Объявляя автономию Филиппин, американцы поступились рядом своих колониальных прав. Многие крупные административные должности были переданы филиппинцам, была создана национальная филиппинская армия. Впрочем, суверенитет США над архипелагом в течение переходного периода сохранялся, американские войска оставались на Филиппинах, и всеми вопросами обороны страны ведал американский генерал Макартур, получивший после увольнения из армии США чин фельдмаршала филиппинской армии.
Автономия была в первую очередь выгодна крупнейшим торговцам и торговым посредникам, связанным с политической элитой тесными родственными и деловыми узами. После прихода к власти Кесона крупные торговцы и помещики еще более разбогатели, а мелкие торговцы и промышленники все чаще разорялись. Они не выдерживали конкуренции дешевых американских беспошлинных товаров, их старались вытеснить китайские торговцы, большинство которых заняли нишу между филиппинской элитой и мелкой национальной буржуазией. В итоге мелкая буржуазия была разочарована плодами автономии. Не ощущали радости от автономии и крестьяне, особенно беднейшие, и сельскохозяйственные рабочие, среди которых было около миллиона безработных.
Искренний поборник независимости своей страны, Кесон в то же время видел себя в будущем главой государства с диктаторскими полномочиями, не ограниченными рамками введенной в период автономии политической системы западного типа. И хотя до независимости еще следовало сделать значительный шаг, власть, предоставленная филиппинской элите в 30-х годах во внутренней жизни страны, была настолько реальной, что авторитарные устремления Кесона получили черты официальной идеологии. Перед самой войной Кесон вознамерился даже ввести в стране однопартийную систему. Была создана Кесоновская ассоциация, целью которой было «распространять, поддерживать и пропагандировать уважение, любовь и восхищение президентом».
Через пять часов после налета на Перл-Харбор командующий дальневосточной авиацией США генерал-майор Льюис Бреретон обратился к генералу Макартуру с просьбой отдать приказ об ударе по японским аэродромам на Тайване. «Летающие крепости» были готовы к вылету, у Бреретона были все основания полагать, что нападением на Перл-Харбор японцы не ограничатся и скоро наступит очередь Филиппин. С аэродромов Тайваня и мог быть нанесен бомбовый удар по филиппинским укреплениям и аэродромам. Макартур отказал в разрешении на вылет, он все еще надеялся, что Перл-Харбор был ошибкой.
Предчувствия Бреретона были оправданными. Именно в эти часы пилоты японских бомбардировщиков стояли у своих машин, с нетерпением ожидая, когда рассеется туман, — сотни самолетов, готовых к взлету, были бы идеальной мишенью для американских летчиков. Через два часа, в половине десятого по местному времени, Бреретон вновь обратился с той же просьбой к Макартуру. Американские бомбардировщики уже давно бесцельно кружили над Манилой, сжигая горючее, — Бреретон поднял всю авиацию в воздух, для того чтобы не повторилась трагедия Перл-Харбора. Наконец долгожданный приказ был получен, но, чтобы выполнить его, следовало дозаправить машины.
Пока продолжались переговоры, туман над Тайванем рассеялся, японская авиация поднялась в воздух и взяла курс на Манилу. Двести бомбардировщиков с сильным эскортом истребителей подлетали к Лусону. Самолеты были обнаружены еще в океане, и было послано предупреждение. Однако на авиабазе Кларк-Филд, где стояли все американские «летающие крепости», его не получили.
В 12 час. 30 мин., через 10 часов после Перл-Харбора, японские самолеты спокойно, как на учении, волнами пошли на Кларк-Филд. То, чего не сделали бомбардировщики, довершили японские истребители. Они на бреющем полете безнаказанно ходили кругами над аэродромом, поливая его пулеметным огнем. Когда истребители наконец исчезли в облаках, оказалось, что у Дальневосточного воздушного флота осталось лишь три «летающих крепости». Все японские бомбардировщики и почти все истребители вернулись на базы. Генерал Макартур проиграл свое первое сражение только потому, что не решился его начать.
Психологический урон, нанесенный Перл-Харбором, пытались компенсировать публикацией статей типа тех, что ежедневно направлял с Филиппин некий Кларк Ли, корреспондент агентства Ассошиэйтед Пресс в Маниле. В них утверждалось, в частности, что «японская армия — масса плохо одетых, необученных мальчишек от 15 до 18 лет, вооруженных лишь стрелковым оружием такого малого калибра, что практически убить американца из своей винтовки японец не сможет... Мы потерпели урон от ее авиации — погодите, пока вступит в действие наша». Американское командование понимало лживость подобных сообщений, заполнивших американскую прессу, но ничего не делало, чтобы остановить этот поток дезинформации, и даже само способствовало ее распространению. Так, именно им была придумана «грандиозная победа» 12 декабря в бухте Лингаен на севере Лусона, когда американцам, как сообщалось в коммюнике штаба Макартура, удалось сорвать высадку десанта и уничтожить после отчаянных боев 154 японских судна. В момент, когда коммюнике уже отправляли в печать, к начальнику пресс-отдела армии подошел только что вернувшийся из бухты Лингаен американский журналист, который сказал, что никакого вторжения японцев вообще не было, а к берегу подходил лишь один японский катер, по которому открыли стрельбу все береговые батареи, после чего, зафиксировав их расположение, катер благополучно ушел в море. Начальник пресс-отдела выслушал журналиста и сказал коротко: «Битва была. Вот отчет о ней», — и показал готовое коммюнике.
Рейд катера дал возможность японскому штабу высадки убедиться, что бухта Лингаен отлично охраняется. Потому решено было высадить десант в 30 милях к северу от бухты, где береговых укреплений не существовало. Тем не менее «победа» в бухте Лингаен почти во всех трудах по истории Второй мировой войны и истории Филиппин считается датой реальной высадки японских войск на Филиппинах. На самом деле высадка произошла лишь в ночь на 22 декабря, когда 85 транспортов в сопровождении сильного эскорта без помех доставили десант к северу Лусона. Несмотря на то что сообщение о движении конвоя было отправлено патрульной подводной лодкой Макартуру, тот был настолько убежден, что высадка состоится на охраняемом южном берегу бухты Лингаен, где японцы уже были «разгромлены», что никаких мер принимать не стал. В результате к утру авангард армии генерала Хоммы, включая горную артиллерию, беспрепятственно высадился на неохраняемом берегу. К середине дня на суше уже находилась вся пехота и половина танков армии, а к вечеру на филиппинской земле насчитывалось 43 110 японских солдат и офицеров. Если не считать утонувших при высадке и раненных в бою с филиппинским батальоном, прибывшим к берегу в середине дня и поспешно отступившим при виде японской армады, одна из самых крупных десантных операций первого периода Второй мировой войны прошла без потерь.
Макартур в Маниле в тревоге ждал вестей с севера. С явным опозданием он обратился в Вашингтон с просьбой прислать к Филиппинам авианосцы, так как своей авиации на островах почти не осталось. Главную дорогу к Маниле почему-то защищали необученные филиппинские части, которые при первом же столкновении с танками генерала Хоммы бежали, оставив артиллерию, а командующий американскими силами на Северном Лусоне заявил Макартуру, что со своими слабыми частями удержать Манилу он не сможет. После этого Макартур, хотя его основные силы еще не были введены в бой, поспешил объявить своему штабу, что принимает резервный план, который предусматривал в случае поражения концентрацию американских и филиппинских войск на длинном гористом полуострове Батаан к западу от Манилы с перенесением штаба на укрепленный остров Коррехидор, пронизанный туннелями и способный продержаться несколько недель даже без помощи извне. Приказ об отступлении был отдан немедленно, и начался отвод войск из района Манилы и с юга острова. Положение осложнилось тем, что почти одновременно с высадкой армии Хоммы на юге Лусона также беспрепятственно высадились 10 тыс. японских солдат 16-й пехотной дивизии, которые, тесня редкие филиппинские заслоны, устремились к Маниле с юга.
