Первый съезд Коммунистической партии Украины постановил, что соглашения с анархистами "недопустимы", хотя лидер украинских большевиков В. Затонский заявлял, что "с анархистами нам приходиться считаться, там на Украине, гораздо больше, чем здесь (в России)". На съезде он говорил: "Мы достаточно видели различных Марусь Никифоровых, которые стояли на платформе советской власти и которые принесли нам столько вреда… Нам нужно быть подальше от таких друзей".
Отряд Маруси разгоняют и частично разоружают за неподчинение законам. Сама Маруся, чудом избежав ареста, прячется в Саратове, куда эвакуировались из Украины "причерноморские" анархисты. Там Маруся пытается поднять восстание против большевиков, но затея проваливается и заканчивается арестами анархистов.
В сентябре 1918 года Маруся была арестована по решению Саратовского Совета и под конвоем вывезена в Москву. Местные чекисты не решились расстрелять на месте "героиню революции", лично знавшую Ленина еще по "парижскому сидению" в уютных кафе.
Осень 1918 года Маруся проводит в советской тюрьме – в московских Бутырках, ожидая суда за все свои "художества": ограбления, бессудные расстрелы, восстания против советской власти. В октябре 1918 года ее освобождают на поруки члена ВЦИК Советов РСФСР старого анархиста А. Карелина и командующего советскими войсками Юга России В. Антонова-Овсеенко. Удивляет очень мягкий приговор по судебному делу Марии Никифоровой, вынесенный в дни покушения на В. И. Ленина и начала кровавого "красного террора".
Суд Ревтрибунала Республики состоялся только в январе 1919 года. За "дезорганизацию и дискредитацию" советской власти она была приговорена к "лишению на шесть месяцев права занимать ответственные командные посты в РСФСР".
Член ЦК компартии Украины Юрий Пятаков возглавил комиссию по рассмотрению дела М. Никифоровой по поручению правительства Советской Украины. Эта комиссия, признав Марусю виновной по всем статьям, требовала более сурового наказания. Именно Пятаков впервые назвал Марусю "бандиткой".
Можно предположить, что взаимное притяжение, возникшее между Марусей и длинноволосым эстетом и немножечко авантюристом Владимиром Антоновым-Овсеенко (партийная кличка "Штык"), привело к ее освобождению. Другое предположение состоит в том, что в обмен на жизнь Марусе было предложено сотрудничество с ЧК, и она выбрала жизнь, став секретным агентом во вражеских тылах.
За "особые заслуги" Маруся избирается в Секретариат Всероссийской федерации анархистов-коммунистов. А с декабря-1918 года она уже "гуляет" со своей партизанской сотней в Украине, где одна власть сменяет другую с калейдоскопической быстротой. Есть обрывочные сведения, что некоторое время она повоевала и в повстанческой армии украинских республиканцев, у Симона Петлюры. В составе войск Директории УНР, которые вел на Одессу Иван Луценко, был отряд Маруси.
В середине декабря Никофорова сражается против "белых" и французских войск, которые стремились захватить Одессу. Она, как бывший офицер французской армии, консультирует украинское командование о состоянии французской армии и особенностях ее тактики. Но войскам УНР пришлось оставить Одессу. И хотя Луценко заявлял, что "скинет французов в море", Петлюра, надеясь на союз с Францией, приказал не вступать с французскими войсками в открытые сражения и ради заключения будущего союза сдать город.
В конце, декабря 1918 года Маруся внезапно появляется в ставке В. Антонова-Овсеенко, которому вновь предстоит командовать "походом красных войск на Украину". Очевидно, зная, каким будет приговор Ревтрибунала по делу Никифоровой, и, пренебрегая этим приговором, Антонов-Овсеенко назначает Марусю командиром Вольной боевой дружины (200 бойцов), которая вошла в состав войск Украинского фронта.
С января 1919-го она воюет уже против петлюровцев в Харьковской и Екатеринославской губерниях. Отряд Маруси первым врывается в Екатеринослав, занятый войсками УНР. Но и под командованием Антонова-Овсеенко она находилась только полтора месяца. Рассорившись с "властниками-властолюбцами" большевиками, импульсивная Маруся покидает группу войск Харьковского направления.
