При образовании лютеранских и реформатских приходов на территории города преобладали центробежные тенденции. По мере прироста населения в различных кварталах столицы, а также при государственных учебных заведениях, в больницах, приютах, в частных особняках учреждались церкви и молитвенные залы для лютеранских богослужений на немецком языке. В центре города действовала совместная шведско-финская община; после многолетних конфликтов, которые решались в Юстиц-коллегии, община разделилась. Общий деревянный храм, освященный в 1745 г. во имя Св. Анны (покровительницы императрицы Анны Иоанновны, подарившей общине участок на Большой Конюшенной улице), отошел к финнам. Обветшавшее здание было заменено каменным, и при его освящении лютеранский генерал-суперинтендант Томас Фридрих Теодор Райнботт произносил речь на финском языке. Новую финскую церковь освятили во имя Св. Марии.
Собственная церковь для шведов, выстроенная на Малой Конюшенной улице при активной хозяйственной деятельности пастора Исаака Хоугберта, была освящена во имя Св. Екатерины. Автором проекта постройки был архитектор Ю. М. Фельтен, строивший ее одновременно со зданием немецкой лютеранской церкви во имя Св. Екатерины на Васильевском острове. Он же был автором проекта нового здания для лютеранской церкви Св. Анны, возведенной в 1779 г. на месте деревянной церкви на Кирочной улице. Один из прихожан, архитектор Карл Андерсон, в 1863-65 гг. провел перестройку здания шведской церкви.
Среди пасторов шведской лютеранской церкви Св. Екатерины яркой личностью был Эрих Густав Эрстрём (1791–1835). Эрстрём, получивший образование в университетах Або и Москвы, был глубоким почитателем русской культуры. Он оставил яркие воспоминания о пережитом им нашествии Наполеона на Москву. Получив известность как один из первых скандинавских славистов, он отстаивал правомерность использования финского языка в качестве официального языка нации, что не признавалось в шведском королевстве. Составленное им «Историческое описание шведско-финской общины Петербурга» (1829) отличается тщательной разработкой историкоэтнографических проблем. Его идея о том, что национальный язык — это часть гражданского просвещения народа, сыграла важную роль в укреплении финской национальной культуры в России.
Вопрос о необходимости подготовки духовенства для проведения лютеранских богослужений на эстонском языке обсуждался в Юстиц-коллегии около 1787 г., и такие службы проводились ранее в церкви Первого кадетского корпуса, а также для членов эстонской общины. На этой территории сложился эстонско-латышский приход, для нужд которого возвели храм, освященный в 1839 г. во имя Св. Михаила — патрона великого князя Михаила Павловича. Для петербургских латышей богослужения на родном языке проводились в ряде ведомственных и приходских церквей, к 1817 г. у них появился собственный храм на Загородном проспекте. Специальным распоряжением Николая I пастор Георг Пауль Эрнст Райнфелъдт был обязан с 1839 г. обеспечивать проведение богослужений на эстонском и латышском языках для гражданского и военного населения столицы.
Тенденция к объединению в сфере социальной деятельности среди лютеран сказалась в создании в течение 1845–1859 гг. кассы взаимопомощи лютеранских общин России с центром в Петербургском округе. Из средств кассы финансировались многие благотворительные учреждения и различные направления религиозно-просветительской деятельности.
Голландская реформатская община образовалась из 36 семейств в 1717 г., в 1730 г. приобрела собственное помещение церкви на Мойке, которое после пожара было перестроено и после 1741 г. служило для литургии до 1831 г. Строительство нового церковного комплекса в 1831-34 гг. (Невский пр., 20) отразило устойчивость общественного и материального положения общины, состоявшей в основном из купеческого сословия. Здание церкви, выполненное по проекту придворного архитектора Поля Жако, принадлежавшего к французской реформатской церкви, было рассчитано на 372 человека. Проект курировался императором Николаем I, который был в родстве с королевским домом Нидерландов. На освящении церкви в январе 1834 г. присутствовал принц Оранский, будущий король Вильгельм II, с супругой Анной Павловной и наследником нидерландского престола, будущим королем Вильгельмом III. Интерьер церкви включал кафедру проповедника, расположенный ниже небольшой престол для свершения таинств и орган для сопровождения песнопений. Орган был выполнен петербургским мастером Г. Л. Фридрихсом по чертежам Жако, в 1892 г. его заменили другим органом, который после закрытия церкви в 1927 г. был установлен в Академической капелле.
