После того как права гражданства были предоставлены не только членам конгрегаций, но и приверженцам любого протестантского исповедания, система конгрегационализма утратила контроль за церковной дисциплиной. Англиканство на Юге хотя и обладало статусом государственной церкви, имело более демократическое устройство в колониях, чем в метрополии.

Вне государственной церкви находились множество других религиозных течений. Их перенесли на американскую почву люди, стремившиеся избавиться от религиозных преследований. В Мериленде католики, будучи в положении людей, избавлявшихся от преследований в Англии, выступили в необычной для католиков роли сторонников веротерпимости.

В Пенсильвании и Нью-Джерси обосновались квакеры, у которых почти нет теологии. Из Ольстера прибыли шотландско-ирландские пресвитериане. Они спасались от религиозной политики Лондона, который поддерживал англиканскую церковь Ирландии и лишил пресвитериан права занимать государственные должности, а их пасторов — права заключать браки.

В число жителей колоний вошли большая группа членов голландской реформатской церкви в Нью-Йорке и ранее находившиеся под властью голландцев шведские колонисты-лютеране. Среди иммигрантов постоянно приезжали Чешские братья и баптисты. Немецкую диаспору составляли члены немецкой реформатской церкви, швенкфельдериане — последователи учения немецкого радикального реформатора Каспара Швенкфельда, а также община данкеров (тункеров), отделившихся от лютеранского пиэтизма. Религиозный плюрализм, как море, поглотил пуританскую догматику.

Масштабы движения стремительно увеличились, когда Джордж Уайтфилд показал на американской земле образцы методистского мастерства массовых обращений. Бостон, центр пуританской ортодоксии, признал методиста истинным проповедником, а затем обращения стали происходить повсеместно. Джонатан Эдвардс реально руководил возрожденными не только в Норт-Эмптоне, но и по всей Новой Англии. Из полулегальных акций возникло массовое движение. Священники обвиняли ривайвелистов в том, что их богослужения были оргиями богоотступников, одержимых Сатаной. Эдвардса обвиняли в подрыве приходской церковной системы и сепаратизме.

Защищая ривайвелистов, Эдвардс в «Трактате о религиозных чувствах» (1746) доказывал, что они не отступали от истинной веры, а их массовые акции являются богослужениями, хотя степень эмоциональности ему казалась чрезмерной. Необузданный взрыв религиозных чувств может быть основой возрождения веры, но им нужно руководить, чтобы богослужение не превращалось в анархию. Когда же он как глава прихода пытался упорядочить его деятельность, ривайвелисты, которых он же поддерживал и наставлял, сочли проповедника отступником. Приход Норт-Эмптон отказался от своего проповедника, и он отправился в глушь Массачусетса обращать индейцев. Там он полностью посвятил себя философско-теологическим исследованиям. В них он уходил от пуританской традиции рационального и трезвого обоснования веры, считая, что в основе веры лежит религиозное чувство.

Надежды на укрепление основ протестантизма в своей стране Эдвардс связывал с ривайвелизмом. Его сочинение «Несколько мыслей об имеющем место ныне пробуждении религии в Новой Англии» (1742), как будто повторяя мысли Коттона Мезера, доказывает, что самые достойные христиане обосновались в Новом Свете. Здесь им, согласно Священному Писанию, по указанию Всевышнего суждено было учредить самую истинную церковь. В отличие от автора «Великих деяний Христа в Америке», Эдвардс указывает, что во главе этой церкви уже не святые, а «Великое пробуждение» совести и веры, обращенных к Богу.

Оттачивая искусство проповеди до совершенства, Эдвардс и другие священнослужители приводили слушателей в экстаз, вызывая чувства духовного очищения, обновления веры. Радость отрешения от мелочных забот и мирских обстоятельств вдохновляла их переживать единение с Богом, ощущать слитность с природными и божественными силами. «Великое пробуждение» не было полной противоположностью пуританизму, и, отстраняя догматику, это движение стало успешным благодаря раскрытию эмоционального мира верующих и осознанию их принадлежности к одной нации, уже не только английской.

