* Большинство грамотрицательных бактерий объединены в тип протеобактерии, основанный на сходстве по рибосомной РНК (Proteobacteria – от имени греч. бога Протеуса, принимавшего разнообразные формы). Они появились от общего фотосинтетического предка.

** Грамположительные бактерии, согласно изученным последовательностям рибосомной РНК, являются отдельной филогенетической группой с двумя большими подотделами – высоким и низким соотношениемG+C(генетическое сходство). Как и протеобактерии, эта группа метаболически разнообразная.

В домен Bacteria входят 22 типа, из которых медицинское значение имеют следующие (по: Д. Х. Берджи, 2001):

ТИПВ IV. Deinococcus-Thermus

Класс I. Deinococci

Порядок I. Deinococcales

Семейство I. Deinococcaceae

Род I. Deinococcus

ТИПВ XII. Proteobacteria

Класс I. Alphaproteobacteria

Порядок II. Rickettsiales

Семейство I. Rickettsiaceae

Род I. Rickettsia, Род II.Orientia, Род III.Wolbachia

Семейство II. Ehrlichiaceae(бродов)

Род I. Ehrlichia, Род II. Aegyptianella

Семейство III. Holosporaceae (8 родов)

Порядок VI. Rhizobiales

Семейство II. Bartonellaceae

Род I. Bartonella

Семейство III. Brucellaceae

Род I. Brucella

Класс II. Betaproteobacteria

Порядок I. Burkholderiales

Семейство I. Burkholderiaceae

Род I. Burkholderia

Семейство IV. Alcaligenaceae

Род I. Alcaligenes, Род III. Bordetella

Порядок IV. Neisseriales

Семейство I. Neisseriaceae

Род I. Neisseria, Род VI. Eikenella, Род IX. Kingella

Порядок V. Nitrozomonadales

Семейство II. Spirillaceae

Род I. Spirillum

Класс III. Gammaproteobacteria

Порядок V. Thiotrichales

Семейство III. Francisellaceae

Род I. Francisella

Порядок VI. Legionellales

Семейство I. Legionellaceae

Род I. Legionella

Семейство II. Coxiellaceae

Род I. Coxiella

Порядок IX. Pseudomonadales

Семейство I. Pseudomonadaceae

Род I. Pseudomonas

Семейство II. Moraxellaceae

Род I. Moraxella, Род II. Acinetobacter

Порядок XI. Vibrionales

Семейство I. Vibrionaceae

Род I. Vibrio

Порядок XII. Aeromonadales

Семейство I. Aeromonadaceae

Род I. Aeromonas

Порядок XIII. Enterobacteriales

Семейство I. Enterobacteriaceae

Род I. Enterobacter, Род VIII. Calymmatobacterium, Род X. Citrobacter, Род XI. Edwardsiella, Род XII. Erwinia, Род XIII. Escherichia, Род XV. Hafnia, Род XVI. Klebsiella, Род XVII. Kluyvera, Род XXI. Morganella, Род XXVI. Plesiomonas, Род XXVIII. Proteus, Род XXIX. Providencia, Род ХХХII. Salmonella, Род XXXIII. Serratia, Род XXXIV. Shigella, Род XL. Yersinia

Порядок IV. Pasteurellales

Семейство I. Pasteurellaceae

Род I. Pasteurella, Род II. Actinobacillus, Род III. Haemophilus

Класс IV. Deltaproteobacteria

Порядок II. Desulfovibrionales

Семейство I. Desulfovibrionaceae

Род II. Bilophila

Класс V. Epsilonproteobacteria

Порядок I. Campylobacteriales

Семейство I. Campylobacteriaceae

Род I. Campylobacter

Семейство II. Helicobacteriaceae

Род I. Helicobacter, Род II. Wolinella

ТИПВ XIII. Firmicutes (главным образом грамположительные)

Класс I. Clostridia

Порядок I. Clostridiales

Семейство I. Clostridiaiaceae

Род I. Clostridium, Род IX.Sarcina

Семейство III. Peptostreptococcaceae, Род I. Peptostreptococcus

Семейство IV. Eubacteriaceae

Род I. Eubacterium

Семейство V. Peptococcaceae

Род I. Peptococcus

Семейство VII. Acidaminococcaceae

Род XIV. Veillonella

Класс II. Mollicutes

Порядок I. Mycoplasmatales

Семейство I. Mycoplasmataceae

Род I. Mycoplasma, Род IV. Ureaplasma

Класс III. Bacilli

Порядок I. Bacillalles

Семейство I. Bacillaceae

Род I. Bacillus

Семейство II. Planococcaceae

Род I. Planococcus, Род IV. Sporosarcina

Семейство IV. Listeriaceae

Род I. Listeria

Семейство V. Staphylococcaceae

Род I. Staphylococcus, Род II. Gemella

Порядок II. Lactobacillales

Семейство I. Lactobacillaceae

Род I. Lactobacillus, Род III. Pediococcus

Семейство II. Аеrососсасеае

Род I. Aerococcus

Семейство IV. Enterococcaceae

Род I. Enterococcus

Семейство V. Leuconostocaceae

Род I. Leuconostoc

Семейство VI. Streptococcaceae

Род I. Streptococcus, Род II. Lactococcus

ТИПВ XIV. Actinobacteria

Класс I. Actinobacteria

Подкласс V. Actinobacteridae

Порядок I. Actinomycetales

Подпорядок V. Actinomycineae

Семейство I. Actinomycetaceae

Род I. Actinomyces, Род II. Actinobacilum, Род III. Arcanodacterium,

Род IV. Mobiluncus

Подпорядок VI. Micrococcineae

Семейство I. Micrococcaceae

Род I. Micrococcus, Род VI. Rothia, Род VII. Stomatococcus

Подпорядок VII. Corynebacterineae

Семейство I. Corynebacteriaceae

Род I. Corynebacterium

Семейство I. Mycobacteriaceae

Род IV. Mycobacterium

Семейство V. Nocardiaceae

Род I. Nocardia, Род II. Rhodococcus

Подпорядок VII. Propionibacterineae

Семейство I. Propionibacteriaceae

Род I. Propionibacterium

Семейство II. Nocardiaceae

Род I. Nocardioides

Порядок II. Bifidobacteriales

Семейство I. Bifidobacteriaceae

Род I. Bifidobacterium, Род III. Gardnerella

ТИПВ XVI. Chlamydiae

Класс I. Chlamydiae

Порядок I. Chlamydiales

Семейство I. Chlamydiaceae

Род I. Chlamydia, Род II. Chlamydophila

ТИПВ XVII. Spirochaetes

Класс I. Spirochaetes

Порядок I. Spirochaetales

Семейство I. Spirochaetaceae

Род I. Spirochaeta, Род II. Borrelia, Род IX. Treponema

Семейство III. Leptospiraceae

Род II. Leptospira

ТИПВ XX. Bacteroidetes

Класс I. Bacteroidetes

Порядок I. Bacteroidales

Семейство I. Bacteroidaceae

Род I. Bacteroides

Семейство III. Porphyromonadaceae

Род I. Porphyromonas

Семейство IV. Prevotellaceae

Род I. Prevotella

Класс II. Flavobacteria

Порядок I. Flavobacteriales

Семейство I. Flavobacteriaceae

Род I. Flavobacterium