Під владою московського патріарха українська православна церква все це втрачала. Вона була виведена з-під влади київського митрополита, згодом підпорядкована безпосередньо Синоду. Київська єпархія перетворилась на одну із звичайних єпархій Російської православної церкви.
Однак ніякі "заслуги" перед царизмом не врятували Самойловича, і він повторив трагічну долю свого попередника Дем'яна Многогрішного, його теж охрестили "зрадником". Без усякої вини його було заарештовано, після катувань без суду разом зі старшим сином заслано в Сибір. Через два роки він помер у Тобольську. В козацьких полках на звістку про розправу з гетьманом Самойловичем відбулися виступи проти старшини, що були придушені царськими військами.
25 липня 1687 р. було обрано нового гетьмана. Ним став Іван Мазепа. На раді відбулася процедура прийняття статей, їх як завжди, підписували новий гетьман зі старшиною та козаками. У так званих "Коломацьких статтях" Москва накладала руку на економіку України, зокрема, українську торгівлю, забороняла торгувати з Кримом, втручалася й у фінансову систему. Царський уряд виплачував своїм гарнізонам на Україні жалування так званими "чеками" — грішми без золотого забезпечення. На українських торгах купці та інші торговці відмовлялися брати ці гроші. Стаття 19 вимагала від гетьмана карати на смерть тих, хто відмовлявся приймати чеки.
Повністю заборонялися міжнародні відносини України. У разі надходження в Україну листів і документів від сусідніх держав, наказувалося, не розпечатуючи, посилати їх до Москви. Стаття 19 також наголошувала:
"Народ Малороссийский всякими меры и способы с Великороссийским соединять и в неразорванное и крепкое согласие приводить". Для цього гетьману рекомендувалося дбати про збільшення україно-російських шлюбів.
Стаття закінчувалася формулою, що вже без усяких застережень визначала Україну частиною Московської держави. "Никто б голосов таких не испущая, что Малороссійский край — Гетманского Регименту, а отзывались бы везде единогласно — их Царского Пресвятлого Величества самодержавной державы".
За царювання Петра І знищувались залишки усталених форм управління України. Передусім це стосувалось її збройних сил, які вже його попередниками були зменшені наполовину. У 1706 р. спеціальним указом Петра І козацьке військо переходило у безпосередню компетенцію царського командування, було запроваджено контроль за витратами на утримання козацького війська, частково реквізовано його артилерію.
Петро І примушував українські козацькі полки брати участь у всіх війнах, які він проводив. В численних і далеких походах гинуло багато козаків, не так під час боїв, як від хвороб і поганого забезпечення. Так, у 1721 р. відправлено близько семи тисяч козаків на війну з Персією під Дербент, до Гилян. Повернулося на Україну лише 646 чоловік.
Особливо багато народу гинуло на примусових "канальних" і будівельних роботах, на яких умови праці були нестерпними, туди козаків зганяли тисячами. Козацький полковник Черняк так описує обстановку на Ладозі, де працювало 10 тисяч козаків. "Велике число козаків хворих і померлих знаходиться, і щораз більше множаться тяжчі хвороби — найбільше вкорінилася гарячка і опух ніг, і мруть з того. Однак приставлені офіцери, не зважаючи на таку нужду бідних козаків, за наказом пана бригадира Леонтьєва… б'ють їх при роботі палицями — хоч і так вони її не тільки вдень і вночі, а навіть і в дні недільні святкові виконують — без спочину". Повернулася з Ладоги ледве третина з тих десяти тисяч, до того ж багато було покалічених. Мабуть, відтоді прийшли до нас гіркі слова про те, що "Петербург споруджений на козацьких кістках". Неможливо підрахувати, скільки полягло українських козаків у тих болотах, на яких була побудована нова столиця Російської імперії.
Примусові "канальні" та будівельні роботи надзвичайно знесилювали козацьке господарство, підривали його — козаки мусили йти зі своїми кіньми і фуражем, харчами, одягом, зброєю, вони не могли займатися власним господарством роками, в результаті чого воно занепадало, а козацтво бідніло.
