Анализируя минеральную гипотезу Д. И. Менделеева, нельзя не отметить ее обоснованность аргументами, которыми располагала наука в то время. Действительно, ни для Апшеронского полуострова, ни для Пенсильвании никак не подходили представления об образовании нефти непосредственно из растительных остатков или из ископаемых углей. Для тех районов нельзя было принять и представлений об образовании нефти вследствие вулканической деятельности, поскольку в них не было и следов этой деятельности. Нефтяные месторождения в данных регионах были известны в основном только вдоль Кавказских и Аппалачских гор. И, наконец, по существовавшим в то время представлениям, Жизнь на Земле началась только с кембрийского периода.

Теперь же хорошо известно, что нефтяные месторождения в этих регионах распространены далеко от указанных хребтов, а организмы появились на Земле почти на 3 млрд. лет раньше, чем считали во времена Д. И. Менделеева. Вот почему можно не сомневаться в том, что, если бы Д. И. Менделеев располагал современной информацией, он ни за что не выдвинул бы своей "минеральной гипотезы".

Следует отметить, что появление "минеральной гипотезы" Д. И. Менделеева не внесло успокоения в умы всех занимающихся нефтяной геологией, а в определенной степени даже способствовало новой вспышке дискуссий о происхождении нефти. При этом данная гипотеза подверглась критике со стороны химиков и геологов: как сторонников органического происхождения нефти, так и сторонников ее неорганического происхождения. С критикой этой гипотезы выступили профессор Московского университета К. И. Лисенко в своей книге, опубликованной в 1878 году, а позже геологи В. Д. Соколов, Г. Гёфер, химики К. В. Харичков, К. Энглер и др.

В печати многих стран продолжалась публикация статей, в которых авторы предлагали различные варианты образования нефти как непосредственно из органического вещества растительного происхождения, так и из ископаемых углей. Английский исследователь К. Вуж в 1866 году высказал предположение об образовании нефти из морских водорослей, захороняемых в огромных количествах аналогично наблюдаемым в настоящее время в Саргассовом море.

В то время как Д. И. Менделеев, разрабатывая гипотезу неорганического происхождения нефти, использовал результаты экспериментов французских химиков, американские и немецкие химики . проводили опыты, подтверждающие органическое .происхождение нефти. В 1865 г. американцы К. Уоррен и Ф. Сторер получили из рыбьего жира путем дистилляции смесь углеводородов. Немецкий химик К. Готтлиб в 1875 году при перегонке высших жирных кислот получил углеводороды, среди которых были такие же, как и в американской нефти.

Под влиянием работ Г. Гёфера немецкий химик К. Энглер в 1888-1900 годах провел серию экспериментов по нагреванию рыбьего жира до температуры 320 °С и повышенном давлении, в процессе которых в полученных погонах обнаружил предельные (пентан, гексан, гептан, октан и нонан) и непредельные углеводороды. На основе информации об отсутствии растительных остатков и угля во многих месторождениях и наличии отпечатков и раковин организмов К. Энглер пришел к выводу об образовании нефти из остатков животных организмов. Источником углеводородов он считал жирные кислоты. Несколько позже, в 1900 году, К. Энглер признал возможность образования нефти из органического вещества диатомовых водорослей, но отрицал вероятность образования ее из наземной растительности.

В 1886 году К. Энглер в результате анализа информации по нефтяным месторождениям Апшеронского полуострова пришел к заключению, что, хотя нефть и содержится в "послетретичных образованиях" и существуют "грязевые вулканы", которые как будто бы лучше соответствуют "менделеевской теории", все же нефть имеет органическое происхождение.

Выступая в 1890 году на съезде немецких натуралистов в Бремене, К. Энглер подверг критике гипотезы органического происхождения нефти.

В 1889 году русский геолог В. Д. Соколов на заседании Московского общества испытателей природы выступил с докладом, в котором доказывал космическое происхождение нефти и других битумов. Сущность этой гипотезы автор кратко формулировал следующим образом: "1) Запасы углерода и водорода в небесных телах громадны. 2) Образующиеся из них углеводороды, возникая при одинаковых космических условиях, появляются в составе небесных тел в очень ранние стадии их индивидуального развития. 3) На Земле они возникли тем же путем, как и на других небесных телах, образовав собою определенный запас, впоследствии в значительной степени поглощенный магмой. 4) При дальнейшем охлаждении и уплотнении магмы заключенные в ней углеводороды выделялись и продолжают выделяться по трещинам, возникающим в литосфере путем дислокаций. 5) Подвергаясь конденсации в поверхностных частях нашей планеты, они дают основной материал для образования битумов".

Интересно проследить, чем же обосновывал свою "гипотезу" В. Д. Соколов? Первый аргумент заключался в том, что, по заключению автора, месторождение битумов не зависит ни от широты, ни от гипсометрии, ни от геологического возраста, ни от состава и обилия органических остатков, а определяется только пористостью и трещиноватостью горных пород. А так как трещиноватость пород зависит от их дислоцированное, то "месторождения битумоидов должны быть тесно связаны с направлением дислокаций".

Вторым аргументом являлась несостоятельность всех вариантов гипотез органического и неорганического происхождения нефти. В частности, битумы не могут образоваться ни на поверхности в виде осадка, ни на глубине, так как "в глубинах земли нет необходимых запасов органических веществ, через переработку которых могли бы возникнуть битумы, за исключением разве углистых веществ". И, наконец, этим путем нельзя объяснить происхождение космических битумов.

В. Д. Соколов критиковал "минеральную" гипотезу Д. И. Менделеева, аргументируя ее несостоятельность отсутствием неокисленных металлов в центре планеты и отсутствием возможности проникновения к ним поверхностных и, особенно, соленых вод.

В качестве положительных аргументов В. Д. Соколов выдвигал факт выделения углеводородов в определенной стадии извержений Везувия в 1855 году и Этны в 1868 году, а также наличие битумов в лавах, массивных горных породах, а также в космических телах.

В. Д. Соколов заранее отводил возражение, основанное на том, что "битумы редко встречаются в зонах интенсивной вулканической деятельности", указывая на возможность сгорания и улетучивания углеводородов при извержениях.

В 1893 году заведующий аналитической лабораторией при Грозненском нефтеперегонном заводе К. В. Харичков считал, что работы К. Энглера решили проблему происхождения нефти. Он писал: "Этими интересными опытами была обоснована теория происхождения нефти... жиры совокупным действием давления и жара или одного давления кислорода и превратились в нефть". Он считал, что открытие Г. Дикгором в "искусственной нефти" туменнол-сульфона, который обнаружен в естественной нефти, подтверждает правильность выводов К. Энглера. Однако три года спустя К. В. Харичков изменил свои взгляды и в 1896 году критиковал различные гипотезы происхождения нефти, в частности гипотезу К. Энглера.

Анализируя гипотезу В. Д. Соколова, К. В. Харичков заключил, что она не имеет конкретного подтверждения. Будучи учеником Д. И. Менделеева, К. В. Харичков очень осторожно критиковал гипотезу минерального происхождения нефти. Он отметил, что при высоких температурах, которые имеются в столь глубоких горизонтах, "нефть в состоянии разложиться на основные элементы: водород и уголь, в чем и кроется слабая сторона теории".

К. В. Харичков провел эксперименты, нагревая чугунные опилки с разными кислотами, с серной кислотой В растворами солей магния и натрия. При этом были получены газообразные и жидкие углеводороды, водород, графит и "капли маслянистой жидкости".