Уже в сентябре 1905 года Савинков узнает, что его руководитель Азеф агент полиции. Однако Азефу тогда посчастливилось вывернуться, оправдаться, а к смерти за провокаторство эсеры приговорили Н. Татарова. Организатором убийства провокатора стал Савинков. Удивляет слепота Савинкова, который до декабря 1908 года не хотел верить в предательство Азефа.

После царского октябрьского манифеста Савинков продолжал настаивать на продолжении террора, вопреки мнению многих лидеров ЦК эсеров. Тогда многие посчитали, что манифест даровал политические, свободы и заложил основы для строительства демократии. Но Савинков увидел тогда в манифесте только тактический маневр царизма. В ноябре 1905 года на заседании ЦК его не поддержал никто, и эсеры приняли решение прекратить террор и распустить Боевую организацию.

В конце 1905 года Савинков действовал в петербургском подполье и был членом Боевого комитета по подготовке вооруженного восстания в столице, руководил столичной военной организацией эсеров. Савинков тогда настаивал на разделе партии на партию агитации и партию террора.

В 1906 году вместе с Азефом он воссоздает Боевую организацию и готовит террористические акты против министра внутренних дел П. Дурново и московского генерал-губернатора Ф. Дубасова. Однако провокатор Азеф срывает эту подготовку.

Непримиримость, огромная энергия, жажда борьбы, приключений, склонность к романтической авантюре толкали его на путь террориста-профессионала. В мае 1906 года Савинков был арестован в Севастополе при подготовке покушения на адмирала Г. Чухонина – главнокомандующего Черноморским флотом. За два дня до военно-полевого суда, исход которого мог быть только один – виселица, он бежит из тюрьмы. Через Румынию и Венгрию добирается до Франции…

После серии неудач и провалов Савинков, разочаровавшись в терроре, выступает за обновление тактики и стратегии партии. Но теперь, после разгона Первой Государственной Думы царем, ЦК эсеров, напротив, решило перейти к террору и подготовить покушение на министра внутренних дел Петра Столыпина.

Из-за разногласий с руководителями эсеров и неудач по созданию нового "Летучего боевого отряда" в октябре 1906 года Савинков уходит с поста одного из руководителей террора. Боевая организация эсеров, отказавшись работать под руководством ЦК, прекращает свое существование в конце ноября 1906 года. На эсеровском съезде Савинков выразил свое возмущение действиями ЦК, который не доверял Боевой организации и игнорировал мнения боевиков.

Но одной из главных подспудных причин расхождений ЦК и боевиков были денежные вопросы. Террористы очень дорого обходились казне партии. Деньги прилипали к рукам Азефа, который не стесняясь разорял партийную казну, используя ее для личного обогащения. Только за полтора года (1904-1906) Азеф "вынул" из кассы Боевой организации и ЦК около 250 тысяч франков (около 80 тысяч рублей золотом).

Интересно, что и "верхушка" боевиков – Савинков и другие – транжирили "на себя" до 500 рублей в месяц каждый, что составляло тогда огромную сумму. Савинкова часто обвиняли в "барском" положении в партии и в "кавалергардских замашках". Он сам признавался, что для себя он покупал все самое дорогое и не экономил в тратах. Он играл в казино и на тотализаторе, прожигал жизнь в ресторанах… Эта привычка широко жить на партийные "деньги от политики" осталась у Савинкова на всю жизнь.

Согласно "отчетности" убийство Плеве стоило организации 29 тысяч рублей… Словом, эсеры были люди не бедные! Их кровавая "работа" была еще и их "бизнесом".

Всем на удивление, бывший "атаман террористов" выступил с осуждением бесперспективных, антигуманных методов террора и решил навсегда отказаться от "участия в безнадежном предприятии". В 1907 году он фактически порывает с партией эсеров. Одной из причин выхода из партии был серьезный кризис в рядах эсеров, в связи с разоблачением провокаторской роли Азефа.

