16 августа 1903 г. Николай II выслушав очередной доклад Витте, обласкал его, а на прощание смущенно сказал, что лишает его поста министра финансов. По словам придворных, после этой аудиенции император облегченно выдохнул: "Уф!" Чтобы позолотить пилюлю Витте назначили председателем Комитета министров. Несмотря на пышное название, это был весьма скромный пост и занимавшего его сановника реально ничего не зависело. Разумеется, такого рода занятия не удовлетворяли Витте. Он твердо верил, что ничтожные деятели, оттеснившие его от штурвала государственного корабля, не справятся с управлением, и мечтал о возвращении к власти.
Час Витте пробил, когда России потерпела унизительное поражение в русско-японской 1904-1905 гг. Надо сказать, что в бытность министром финансов Витте способствовал постепенному втягиванию России в дальневосточных конфликт. Стремясь спрямить направление Транссибирской магистрали, Витте предложил проложить часть дороги через территорию Манчжурии. Он добился от китайского правительства согласия на строительство Китайско-Восточной дороги, подкупив 72-летнего мандарина Ли-Хунчжана, считавшегося при пекинском дворе реформатором и поклонником новизны. В Манчжурии появились русские путейские инженеры, затем в полосу отчуждения были введены отряды пограничной стражи, потом российское правительство вместе с правительствами других иностранными державами приняла участие в навязыванию Китаю кабальных соглашений, взяло в аренду Ляодунский полуостров, начало строить военноморскую базу Порт-Артур и коммерческий порт Дальний. В придворных кругах заговорили об установлении протектората над Манчжурией, толковали об устройстве военного плацдарма в Корее. Витте открещивался от этих авантюристических планов, говоря, что он планировал всего лишь обеспечение экономических интересов России в Северном Китае и ничего более. "Представьте себе, - приводил он рискованную аналогию, что я позвал своих гостей в Аквариум, а они, напившись пьяны, попали в публичный дом и наделали там скандалы. Неужели я виноват в этом? Я хотел ограничиться Аквариумом".8
Главным соперником России на Дальнем Востоке была Япония, чье правительство вынашивало точно такие же экспансионистские планы в отношении Китая и Кореи. Отстраненный от власти Витте в бессилии наблюдал за развитием конфликта, приведшего в январе 1904 г. к военному столкновению. Русская армия терпела одно поражение за другим, но Витте более всего тревожили выступления внутри страны. После Кровавого воскресенья 9 января 1905 г. Витте, полемизируя с главным идеологом консерваторов, оберпрокурором Синода К. П. Победоносцовым, предрекал: "Такие жертвы и ужасы даром не проходят, и если правительство не возьмет в свои руки течение мыслей населения, то мы все погибнем, ибо, в конце концов, восторжествует русская, особливого рода коммуна" В письме к главнокомандующему русскими войсками в Манчжурии генералу Куропаткину он подчеркивал, что в ближайшие 20-25 лет России придется отказаться от активной внешней политики и заняться исключительно внутренними делами: "Мы не будем играть мировой роли - ну, с этим нужно помириться...Главное, внутреннее положение, если мы не успокоим смуту, то можем потерять большинство приобретений, сделанных в ХIХ столетии".9
Гибель тихоокеанской эскадры в Цусимском проливе заставила правящие круги России принять предложение президента США Т. Рузвельта о посредничестве. Витте был назначен первым уполномоченным на переговорах с японцами, проходивших в американском городке Портсмут. Ему пришлось проявить большое дипломатическое искусство, чтобы свести к минимуму потери России. В сущности, за столом переговоров Витте даже вернул часть потерянного на полях сражений. И тем не менее ему пришлось согласиться на уступку южной части Сахалина, уже захваченной я японцами. В последнюю ночь перед заключением Витте размышлял об исходе переговоров: "С одной стороны, разум и совесть мне говорили: "Какой будет счастливый день, если завтра я подпишу мир", а, с другой стороны, мне внутренний голос подсказывал: "Но ты будешь гораздо счастливее, если судьба отведет твою руку от Портсмутского мира, на тебя все свалят, ибо сознаться в своих грехах, своих преступлениях перед отечеством и Богом никто не захочет, и даже русский царь, а в особенности Николай II". Витте как в воду глядел. После подписания мира 23 августа 1906 г. ему был дарован графский титул, но недоброжелатели тут же окрестили его "графом Полусахалинским".
Портсмутский мир, давший передышку самодержавию, значительно упрочил влияние Витте. Один из сановников сообщал: "Забавно видеть смятение разных здешних сфер по случаю скорого возвращения "Иуды", увенчанного лаврами миротворца. Его менее, чем когда-либо любят и более, чем когда-либо, опасаются, и в настоящую минуту придумываются и обсуждаются всякие меры к его "обезвреживанию". Витте любил повторять: "Не будь неограниченного самодержавия, не было бы Российской Великой империи" и утверждал, что демократические формы неприемлемы для России в силу ее разноязычности и разноплеменности. Но как прагматик он понимал, что при сложившихся обстоятельствах самодержавие должно уступить. Вернувшись из-за границы, Витте занялся разработкой программы реформ, заказав, по своему обыкновению, материалы сразу нескольким исполнителям, причем не юристам, а журналистам. Сотрудник консервативного "Нового времени" М. О. Меньшиков не мудрствуя лукаво взял в библиотеке брошюру приват-доцента Ф. Ф. Кокошкина о европейских конституциях и в один вечер набросал для Витте план коренного преобразования России. Другой журналист И. И. Колышко вспоминал, что Витте дал ему точные инструкции: "Напишите два доклада: для царя и для публики. У царя надо отшибить страх от конституции. Но осторожно обводите его, как пугливого коня возле куста. Ну, а для публики - чтобы всем было ясно, что конституцию я дам, но не сразу. Постепенно. Поняли?"10
9 октября 1905 г. Витте представил Николаю II записку, в которой указывалось на опасность революционного развития событий: " Русский бунт, бессмысленный и беспощадный, все сметет, все повергнет в прах. Какой выйдет Россия из беспримерного испытания - ум отказывается себе представить; ужасы русского бунта могут превзойти все то, что было в истории".11 Витте видел выход в немедленных реформах сверху, подчеркивая, что естественное развитие неизбежно приведет Россию к конституционному устройству. Он цинично поучал Николая II: "Прежде всего постарайтесь водворить в лагере противника смуту. Бросьте кость, которая все пасти, на Вас направленные, направит на себя". Царь согласился с этими аргументами и предложил подготовить соответствующий манифест.