Водночас царизм підтримував старшин з феодальними тенденціями, які випрошували в царя грамоти на володіння грунтами, селами з "підданими" селянами. Цар охоче надавав такі грамоти, тим самим царизм прив'язував старшин до своєї колісниці. А, головне, розпочалось укорінення в економіку України феодально-кріпосницьких відносин, що в кінці XVIII ст. поширилися майже в усій Україні, яка, таким чином, у своєму економічно-соціальному розвитку була відкинута на кілька століть назад.
Найактивніше і найпідступніше Москва втручалася в старшинську боротьбу за гетьманську булаву. Царський уряд одночасно подавав надію кільком претендентам. В результаті виникали чвари, військові сутички, справжні бої і битви. На боці кожного претендента воювали українські козацькі полки. Збройні сили України роздрібнювалися і вже не могли як раніше виступати монолітною силою проти ворогів України.
Виникли на той час також і протиріччя між гетьманським урядом і Зопорозькою Січчю, яка втратила після створення Української Гетьманської держави провідне місце в політичному житті України; своєю демократичною соціальною політикою запорозькі козаки прагнули протистояти аристократизації старшини. Москва підтримувала Запорозьку Січ, надсилала їй платню, подарунки. Істинний характер ставлення Російської держави до Запорозької Січі висвітлюють подальші події: зруйнування двічі — у 1709 і 1775 р. — цього останнього вогнища волі і незалежності в Україні.
Як тільки дійшла до Москви звістка про смерть Богдана Хмельницького, звідти поквапилися послати на Україну агента Василя Кікіна. Йому доручалося використати небезпечну ситуацію, що виникла в Україні (заворушення у війську, вбивство деяких старшин), виявити протидіючі сили, підготувати грунт для конкретних заходів з обмеження української державності.
Однак місія Кікіна не мала великого успіху. Старшинський уряд оволодів ситуацією. 23–26 серпня 1657 р. в Чигирині старшинська рада обрала гетьманом генерального військового писаря Івана Виговського. На цій раді Юрій Хмельницький, син Богдана Хмельницького, відмовився від гетьманської влади. 16-літній юнак, який ще вчився у Києво-Могилянській колегії, не мав здібностей, не був здатний виконувати таку роль. Гетьманом його обрали за п'ять місяців перед тим, коли хворий Богдан Хмельницький скликав старшинську раду і поставив питання про свого наступника.
Іван Виговський був найближчою і найдовіренішою особою Богдана Хмельницького. Вихідець з родини українського шляхтича Овруцького повіту на Київщині, він закінчив Києво-Могилянську колегію, служив юристом при гродському суді в Луцьку, потім намісником луцького староства, був членом Київського православного братства. Почав війну 1648 р. в складі польського війська. Під Жовтими Водами потрапив у татарський полон, але був викуплений самим Богданом Хмельницьким, вступив на козацьку службу і вже за кілька місяців став генеральним писарем, тобто міністром закордонних справ або канцлером. Досвідчений, розумний політик, Виговський виявив блискучі дипломатичні здібності. Український патріот, він був щиро відданий справі побудови і зміцнення Української держави.
Через два місяці 25 жовтня 1657 р. в Корсуні скликали загальновійськову генеральну раду з участю старшини, делегатів від рядового козацтва, а також духовенства. Корсунська рада підтвердила гетьманство Виговського, а також вирішила ряд дуже важливих питань, взагалі відіграла значну роль у зміцненні міжнародного становища України.
На Корсунську раду прибули посли від Швеції, Польщі, Австрії, Туреччини, Криму, Семиграддя, Молдавії, Волощини. Виговський продовжив активну міжнародну діяльність Богдана Хмельницького. Було оформлено союзницький договір із Швецією. Карл Х-Август зобов'язувався добитися визнання Польщею незалежності України і прилучення до неї західноукраїнських земель. Одночасно був поновлений союз із Кримом і Туреччиною, з Польщею укладено перемир'я, а до Москви вислано посольство з повідомленням про вибори нового гетьмана.
Цар не визнав обрання Виговського, мотивуючи це поправкою, яку однобічно висунула Москва. Згідно з цією поправкою вимагалося повідомляти Москву не після обрання гетьмана, як було обумовлено в договорі 1654 р., а перед тим, і одержати спеціальний дозвіл царя. Сама процедура на раді мусила проходити обов'язково у присутності царського представника. Із Москви вислали окольничого Богдана Хитрово, який мав скликати нову козацьку раду для санкціонування обрання гетьманом Виговського. Хитрово запевняв Виговського, що метою цієї місії є нібито зміцнення його влади, щоб "Військо Запорозьке було у нього в покорі".