В 1906-1907 годах Азеф и Гершуни стремились скомпрометировать Савинкова, утверждая, что после нахождения в камере смертников он уже опасался "за свою голову" и страх заставил его отойти от террора. Савинкова обвиняли еще и в "моральном разложении", безнравственности, в увлечении "юбками".

В конце 1907 года он уезжает за границу.

Только в 1908 году Савинков временно возвращается "в строй", приняв участие в подготовке несостоявшегося покушения на Николая Второго на крейсере "Рюрик". Террористы решили осуществить убийство императора во время торжественной встречи корабля в Кронштадте. В июне 1908 года ЦК эсеров решил привлечь к этому теракту Савинкова. Тот, в свою очередь, сумел привлечь несколько русских матросов к планируемому покушению. Крейсер "Рюрик" был построен на верфи в Глазго и именно оттуда выходил в свое первое плавание в Кронштадт. Савинков убедил матросов спрятать на корабле уже в Кронштадте одного боевика, который должен был взорвать палубу во время торжественного смотра или выстрелить в царя. Но Азеф всячески противился реализации этого замысла, и взрыв или выстрел так и не прозвучал… Азеф продлил жизнь царя еще на десять лет.

Уже после разоблачения Азефа, в 1910 году, Савинков напишет: "Горе наше, быть может, в том, что рост нашего Центрального Комитета и нас, Боевой организации, не превышал роста Азефа".

В то время Борис Савинков выглядел так: "Сухое каменное лицо, презрительный взгляд; небольшого роста, одет с иголочки; не улыбается, веет безжалостностью".

В 1909-1911 годах Савинков воссоздал Боевую организацию эсеров и возглавил ее. Хотя сам он обладал нелегким характером и противоречивой репутацией, было решено, что никто лучше не поставит "работу" террора. В новою Боевую организацию Савинков набирает боевиков ему "лично близких", ужесточает в организации дисциплину, утверждает свои особые, почти диктаторские, полномочия. После разоблачения Азефа последовал целый ряд разоблачений более мелких фигур в эсеровской партии. Партию лихорадило, и в каждом партийце виделся провокатор… Атмосфера всеобщий подозрительности приводила к мысли о возможности роспуска партии.

Во второй Боевой организации эсеров было всего 13 человек, включая самого Бориса и его вторую жену – Е. Зильберберг. На английском острове Джерси боевики создали "динамитную лабораторию". В конце 1909 года большая часть боевиков выехала в Россию "на работу"…

Главной задачей, которою поставили перед собой Савинков и его организация, было убийство императора. Планировались также второстепенные задачи: убийство министра юстиции И. Щегловитова, министра внутренних дел П. Столыпина, великого князя Николая Николаевича.

Но террористов преследовали неудачи. Один из них был арестован, за несколькими велась слежка. Савинкову стало ясно, что его "конспирация" раскрыта полицией, и он отзывает своих боевиков из России. Группа считалась "проваленной", и ее руководитель решает создавать новую организацию. Но возрождению новой группы помешало новое громкое разоблачение в среде боевиков – известие о провокаторстве Кирюхина и самоубийство боевика Бердо, которого "затравили" подозрительные товарищи, и сам Савинков в том числе.

На Боевую организацию партия эсеров затратила за два года около 70 тысяч золотых рублей, однако организация ничем себя не проявила. Боевики спокойно и достаточно обеспеченно жили во Франции, Англии и не стремились к опасной борьбе в России.

Тем временем лидеры партии эсеров пришли к выводу, что террор не только бесцелен, но и вреден. Было решено свернуть всю террористическую деятельность партии. В конце 1910 года Савинков запишет: "Меня так-таки вышибают. Деликатно, честью просят. По шеям". В обнародованном партией эсеров "Заключении судебно-следственной комиссии по делу Азефа" виновными в атмосфере провокаций, по логике комиссии, оказались все члены Боевой организации, и прежде всего Савинков. Текст "Заключения" ошеломил его. Он немедленно составил протест, который подписали все боевики. Борис Викторович писал, что заключение ССК – "это удар для террора почище Азефа. Знаете, у меня шевелится подозрение, что члены ССК именно и преследовали цель – убить террор. Гадко, противно".