В конце марта 1996 года, после того как Дэвид явился в ФБР, за домом Теодора Качинского было установлено круглосуточное наблюдение. Оно продолжалось до 3 апреля, после чего Теодора арестовали. При обыске в его домике были обнаружены химические вещества, диаграммы и записи, описывающие процесс изготовления бомб в домашних условиях. Были обнаружены три бомбы на начальной стадии сборки и две пишущие машинки. Именно на них Теодор отстучал свой манифест.

Несмотря на то, что сам Теодор Качинский наотрез отказался признавать в своем лице неуловимого Унабомбера, его поместили в тюрьму "Льюис энд Кларк" под 24-часовое наблюдение. Его деревянную хижину размером 3 на 3,65 метра сняли с фундамента и в мае доставили на американскую военно-морскую базу Малмстром для более детального изучения. Произошло это как раз в те дни, когда исполнилось ровно 18 лет со дня первого взрыва в городе Эванстон. Всего же этим беспрецедентным преступником было совершено 16 террористических актов (два из них были предотвращены), в результате которых погибли 3 человека и 23 человека были ранены.