В марте 1919 года Никифорова со своим отрядом вступает в повстанческую анархистскую бригаду батьки Махно. В то время махновцы формально входили в состав Заднепровской советской дивизии Украинского фронта, хотя и сохраняли права полной автономии (выборность командиров, анархистская идеология и борьба под черным знаменем анархии). А самое главное – на территории махновцев приказы большевиков не исполнялись, и создания административно карательных структур (ЧК, ревкомы, продотряды) Махно на своей территории не допускал. "Махновия" стала государством в государстве. Тут проводился эксперимент построения анархистского общества.
Маруся в махновской бригаде тайно командовала конным партизанско-террористическим отрядом, состоявшим в основном из "черногвардейцев". Официально же она занималась всего лишь пропагандой и просвещением бойцов, контролировала медицинскую помощь в бригаде. Никифоровой-пропагандисту была дорога идея истребления офицеров, буржуев, чекистов и продотрядовцев. Эту идею она постоянно осуществляла на практике.
Казалось бы, в бригаде "имени батьки Махно" Маруся сможет обрести желанную для нее анархическую среду. Однако и с батькой Махно она с трудом ладила, постоянно обвиняя его в диктаторстве и лояльности к большевикам. Уже в мае 1919 года Маруся предложила Махно возглавить анархистское восстание в Украине – "Третью анархистскую революцию", которая, начавшись в Украине, должна была охватить весь мир. Когда Махно отказался от предложенной авантюры, она попросила у его штаба крупную сумму на организацию антибольшевистского подполья и террора.
Интересно, что в то время, когда Маруся вынашивала свои "коварные планы", командующий фронтом Антонов-Овсеенко сообщал в Центр X. Раковскому (телеграмма от 2 мая 1919 года): "Махно и Маруся Никифорова ведут агитацию за создание "единого революционного фронта" против контрреволюции… к левым эсерам относятся отрицательно… Маруся Никифорова к военным делам не допускается, находя, что ее место – дела "милосердия".
Лев Каменев, побывав 7 мая 1919 года в Гуляй-Поле у Махно, остался доволен "доблестными повстанцами-героями". Он долго беседовал с Марусей и после этого разговора отослал телеграмму во ВЦИК Советской России: "Предлагаю, за боевые заслуги, сократить наполовину приговор Марусе Никифоровой, осужденной на полгода лишения права занимать ответственные должности".
В начале июня 1919 года Махно и его войско были объявлены большевиками "вне закона". В ответ на арест нескольких махновских командиров Маруся решила провести террористические акты против В. Ленина и Л. Троцкого. На эти "деяния" она потребовала у Махно 700 тысяч рублей. Получив отказ, Никифорова пригрозила забрать деньги силой. Ссора с Махно едва не дошла до перестрелки. Махно все же выгнал Марусю из своего вагона, кинув ей в виде подачки пачку денег (около 100 тысяч рублей) со словами: "Вы мне надоели! Чтобы я вас тут больше не видел!" По другим данным, Махно одобрил план террора и дал Марусе на убийство Ленина и большевистских диктаторов в Украине – Раковского и Пятакова – 500 тысяч рублей. Но заказчики убийств никогда не рекламируют себя.
Маруся и ее воинство навсегда покидают Махно и "махновский" Мелитополь. Часть отряда под руководством Казимира Ковалевича отправляется в Харьков с целью освободить махновцев из тюрьмы и взорвать здание ЧК. Однако анархисты прибывают в Харьков слишком поздно: махновские командиры расстреляны, а Троцкий и органы ЧК отбыли из Харькова, вследствие эвакуации города. Группа Ковалевича и Маруся направляются в Москву, чтобы убить Ленина в ответ на расстрел "красными" главы штаба махновских войск Озерова, махновских командиров Павленко, Коробко, Будыги, Костина, Полунина, Добролюбова. Тогда же анархистский отряд Макса Черняка отправился в Сибирь, с целью убийства "верховного правителя России" адмирала Колчака.
