мнению Совещания, укрепилось ложное понимание целей и значения государственной службы, заключающееся в том, что основным желанием поступающих на службу является получение чинов. Причем "иных привлекает желание приобресть сословные преимущества, соединенные с чинами, а других - тщеславие или надежды на карьеру, надежды в большинстве случаев не оправдывающиеся". Прямым следствием такого положения вещей является "размножение чиновников, по большей части бесполезных". Члены Совещания пришли к выводу, что какие-либо частные мероприятия правительства, направленные на предотвращение этого, были бы бесполезны. Необходима радикальная мера: заменить иерархию чинов иерархией должностей, "предоставив присвоенные в настоящее время чинам права и преимущества должностям соответствующих степеней". Журнал совещания, в котором была зафиксирована эта позиция, был утвержден Александром III резолюцией: "Совершенно одобряю этот взгляд и предполагаемое направление этого дела".

Опираясь на это, Совещание сочло необходимым сократить число классов должностей с 14 до 12, сохранив, однако, постепенность в продвижении служащих - "последовательное проведение лиц, посвящающих себя служебной деятельности, через установленные иерархические степени, начиная с низших".

Предполагалось установить общий срок службы до назначения на должность VI класса в 6-9 лет (такое время требовалось выслужить чиновнику с университетским образованием для получения должности VI класса с учетом возможности начать службу с чином VIII класса). Лица, начинавшие службу, могли бы поступать непосредственно на все низшие должности до VII класса включительно, назначение на которые было предоставлено власти директоров департаментов и губернского начальства. Назначение на должность каждого следующего класса могло иметь место только через два или три года беспорочной службы в должности предшествующего класса.

Вместе с тем Совещание установило, что "разновременность образования государственных учреждений, а также их штатов и расписаний привела к тому, что одинаковые должности принадлежат к разным классам и им присвоены далеко не одинаковые оклады содержания и различные права и преимущества". Оказывалось необходимым в ходе предстоящего преобразования установить возможное равенство в служебных преимуществах должностей, примерно одинаковых по старшинству (значению), но, вместе с тем, с учетом "условий и потребностей службы в каждой отдельной отрасли государственного управления".

Большинство Совещания высказалось за сохранение на время чинов действительного тайного советника и тайного советника в качестве почетных званий для высших служащих. Мотивировалось это тем, что "упразднение... всех без изъятия чиновных степеней в гражданском ведомстве, как всякая крутая и радикальная реформа, может произвести неблагоприятное впечатление".

В июне 1885 г. материалы Совещания были разосланы всем министрам с обязательством представить отзывы к середине октября.

Большинство поступивших отзывов содержало возражения против отмены чинов. Защитники чинов сходились на том, что чин, являясь мерилом заслуг, возвышает чиновника над своими согражданами. Возможность же возвыситься в обществе служит не только средством привлечения на государственную службу, но и стимулом при ее исполнении, представляя собой желанную награду для служащих. Чин, хотя и не свидетельствует достаточно точно об иерархическом положении служащего, все-таки сохраняет официальное и общественное значение. Оклады содержания низших и средних чиновников, особенно в провинции, признавались более чем недостаточными (несмотря на их повышение в предыдущие годы). При этом сколько-нибудь значительное увеличение их было невозможно. Отмена чинов в таких условиях приведет к переходу части чиновников с государственной службы на частную, где" материальное вознаграждение всегда будет выше. Уменьшение числа служащих пагубно отразится на деятельности государственного аппарата, в частности потому, что возможность выбора лучших кандидатов будет затруднена.

Согласно большинству отзывов, необходимость сохранения чинов вызывалась их традиционностью. Чины прочно вошли в общественный быт, и отмена их произвела бы слишком сильное потрясение в среде служащих. И если Совещание усматривало в неоднократном возбуждении вопроса об уничтожении чинов аргумент в пользу необходимости рассмотреть этот вопрос еще раз и провести предположения в жизнь, то факт сохранения чинов, несмотря на все обсуждения, представлялся защитникам этого института подтверждением их взгляда. Но они не могли не согласиться в той или иной степени с указаниями Совещания на факты чиновной неурядицы и путаницы в государственной службе. Настаивая на невозможности упразднить чиновную иерархию, они считали, что недостатки чинопроизводства есть не более чем отступления от законов, которые "вовсе не коренятся в существе самой системы".