В годы Отечественной войны талант Алейникова засверкал с новой силой. Кому, как не ему, с его обаянием, добротой и юмором, предстояло вселять в бойцов веру в победу и оптимизм. Поэтому один за другим выходят на экран новые фильмы с его участием: «Александр Пархоменко» (1942), «Непобедимые», «Во имя Родины» (1943), «Большая земля», «Небо Москвы» (оба – 1944). В последнем фильме Алейников сыграл третью, к сожалению последнюю, главную роль в своей недолгой карьере.
В 1946 году Алейников решил резко изменить актерское амплуа (эдакий рубаха-парень) и принял предложение режиссера Л. Арнштама сняться в его фильме «Глинка» в роли… А. С. Пушкина. Безусловно, это был смелый ход как со стороны режиссера, так и со стороны актера, но зритель подобного поворота в судьбе любимого актера не принял. Алейников в роли поэта вызывал в зале дружный смех. Актер после этого даже попросил снять из титров фильма его фамилию, хотя считал эту роль одной из лучших в своем послужном списке. С этого момента наступил закат в кинокарьере Алейникова. За четыре года он был приглашен сниматься только трижды, да и то в крохотные эпизоды. Во многом это объяснялось личной недисциплинированностью самого актера, который к тому времени почти спился. Поэтому, несмотря на то что Алейников был обожаем зрителями, многие режиссеры боялись связываться с ним, зная его скандальный характер. Например, в 1945 году на съемках фильма «Морской батальон» режиссер Александр Файнциммер вынужден был применить силу, чтобы привести Алейникова в нормальное состояние. Алейников тогда приехал на съемки в Ленинград со своей любовницей Лидией, вечерами в номере гостиницы напивался и бил ее смертным боем. Режиссеру приходилось вызывать моряков, чтобы те охраняли бедную женщину.
В конце концов к началу 50-х годов Алейников оказался за бортом большого кинематографа. Зритель с нетерпением ждал появления на экранах новых фильмов с его участием, но его не приглашали. А если и приглашали, то быстро находили замену. Из-за обильных возлияний он потерял роли в таких картинах, как: «Адмирал Нахимов» (1947), «Беспокойное хозяйство» (1946), «В квадрате 45» (1954) и др.
В «Беспокойном хозяйстве» Алейников должен был играть летчика, и Михаил Жаров, режиссер фильма, зная о пристрастии Алейникова к «зеленому змию», приказал запереть его в гостиничном номере, дабы уберечь от искушения. Но Алейников все равно сбежал, спустившись по водосточной трубе. В итоге эту роль сыграл другой актер – Виталий Доронин.
Иногда, чтобы хоть что-то заработать, Алейников соглашался выезжать с творческими бригадами московских театров на периферию. Причем эти поездки обставлялись весьма оригинально. На афишах крупными буквами набирались имя и фамилия – «Петр Алейников», а внизу мелкими буквами выписывались имена остальных актеров. И аншлаги были полные. Народ помнил и любил своего кумира, последний успешный фильм которого был снят 10 лет назад. Артисты, участвовавшие в этих концертах, вспоминают, что работать перед выходом Алейникова было трудно. Зрители ждали только его и поэтому выступления других встречали сдержанно. И вот когда наконец появлялся конферансье и хорошо поставленным голосом, выдержав, как положено, паузу, объявлял: «Наконец перед вами выступит…», зал, не давая ему договорить до конца, взрывался аплодисментами. Выходил Алейников, и ему навстречу уже мчались многочисленные фанаты с подарками в руках: кто-то нес цветы, кто-то водку, кто-то коробку конфет и т. д. Кумира обнимали, целовали, качали на руках. Все это длилось довольно долго, иногда так, что на выступление у артиста уже времени просто не хватало. Если же все-таки он выступал, то это выступление было довольно скромным. Никаких веселых историй или тем паче анекдотов (на которые актер был большой мастер). Алейников всегда читал какой-нибудь рассказ советского писателя или чеховскую «Дорогую собаку». В 1954 году, во время концертных выступлений в Челябинске, Алейников читал стихи Пушкина. И как говорят очевидцы, неоднократно крестился во время выступления. По тем временам такое публичное выражение своих религиозных чувств могло дорого стоить артисту. Но он, видимо, свое уже отбоялся.
