Этот устав действовал и в XX в., хотя последующие законы внесли акценты в правовую квалификацию протестантов. Кодификация российского законодательства, завершившаяся при Александре II в 1857 г., не отменяла установленных ранее прав иностранцев, но верующим неправославных конфессий напоминали об ограничениях. Было установлено деление вероучений на четыре класса (православие, другие христианские конфессии, раскольники, нехристианские религии). В Своде законов Российской империи за 1912 г. протестанты, причисленные ко второму классу, не имели права «убеждать последователей иных вероисповеданий христианских и иноверцев к принятию их учения о вере». Это запрещение миссионерства практически не сказалось на деятельности лютеранской, реформатской и англиканской церквей, не отразилось и на положении гернгутеров и меннонитов. В полной мере его карающая сила обрушилась на евангельских христиан и баптистов, их вероучительные нормы расценивались как противозаконные, начиная с 1860-х гг., когда на русских землях стали возникать общины так называемых «штундистов».

Слова «секта» и «сектант», по мнению специалистов-филологов, в русском языке изначально не были нейтральными, они имели отрицательный и уничижительный смысл. В современной официальной лексике эти понятия употреблять не рекомендуется, поскольку они могут восприниматься верующими как оскорбительные. Однако на языке государственных документов царской и императорской России вероисповедания лютеран, реформатов и англикан относили к христианским, хотя и второго класса, а все прочие протестантские конфессии именовались «сектами».

Выступления против православия в России были таким же постоянным явлением духовной жизни народа, как на Западе выступления против католицизма. Сначала языческое население противилось крещению, затем, начиная с XIV в., православным иерархам регулярно приходилось расследовать учения еретиков, а в XVII в., вслед за расколом, связанным с реформами патриарха Никона, появляются в российских землях «секты». Не жалея энергии, православные писатели обличали сектантов, выясняя происхождение странных для привычного церковного обихода обрядов и верований, чем-то связанных воедино, подобно ветвям и листьям в кроне древа российского раскола и сектантства. Сектанты считали себя «духовными христианами». Христововеры (хлысты) верили, что Христос был простым человеком и Бог может одновременно воплотиться во многих людях. Они изнуряли себя плясками-радениями, сопровождаемыми «говорениями» (глоссолалией), подвергали себя оскоплению. Полностью порывали с официальной церковью духоборы, учившие: «Не надобно ходити к церквам молитися… Церковь не в бревнах, а в ребрах». Они считали неправедными всех правителей, строили в предгорьях Кавказа особое государство «Духоборию», отказывались служить в армии, и в 1830 г. были причислены к «особо вредным сектам».

Прорицатели-молокане, ожидая в 1836 г. конца мира и возмездия грешникам, переселялись на юг, ближе к Арарату, где им было уготовано тысячелетнее царство спасенных.

Русские молоканки Закавказья. Рисунок неизвестного художника XIX — начала XX в.

В южных и юго-западных регионах, в Херсонской, Таврической, Бессарабской, Киевской и Екатеринославской губерниях, куда стремились российские сектанты, уже расселились иноземные колонисты и регулярно наведывались протестантские миссии. Там возникли в 1860-х гг. религиозные братства «штундистов» (нем. die Stunde — час). В определенные часы они проводили молитвенные собрания в частных домах, читали Библию на русском языке, и ожидали великого добра от начальства, которое отберет землю от православных помещиков и даст ее простым людям из «штунды и анабаптистов». Железные дороги, пароходы и телеграф указывали им на наступающий конец света, церковной иерархии и богослужений они не признавали и нередко отказывались крестить младенцев. Православные писатели называли их штундо-баптистами.

Циркуляром Комитета министров от 4 июля 1894. г. штунда была признана «одной из наиболее опасных в церковном и государственном отношении сект». Поскольку они отрицательно относились к православию и по-своему толковали Писание, им вменялся в вину подрыв чувства уважения к законным властям. В судебной практике к штундистам были причислены представители прежних «сект» (хлыстов, духоборов, молокан), а также и баптисты.

