Бегство Марии в Англию и ее почти двадцатилетнее пребывание в плену Елизаветы дало почву для серии заговоров и мятежей католиков. Папа отлучил королеву Англии от церкви, освободив подданных от подчинения еретичке. Претензии Марии на английский престол использовала Испания, снарядившая для захвата страны флот Великой Армады. Поэтому казнь католической государыни Марии Стюарт Елизаветой (8 февраля 1587 г.) вписывалась в абсолютистскую политику защиты интересов государства от внешних и внутренних врагов. Точно так же, как демонстративный траур государыни при известии о Варфоломеевской ночи, военная помощь гёзам в Нидерландах и гугенотам во Франции означали не религиозные симпатии королевы, а политические акции против гегемонии Испании в системе европейских держав.

Поддерживая протестантов во внешней политике, королевская власть в Англии смотрела на пуритан внутри страны как на «испанскую угрозу», ведь они подрывали устои власти, требуя ликвидировать ее опору — епископат. Судебные процессы против пуритан не прекращались, но они молились за королеву и настойчиво проповедовали. Центром пуританского влияния был университет Кембриджа, где пуританские богословы враждовали с доминиканцами и удаляли из церкви украшения. Англиканское духовенство не могло соперничать с пуританами в искусстве проповеди, которому хотели обучаться студенты-теологи. Проповедуя и обучая Писанию в городах и селениях, пуританские проповедники, несмотря на запреты, укрепляли по стране антиабсолютистские настроения. Король Яков I Стюарт недаром называл их «ехиднами»: они сильнее других еретиков унижали королевскую церковь. Дело было не только в митрах, ризах и поклонах, богатстве и политической ангажированности англиканских иерархов. Постыдное, аморальное происхождение англиканской церкви, основанной, по убеждению пуритан, для потворства порокам деспота и развратника короля Генриха VIII, провозглашалось пуританами несовместимым с Богом и Писанием. На этом основании в пуританском парламенте англиканскую церковь обличали, как «бесовскую забаву», которая так же отвратительна для христианина, как придворный церемониал, пляски и театральные зрелища.

Среди пуритан постепенно усиливалось влияние идеи о том, что в церковных общинах не должно быть никакой разницы между проповедниками и мирянами, которым также дано толковать Слово Божье. Ее отстаивали индепенденты (от англ. independent — независимый), считавшие каждую общину независимой. Их численность, несмотря на казни, неуклонно возрастала. Они обвиняли в деспотизме не только епископат государственной англиканской церкви, но и синоды кальвинистской пресвитерианской церкви. Ни единой национальной церкви, ни податей на содержание духовенства, как они полагали, нынешним христианам не нужно точно так же, как в первых христианских общинах. Духовенство должно жить трудом своих рук, школы должны быть не церковными, а должности в государстве могут занимать люди различных религиозных убеждений — с такими взглядами боролась против монархии Стюартов республиканская партия индепендентов.

Индепенденты — термин, имевший преимущественно политическую окраску, в церковном аспекте они были конгрегационалистами, последователями Роберта Броуна (1550–1633), выпускника Кембриджского университета и пастора, отстаивавшего идеи радикальной Реформации. В своих книгах он обобщил опыт тайно действовавших в Англии общин радикальной Реформации, которые дали начало конгрегационалистской церкви. Принципы конгрегационализма изложены им, главным образом, в произведении «Книга для наставления жизни и обычаям истинных христиан» («А Book Which Sheweth the Life and Manners of All True Christians»). Расходясь с умеренными пуританами, он писал о необходимости полного упразднения англиканской церкви и создании самоуправляемых общин. Между этими общинами должно быть согласие исповедовать одну веру. Согласие, или договор (англ. covenant), предусматривает духовную связь между общинами, а также между каждой общиной и Богом, так что светское вмешательство в сферу религиозной жизни исключается. Всякую церковь, которая связана со светской властью или ею контролируется, Броун считал церковью Антихриста. Соответственно, и кальвинистские структуры церкви с пресвитерами и синодами, по его представлениям, не соответствовали Писанию.

Роберт Броун был вынужден возвратиться в англиканскую церковь. Его единомышленники, после того как двое из них были повешены, эмигрировали в Голландию. Конгрегационалисты с 1616 г. имели свою церковь в Лондоне, позже такие церкви появились в различных местностях Англии в период борьбы парламента с абсолютизмом. В республиканской Англии конгрегационализм получил официальное признание, а в период протектората Ричарда Кромвеля был подготовлен проект объединения их с пресвитерианами. «Декларация о вере и организации согласно практике конгрегационалистских церквей Англии» выражала согласие с принятым в 1647-48 гг. на ассамблее пресвитериан Вестминстерским исповеданием веры, но требовала сохранения своей церковной системы, полностью отрицая роль государства. Конец преследованиям конгрегационалистов в Англии наступил в 1688 г., и лишь в XVIII в. им были дарованы полные политические и религиозные права.

Социальные столкновения в Англии при Стюартах, приведшие к гражданской войне и революции, происходили как конфликты вероисповеданий. Королевская власть требовала конформизма (от англ. conformity — подчинение), соблюдения уставов англиканской церкви, но ее действия сплотили религиозную оппозицию противников католицизма и англиканства — нонконформистов.

Яков I, на законном основании ставший королем Англии, Шотландии и Ирландии, крайне разочаровал подданных религиозной политикой. С одной стороны, были приняты строгие законы против католиков, которые пытались взрывом здания парламента покончить с королем, его шотландскими любимчиками и парламентом. С другой стороны, были усилены гонения на пуритан и на парламент, где их было немало. Король хотел от парламента, чтобы он вотировал новые налоги, а парламентарии занимались совсем другим. Они принимали пуританские законы о строгом праздновании воскресного дня, восстановлении прав проповедников и проклинали папистов. Карл I Стюарт, столкнувшись с отказом парламента подчиняться королевским чиновникам, распустил его, но затем не смог править без парламента.

В Шотландии король подчинил пресвитерианскую церковь судебной власти епископов и потребовал проводить англиканскую литургию. При первом же ее проведении в кафедральном соборе Эдинбурга верующие с криками «Папа — Антихрист! Бейте его камнями!» бросились на епископа и сорвали богослужение. Представители дворянства, духовенства и городов подтвердили договором от 1 марта 1638 г. верность Ковенанту — союзу нации по защите пресвитерианской церкви. После этого синод в Глазго, обвинив всех епископов во множестве грехов — от ереси до разврата и пьянства, — отменил епископат. Это был открытый мятеж против короля.

Чтобы подавить мятеж и добыть средства на введение войск в Шотландию, Карлу I пришлось возобновить деятельность распущенного парламента. Вместо утверждения бюджета парламент предъявил королю обвинительный акт против системы управления страной. Отныне власть на долгие десятилетия перешла к так называемому Долгому парламенту.

Отрешение Стюартов от власти в Англии помогло Шотландии утвердить свои парламентские свободы и пресвитерианскую церковь. В Ирландии католики, объявив, что они сражаются за короля и папу, напали на протестантов — шотландцев и англичан, почти поголовно истребив 40 ООО мирных колонистов в 1641 г.

Население и парламент Англии разделились на партии, которые руководили армиями. Католические силы «кавалеров» из аристократии и высшего духовенства отстаивали монархию. Протестантские силы «круглоголовых» добивались установления республиканского строя и официального признания своих вероисповеданий, чтобы король и паписты не наносили зла стране и свободе веры. Парламенты Англии и Шотландии, заключив в 1643 г. союз, намеревались не только защитить себя от покушений со стороны короля, но и покончить с епископальным устройством церкви.