В те годы многие, некогда набивавшиеся в друзья к Алейникову, отвернулись от него. Он был один, и часто местом его прогулок был Московский зоопарк. Особенно он любил бывать возле клетки с волком по имени Норик. Их дружба крепла с каждым днем, и однажды, когда Алейников кинул волку очередной кусок хлеба, волк внезапно подошел к самой решетке. Его взгляд был настолько выразителен, что Алейников, повинуясь какому-то внутреннему зову, подошел к решетке и наклонился к волку. И тот лизнул его лицо. На глазах артиста показались слезы, и он произнес: «Норик, ты самый лучший среди людей».
В 1955 году молодой режиссер Станислав Ростоцкий начал съемки первого своего фильма «Земля и люди». Кто-то предложил ему снять в одной из ролей Алейникова: мол, без работы тот совсем спивается. Ростоцкий встретился с актером, спросил у него, можно ли надеяться на то, что он не подведет. Алейников дал твердое слово не брать в рот ни капли. И свое слово сдержал. Это было первое появление актера на экране после пяти лет творческого простоя (в 1950 году он снялся в фильме «Донецкие шахтеры»). Однако изменить что-либо в судьбе Алейникова съемки в этом фильме уже не смогли – болезнь зашла слишком далеко. Он ушел из семьи, жил у каких-то чужих людей. Видевший его в те годы П. Леонидов вспоминает слова Алейникова: «Мне не пить нельзя. Если, понимаешь, я вовремя не выпью – мне хана: задохнусь я, понимаешь. У меня, когда срок я пропущу, одышка жуткая, как у астматика, а выпью – и отойдет, отхлынет. У меня, понимаешь, в душе – гора, не передохнуть, не перешагнуть, не перемахнуть. Боря Андреев – вон какой здоровый, а с меня чего взять-то? Иной раз думаю: неужто один я такой непутевый да неумный, а погляжу на улицу или в зал – ведь всем дышать нечем, всем, но они, дураки, терпят, а я пью и не терплю. У меня бабушка казачка была, вот я и буду пить, а не терпеть».
На рубеже 50—60-х годов Алейников снялся в эпизодических ролях в трех фильмах: «Отчий дом» (1959), «Ванька» (1960), «Будни и праздники» (1962). В 1963 году его пригласили на роль почтальона в фильме Киностудии им. Довженко «Стежки-дорожки». Его партнером по фильму был актер Евгений Весник. Съемки проходили в селе Селище под Винницей, и Алейников первое время вел абсолютно трезвый образ жизни. Казалось, что ничто не выбьет его из колеи. Однако Весник, с которым они жили в одной хате, на четыре дня улетел в Москву, и к Алейникову тут же «приклеился» местный киномеханик. Начались ежедневные возлияния, которые едва не завершились трагедией: пьяный Алейников ушел в лес и там свалился в какой-то овраг. Его еле-еле отыскали, кое-как выходили и отправили обратно в Москву. А все эпизоды с его участием пересняли с другим актером.
Между тем алкоголизм вызвал массу других болезней. Он перенес операции, в начале 60-х из-за мокрого плеврита у него удалили одно легкое (операцию проводил знаменитый профессор Лосев). Жизненные силы постепенно покидали этого некогда крепкого и жизнерадостного человека. Однако за несколько месяцев до смерти судьба все-таки подарила Алейникову радость новой работы на съемочной площадке. Режиссер Б. Мансуров пригласил его в свой фильм «Утоление жажды» на роль заправщика Марютина. Радость Алейникова была еще сильнее оттого, что в этой же картине с ним должны были сниматься его дети: сын Тарас и дочка Арина. Съемки происходили в пустыне под Ашхабадом. Мансуров рассказывает: «В рабочем поселке, в комнате недостроенного дома, мы были вдвоем с П. Алейниковым. За фанерной перегородкой была гримерная, и оттуда доносился женский голос: „Я его не узнала. Помню, такой он был красивый, а теперь…“ Петр Мартынович улыбнулся и заплакал…
По двенадцать и более часов в сутки работал Петр Мартынович, заражая своим трудолюбием всю съемочную группу. Все, что он успел сделать в фильме, было сделано за 15–16 дней. Однажды я спросил его: