И все же он мало что мог сделать, чтобы продлить существование военного ордена. Когда полевая армия потерпела поражение, Кеттлер не мог больше эффективно защищать замки. Многие братья попали в плен и закончили свои дни на улицах Москвы, где им, падавшим от изнеможения, срубили головы во время победного парада. Большая крепость в Феллине, со всеми припасами, оружием и казной, была сдана, когда наемники потребовали, чтобы ее командор принял царское предложение капитулировать. Фюрстенбург, который хотел сражаться до конца, был уведен в Москву, где и провел остаток своей жизни в почетном плену. Иван надеялся, что сможет убедить остальных ливонцев признать себя его вассалами, согласно древней традиции обязанными лишь платить царю налоги и нести военную службу. Купцам же он обещал доступ к русскому рынку. Несколько человек из знати и горожан действительно перешли на сторону царя, но большинство сделало это, лишь попав в плен и не видя иной разумной альтернативы. Еще больше людей верили в рассказы о жестокостях Ивана, из-за которых он получил прозвище «Грозный». Царские обещания значили меньше, чем примеры тирании Ивана. Они считали, что лучше прибегнуть к какой-либо уловке, дававшей возможность пережить этот кризис. Вскоре Кеттлер начал секретные переговоры, направленные на то, чтобы распустить орден, а его самого сделать герцогом тех земель, что могут быть спасены от русских.

Среди братьев ордена были те, кто протестовал против передачи замков, одного за другим, польским гарнизонам, но и они не могли предложить ничего, чтобы защитить их только своими силами. Только собрав все оставшиеся силы, заняв как можно больше денег на оплату наемников, могли они удержать хотя бы Курляндию, и даже это становилось проблематичным, потому что венценосный патрон Кеттлера не торопился ссужать ему новые суммы.

Ливонский орден все еще формально существовал, хотя большинство его братьев были мертвы или находились в плену. Слишком поздно они нашли способы противостоять превосходству русских в численности. Рыцарей было очень мало, а лучшие командиры пали в боях. Ни одна армия не может воевать, не терпя поражений, если же её тактика включает в себя дерзкие и рискованные действия, число поражений будет еще больше. А единственное поражение при Эрмсе привело к потере самого боеспособного отряда кавалерии. Большинство тех, кто выжил, было готово переложить обязанность воевать на других. Возникающий вакуум силы втягивал в страну чужеземцев.

Паника, последовавшая за поражением при Эрмсе и падением крепости Феллин, в самом сердце страны, не прошла мимо внимания эстонцев, этого упрямого народа, так никогда и не смирившегося с владычеством крестоносцев. Память о предыдущих восстаниях, которые оканчивались горькими поражениями, научила их терпению. Но те, в ком остались отвага и инициатива, видели, что их время пришло, стало возможным сбросить ярмо их угнетателей.

Эстонцы не умели обращаться с оружием, ведь поколения назад они были лишены его, но в 1559 году ливонские рыцари организовали отряды местной пехоты, вооружив их мечами, копьями и щитами. Эти отряды использовались для поддержки мелких частей наемников и феодальной конницы, пытавшихся удержать русских мародеров во время осады Ревеля. Со временем русские прекратили наступление и ушли. Тогда эстонские крестьяне осознали, что, если бы они сражались за русских, а не против них, они могли бы получить независимость, или по крайней мере освободиться от немецкого правления. Царь воодушевлял лидеров заговора восстать, напоминая, что он приветствовал всех, кто перешел на его сторону сразу, и наградил их за службу и верность. Он выслушивал советы эстонцев, использовал их в качестве разведчиков и соглядатаев, посылая их в занятые немцами районы для пропаганды среди тех, кто был готов слушать их. В оккупированных землях он велел своим чиновникам снабжать крестьян посевным зерном, помогать восстанавливать дома и удерживать войска от грабежей и насилия. Напротив, немцы вводили все новые и новые налоги, чтобы оплачивать ведущуюся войну, и призывали всех годных на военную службу, для перевозки припасов и снаряжения или на строительство укреплений.

К осени 1560 года эстонцы решили, что немецкое правление уже достаточно ослабело и восстание не встретит серьезного сопротивления, если им удастся захватить форты и замки и призвать на помощь русского царя. Не требовалось большой подготовки, напротив, попытки такого планирования могли вспугнуть знать. Все, что требовалось от восставших, это продержаться с их примитивным оружием до подхода опытных русских войск. Русский летописец рассказывает:

Среди восставших эстонцев было мало вооруженных людей, всего около четырех тысяч, и оружие у них было плохое, а крепостей или припасов не было совсем. Но они угрожали распространить мятеж по всей Ливонии и положить неожиданный конец более чем трехвековой гегемонии немцев. Готтхард Кеттлер всерьез отнесся к ситуации, обратившись к польскому королю за помощью и передав оставшуюся часть страны польской короне, что означало конец правлению ордена.

Восстание продлилось недолго. У крестьян не было хороших командующих, оружия, подготовки и дисциплины, что приходит лишь с опытом. Они изгнали своих немецких офицеров и выбрали себе вожаков. Некоторые из них были избраны в соответствии с древними племенными обычаями и получили традиционные языческие знаки власти. Но среди них не было военных профессионалов, равных тем, что пришли с запада.

Заслуга в подавлении восстания принадлежит датскому командиру в Вике Кристоферу фон Мюнхгаузену. Несмотря на то что в его распоряжении был лишь маленький отряд наемников, он приказал горстке епископских вассалов присоединиться к его кавалерии, объединил окрестных эстонских крестьян в пехотное соединение, чтобы сражаться с восставшими соплеменниками. Затем он применил уловку. Он сделал так, чтобы командир восставших подумал, что приближающийся отряд – это еще одна группа мятежников, идущая на соединение с ним. Он застал мятежников врасплох, обратил их в бегство и пленил их командира, затем быстро напал на другие отряды мятежников и разогнал их. Когда немногие выжившие мятежники спаслись бегством к русским, вернулись немецкие землевладельцы, которые учинили жестокую расправу и над виноватыми, и над подозреваемыми.

Немецкие господа не удовлетворились возвращением к предвоенному положению, но настаивали на обращении всех крестьян в крепостные. Об этом они мечтали десятилетиями, но не смели нарушить закон и обычаи. Теперь же их было некому остановить: в последующие годы польский, датский и шведский монархи пожертвовали всеми сохранившимися правами крестьян, чтобы удержать непрочную верность местной знати. Хотя военное значение феодальной кавалерии было весьма сомнительным в начале войны, в ходе ее прибалтийские бароны стали опытными воинами, чье знание местности, обычаев, традиций и языков сделало их незаменимыми для любого, кто желал завладеть и управлять этими землями.

Для крестьян, чье восстание провалилось, это было полной катастрофой. Даже многие из свободных крестьян были низведены до почти рабского состояния. Теперь они были полностью во власти жестоких воинов-рыцарей, которым уже не требовалось соблюдать осторожность, как их предшественникам, в обращении со своими подданными. Кроме того, крестьяне пострадали от многих лет войны, в которой они потеряли больше жизней и собственности, чем любой иной класс. Сначала по их землям прошли русские войска, затем шведские или польские и, наконец, всевозможные грабители, пользующиеся смутным временем. Крестьян обирали, убивали, насиловали, уводили их в плен, жгли их дома, лишали всех средств самозащиты и бросали на расправу мародерам, голоду и болезням. Когда закончились два десятилетия войны, те, кто выжил, считали себя счастливчиками. Затем знать, ряды которой теперь пополнило множество новоприбывших шведских и польских капитанов наемников и королевских фаворитов, организовала новую администрацию, чтобы облагать налогами и эксплуатировать крестьян еще более эффективно и жестоко, чем ранее.