Вероучение баптизма стало известным в России с 1850-х гг. в Прибалтике и Финляндии, польских землях и на юге. На юге его проповедовали миссионеры Германского баптистского союза, связанного с Филадельфийской ассоциацией. Они учили частных баптистов согласно Гамбургскому исповеданию, которое разработал Иоганн Онкен (1800–1884) и перевел на русский язык В. Г. Павлов (1854–1924). Началом баптистского движения считается 20 августа (1 сентября) 1867 г., когда немецкий миссионер Мартин Калъвейт (1833–1918) совершил повторное крещение в реке Куре над Никитой Исаевичем Ворониным (1840–1905), который был торговцем в Тифлисе и происходил из молоканской семьи. Духовные лидеры российского баптизма и его организаторы действовали при наставничестве немецких проповедников из числа братских меннонитов и баптистов. Совместная братская конференция в колонии Рюкенау Таврической губернии, созванная по предложению меннонитов 20–22 мая 1882 г., по представительству была всероссийской, начальной для русско-украинского братства. От Петербурга на конференцию было прислано письмо солидарных с баптизмом евангельских христиан. Следующее организационное мероприятие — первый съезд русских баптистов (30 апреля — 1 мая 1884 г. в селе Нововасильевка Таврической губернии) — привело к учреждению Союза баптистов Южной России и Кавказа. Союз русских баптистов действовал до 1935 г. Параллельно развивалось движение евангельских христиан в Петербурге.

В Петербурге начало «евангельскому пробуждению» положили проповеди англичанина Гренвилля Редстока (1833–1913). Религиозное откровение снизошло на Редстока в Крыму в 1856 г., когда ему открылось, что вера во Христа не требует храма, для нее нужен лишь экстаз. Выступления Редстока в Англии и Швейцарии привлекли внимание русских аристократов, пригласивших его в Петербург, где в салонах ему был оказан горячий прием. Он выступал также в помещении Британско-американской церкви на Почтамтской улице, составлял листовки для народа, переводившиеся его почитателями. Гофмейстер двора М. М. Корф за один день промышленной выставки, проводившейся в Петербурге в 1874 г., сумел раздать 62 000 экземпляров Писания. Гвардии полковник Василий Александрович Пашков (1834–1902), богатейший российский дворянин, после встречи с Редстоком отдал все свое состояние на выполнение программы «деятельного христианства».

Редстокисты создали мастерские для бедных женщин, основали журнал религиозного просвещения для рабочих, издавали переводы сочинений прославленного пуританами и баптистами Дж. Беньяна, проповедей Ч. Сперджена. Они образовали общину евангельских христиан-пашковцев, успешно распространявшую Священное Писание и свои издания в российских губерниях. Вскоре власти запретили Редстоку въезд в Россию, а деятельность В. А. Пашкова и его общины Синод прекратил за «совращение православных». Вероучение пашковцев не было достаточно разработанным, и с 1890-х гг. в Петербурге стали возникать близкие им по духу группы, которые придерживались принципов западного баптизма.

Религиозная политика Российской империи к началу XX в. изменилась. Первенство православной церкви соблюдалось, но император Николай II поручил Правительствующему Сенату принять административные меры против того произвола, который творился в стране по отношению к старообрядцам и сектантам. В указе от 12 декабря 1904 г. предлагалось ликвидировать в их религиозном быту «стеснения» и пересмотреть законодательство. Этот указ официально подтвердил, что в империи имели место преследования по религиозным убеждениям. В условиях разворачивающейся в России революции 17 апреля 1905 г. был издан указ «Об укреплении начал веротерпимости». Он заявлял, что «отпадение от православной веры» в другое христианское исповедание не подлежало преследованию. За «отпавшими от православия» признавалось право избрать себе иное вероисповедание, и отменялось уголовное преследование за «оказательство» неправославной веры. Для протестантов это означало, что отныне их вероучение и обряды, общины и съезды, а главное проповедничество, получили на территориях Российской империи легальный статус.