Але насправді, як свідчить текст царського наказу Богдану Хитрово, він мав завдання домогтися згоди гетьмана на призначення воєвод в Чернігів, Ніжин, Переяслав, Білу Церкву, Корсунь, Полтаву, Миргород. Ставилось питання про утримання цих воєвод з "ратними людьми" за рахунок місцевих коштів.
Раду скликали в середині лютого 1658 р. в Переяславі. Вона одноголосне підтвердила обрання Виговського; козаки високо цінували його діяльність під час війни: "Голову смажив, нас із лядської неволі визволяючи".
Хитрово прийняв присягу Виговського, вручив йому гетьманську булаву і бунчук. І тут же подався в Лубни до полтавського полковника Мартина Пушкаря, обдарував його соболями і запевнив у царській до нього милості. Мартин Пушкар претендував на гетьманську булаву і вже в перші місяці після смерті Богдана Хмельницького писав царю доноси на Виговського. Саме Пушкаря воліла Москва бачити на гетьманстві. Пушкар домовився про спільні дії з кошовим отаманом Яковом Барабашем, хоча в боротьбі за гетьманську булаву вони були суперниками. Барабані також писав доноси на Виговського, шукаючи підтримки Москви.
Барабаш і Пушкар підняли заколот проти законного гетьмана, до того ж обраного тричі. Пушкар зібрав на Полтавщині велику кількість так званих "дейнеків" — бездомних і безземельних наймитів, "гультяїв" — робітних людей з промислів (ґуралень і буд), озброєних рогачами, косами і киями, їх об'єднувала мета — помста старшині, заможним козакам. Маєтки і садиби вони громили і грабували, власників убивали. До Пушкаря приєдналися запорожці на чолі з Барабашем. З цими силами загальним числом 40 тисяч чоловік Пушкар і Барабаш виступили проти Виговського. Вони розбили гетьманські війська на чолі з полковниками Іваном Богуном та Іваном Сербиним. Після цього Виговський мобілізував полки чисельністю 20 тисяч козаків, приєднавши нових союзників — татар. Була взята в облогу Полтава, під її стінами два тижні точилися бої. 15 травня бунтівники зазнали поразки, полягло їх 15 тисяч, серед них і Мартин Пушкар. Якова Барабаша повісили. Полтаву спалили, татари взяли в полон багато людей. Виговський наказав козакам відбивати бранців. Запорожці втекли під захист московського війська, що прибуло разом з воєводами, щоб стати залогами в Києві, Чернігові й Ніжині. Щоправда, воєводи злякалися і відступили зі своїми ратними людьми в межі Московської держави. Тільки Шереметєв зумів укріпитися в Києві.
Так розпочалася на Україні громадянська братовбивча війна, фактично кривава боротьба за гетьманську владу. Така обстановка значною мірою була наслідком підступної політики Москви.
Виговський на гіркому досвіді переконався, що навіть при найлояльнішому його ставленні до Московської держави царська політика згубна і для нього особисто, а, головне, — для України. Гетьман приймає рішення розірвати союз з Москвою. Виговського підтримала переважна більшість козацьких полковників зі своїми полками, а також генеральна старшина, що добре розуміла антиукраїнську політику Москви. Іван Богун погрожував воєводі Скуратову: "Непотрібні нам московські воєводи — жінок і дітей наших переписувати. Ти до нас в Чигирин їдеш? Не здоровий від нас поїдеш". Виховані в поняттях політичної свободи, старшина і козаки насторожено приглядалися до суворого московського абсолютизму, до брутальних і жорстоких звичаїв, до нетерпимості і релігійного фанатизму, їх лякала перспектива обернутися в царських "холопів", позбавлених усяких політичних прав і залежних від милості самодержця. Вони засуджували старшин московської орієнтації.. У 1659 р. Іван Богун у листі до Івана Безпалого, одного з прихильників царя, писав: "Непомалу дивуємося, що ваші мості, народившися з нами разом як вільний народ і разом зрісши на Україні, нашій Вітчизні, і проливаючи немалий час кров свою за вольності всього Війська Запорозького, зараз самі добровільно піддаєтеся в неволю і з нами, братією своєю, з ким разом хліба їли і проти кожного неприятеля ставали, ведете війну і на нас, свою кров, наступаєте".