Становясь американцами, они способствовали возвышению идеала предприимчивого индивидуализма, который в пуританской морали стесняли всевозможные запреты. Постепенное превращение английского пуританина в представителя национального характера американского янки сопровождалось переменами в отношении к религии.

«Великое пробуждение» стремительно ослабило официальную церковь, господствующее положение церковных конгрегационалистских институтов и влияние догматической теологии. Оно указало на потребность возвратиться к христианству, еще более чистому, чем пуританизм, и не предписанному сверху.

Прихожане сотнями выходили из старых конгрегаций и переставали платить церковные налоги. Внутри своих приходов священники еще пользовались патриархальным влиянием, но они не могли соперничать с новой категорией священников, которые появились в это время в Америке, — с вольными пастырями баптистов и методистов. Странствующие проповедники считали себя вправе выступать в любом приходе, не спрашивая разрешения у приходских священников. Среди различных неофициальных религиозных течений — на почве, подготовленной «Великим пробуждением», — быстро увеличивалась численность приверженцев баптизма.

В колониальную эпоху, которая завершилась обретением самостоятельности в 1783 г., баптистские общины возникали и существовали по преимуществу на положении преследуемых. После того как Роджер Уильямс, основав общину в Провиденсе, оставил ее без руководства, направление общего баптизма, допускавшее спасение всех верующих, постепенно угасло.

Церковь частных баптистов, основанная в 1641–1644 гг. проповедником Джоном Кларком, была изгнана из Массачусетса. Один из последователей Джона Кларка Томас Данген основал первую в штате Коннектикут церковь частных баптистов в г. Голд-Спрингс в 1684 г. Отсюда началось распространение баптизма на территории Филадельфии, в 1707 г. возникла Филадельфийская баптистская ассоциация, занявшая ведущее место в баптистском движении Нового Света.

Учение этой церкви развивалось под влиянием теологических воззрений их английских единомышленников, а исповедание веры Филадельфийской ассоциации, принятое в 1742 г., было заимствовано из английских исповеданий 1658 и 1689 гг., в которых отражались ряд положений конгрегационалистов. Неотъемлемой частью баптистского культа было пение гимнов во время молитвенных собраний и возложение рук на всех крещаемых. Здесь провозглашалась верность Священному Писанию, которое говорит не от имени какой-либо церкви или земного человека, но от имени своего автора — Бога. Писание определено как единственное, достаточное, надежное и неизменное правило для «спасающего знания, веры, повиновения». Следуя реформатской ортодоксии, исповедание исходило из догматов, принятых Дордрехтским синодом в 1618-19 гг. В борьбе с арминианской идеей всеобщего спасения синод с особой силой подчеркнул доктрину первородного греха и различие верующих перед лицом Бога. В отличие от Лютера и Кальвина, синод решил, что Бог дарует веру одним избранникам, и ввел в протестантскую теологию понятие о Божьем предопределении. Основоположники протестантизма учили, что Бог призывает к себе всех верующих, и в составе видимой церкви грешники находятся вместе с праведниками. Частные баптисты усвоили из конгрегационализма, что каждая церковь состоит из «возрожденных», которые сами определяют свою деятельность, обладая силой и авторитетом для того, чтобы не зависеть ни от какой другой религиозной организации. В исповедании веры они указали, что евангельская церковь состоит из лиц, призванных из царства Сатаны в царство Сына Божьего или же предопределенных к тому, чтобы быть призванными таким образом.

В ходе длительных дискуссий члены Филадельфийской ассоциации приняли положения об истинной церкви. Отличительными признаком церкви были названы правильная организация, посвящение церковнослужителей в сан, церковная дисциплина. Сложилась система принятия в члены общины, контроля за поведением верующих и изгнания из общины. Правила предусматривали изгнание из общины тех, кто вступил в брак с иноверцем, отказывается от хлебопреломления или верит в общее спасение, т. е. они осуждали позиции общих баптистов. В целом эта строгая практика, имевшая сходство с пуританской, называлась практикой так называемого закрытого членства.