Петро І наніс сильний удар по економіці України, фактично скасувавши вільну торгівлю. Указами царського уряду було заборонено вивозити з України будь-куди, крім Росії, селітру — сировину для виготовлення пороху. З Донеччини вугілля можна було брати лише на російські заводи. В інтересах російських купців і заводчиків було заборонено ввозити в Україну з-за кордону ряд промислових виробів. Предмети торгівлі Україна могла реалізовувати лише через віддалені та невигідні для українського купецтва порти. "Вікно в Європу" Петра І обернулося для України бідою. Вона не мала права користуватися давніми, традиційними для себе торговими шляхами, мусила везти свої товари через усю країну в Архангельськ.
Петро І провадив колоніальну політику і стосовно культури України. Він заборонив українську мову, українське книгодрукування. В офіційних установах російська мова почала витісняти українську. Навіть "Святе письмо" в Україні мусили передруковувати не із старих українських книжок, а з російських.
За царювання Петра І Україна зробила останню спробу здобути волю і відновити державну самостійність. Цей період пов'язаний з ім'ям лівобережного гетьмана Івана Мазепи. Він народився на Білоцерківщині в родині українського шляхтича. Вступив до козацького війська 1664 р. Служив генеральним писарем у правобережного гетьмана Петра Дорошенка, їдучи у складі посольства Дорошенка до Криму потрапив до лівобережного гетьмана Івана Самойловича, який призначив Івана Мазепу генеральним осавулом. У 1687 р. при підтримці князя Василя Голіцина, командуючого царськими і козацькими військами у поході до Криму, козаки і старшина обирають Івана Мазепу гетьманом.
Іван Мазепа вчився у Києво-Могилянській колегії і Падуанському університеті, був обдарованою, високоосіченою людиною, відвідав кілька західноєвропейських країн, знав вісім мов, взагалі мав державний розум, вважався найвправнішим дипломатом Європи. Мазепа дбав про розвиток духовного і культурного життя України, сам писав вірші, опікувався письменством, наукою, мистецтвом і церквою, багато коштів, до речі, і особистих, витрачав на будівництво і реставрацію храмів, поставив новий будинок Києво-Могилянської колегії, завдяки його старанням вона одержала статус академії.
За двадцятирічне гетьманування доклав багато зусиль, щоб вивести Україну з "руїни", припинити політичне безладдя, підняв престиж українського гетьмана, наповнив його реальною владою.
Патріот України, Іван Мазепа в абсолютній таємниці, удаючи лояльне ставлення до царя, плекав ідею визволення України від московського іга і створення незалежної самостійної української держави. Він з болем спостерігав, як Петро І нищив залишки української державності. Цар намірявся замінити козацтво рекрутчиною, а саму Україну перетворити. в князівство, навіть мав плани поставити над нею англійського герцога.
Скориставшись шведсько-московською війною, Іван Мазепа, якого підтримали генеральні старшини і більшість козацьких полковників, вступив у союз із Швецією, уклав із шведським королем угоду, за якою "Україна з обох сторін Дніпра з Військом Запорозьким і народом малоросійським має бути вічними часами вільна від усякого чужого володіння". Гарантувалося також абсолютне невтручання у внутрішні справи України, недоторканість її кордонів. "Цілість границь її, непорушність вольностей, законів, прав і привілеїв її свято мають заховуватися, аби Україна вічними часами тішилася своїми правами і вольностями без усякого ущербку".
Розгром шведських військ під Полтавою 1709 р. перекреслив намагання Івана Мазепи звільнити Україну. Він змушений був втікати від гніву Петра І за Дунай в турецькі володіння, де невдовзі й помер.
Проводячи політику старшинського самоврядування, гетьманської влади, Петро І призначив у 1709 р. резидента (в наступному році — двох) для контролю за діяльністю гетьманського уряду. Царський резидент контролював економічну, фінансову, військову, зовнішньо-політичну діяльність гетьманського уряду. А в травні 1722 р., ще за життя гетьмана Івана Скоропадського, царським маніфестом було створено Малоросійську колегію — як центральний орган державного управління у справах Лівобережної України. Малоросійська колегія містилася у Глухові, складалася з президента колегії (бригадира Вельямінова), шести офіцерів — командирів розташованих на Лівобережній Україні царських полків та прокурора. Усіх призначав цар. У цивільних справах Малоросійська колегія підлягала Сенату в Петербурзі, у військових — головнокомандуючому російськими військами в Україні.