Голландская реформатская община управлялась согласно внутреннему уставу 1725 г., в который были внесены изменения в 1875 г. Богослужения состояли из проповедей, произносившихся каждую неделю не только на голландском, но и на немецком языке, поскольку многие голландские семьи в Петербурге породнились с немецкими. Таинство причащения свершалось два-три раза в год, таинство крещения — по мере необходимости. Община управлялась церковным советом, который консультировался с группой церквей (классисом) Амстердама. Роль посредников с властями выполняли патроны церкви, среди которых был генерал-майор Я. П. ван Сухтелен (1751–1836), известный собиратель книг и рукописей, чье собрание поступило в Императорскую публичную библиотеку. Благодаря личным связям между российским и голландским королевскими домами общине удалось в 1842 г. добиться статуса посольской церкви, избегнув, наравне с англиканской церковью, регламентации со стороны российских властей. В качестве благотворительной акции в 1866 г., после покушения на царя Александра II, было решено взять на содержание церкви приют для девочек реформатского исповедания, в 1898 г. планировалась организация «Приюта королевы Вильгельмины».
Пасторы голландской реформатской церкви Я. Гаргон, Э. Тамлинг, В. Велтер внесли свой вклад в развитие науки в Петербурге. Искусством проповеди прославился пастор X. Гиллот, его приглашали учителем в царскую семью.
Французскую реформатскую общину вначале составляли преимущественно швейцарцы. В укреплении контактов с Женевой — историческим центром реформатской церкви — важную роль сыграло семейство Франца Лефорта, брат которого был членом правительства Женевы, а племянник стал дипломатом на российской службе. Образовавшаяся в 1723 г. в рамках «адмиральской» церкви французская реформатская община обратилась прямо в Консисторию Женевы с просьбой прислать французского пастора. Служение Робера Дунана (в 1724–1740 гг.) началось с крещения ребенка в семье флотского хирурга Жана Гови с участием Петра I. С тех пор кресло царя выставлялось в молитвенном зале вплоть до 1865 г. При Петре II петербургскую общину объединили с московской под руководством пастора Дунана, но затем самостоятельность общин была восстановлена.
В 1732-33 гг. для верующих так называемой «французской слободы» по проекту Б. Растрелли было возведено одноэтажное каменное церковное здание (Большая Конюшенная, 25). Средства были получены от императрицы Анны Иоанновны и от французских реформатских церквей в изгнании — из Франкфурта-на-Майне и Ханау. Постепенно среди петербургских реформатов немцев стало больше, чем французов, они именовали себя членами «французской и немецкой колонии Санкт-Петербурга». Из немцев реформатского вероисповедания были пасторы Иеремия Рислер, Леопольд Дильтей, Филипп Лавинъ. Важным этапом в укреплении положения франко-немецкой церкви была перестройка здания в 1773 г. по проекту Ю. М. Фельтена. Руководил делами в качестве члена церковного совета лейб-медик Екатерины II Ж. Фуссадье; в совете состоял также математик Леонард Эйлер. Церковь была освящена во имя Св. Павла — в честь покровителя наследника российского престола.
Отношения петербургских верующих с Женевой были дружественными. В 1784-85 гг. в Петербург прибыл для служения пастором Этьен Дюмон, женевец, который в период Великой французской революции приобрел известность как знаток права и друг Мирабо. В 1803 г. он прибыл в Петербург уже в качестве консультанта правительства Александра I в связи с намеченной программой кодификации российского законодательства. Длительные сроки служили пасторами в Петербурге женевцы Жак де Сози, Франсуа Анспах, а также француз, выпускник университета Лозанны, Эжен Кроте. Сообщения о деятельности общины в Петербурге они направляли в женевскую Консисторию. По их данным, численность французской реформатской общины в Петербурге в 1865 г. была 520 чел.
