Впоследствии, начиная с 1737 г. узаконивается строительство столицы по чертежам, составленным Комиссией строения города.

Англичанин Дж. Перри точно уловил настроение тогдашнего общества по отношению к Петербургу:

«Между прочими причинами я должен упомянуть об одной из главных, вызывающей неудовольствие большей части дворянства. Это то, что против воли заставляют их переселяться на житье с женами и семействами в Петербург, где они обязаны строить себе новые дома и где все съестные припасы дороже, чем в Москве, a корм для лошадей в 6, или 8 раз, так как в Петербурге на него весьма большие требования, а страна эта производит его весьма малое количество, ибо более чем две трети ее состоит из лесов и болот. Не только одни дворяне, но купцы и всякого рода торговцы обязаны туда переселяться и торговать. Все это стечение народа поднимает цены на съестные припасы и приводит в стесненное положение тех, которые поставлены в необходимость жить тут для сухопутной или морской службы, для построек и для всех тех работ, которые царь уже привел в исполнение и еще намеревается исполнить. Тогда как в Москве все господа и почетные люди имеют для жилищ своих не только огромные здания в самом городе, но также дачи и деревни, где устроены у них рыбные пруды и сады, со множеством разнородных плодовитых деревьев, и всякие увеселительные места. Петербург же, лежащий под 60°, 15' с. ш., не может производить ничего подобного. Кроме того Москва — их родина и самое любимое место; тут они окружены друзьями и знакомыми, живут недалеко от деревень своих, легко и дешево могут получать оттуда съестные припасы, привозимые крестьянами их...».

Кроме еды, нужно было позаботиться жителям и о тепле.

В 1720 г. некие люди вырубили часть березовой рощи в Переведеновской слободе (на месте нынешнего Гостиного двора). Царь приказал разыскать виновных, каждого десятого повесить, а остальных жестоко наказать. Вмешалась императрица, по ее просьбе смертную казнь отменили, а виновных публично высекли и отправили в ссылку.

Нехватало корабельного леса. Первоначально его заготовляли по берегам Невы и ее притокам и даже в самом Петербурге. Но скоро леса сильно поубавилось.

Под страхом высокого денежного штрафа (5—10 руб. за срубленное дерево), кнута и даже смертной казни (за сруб дуба) запрещалось рубить корабельный лес не по назначению кому бы то ни было. Указы объявлялись с барабанным боем. Для подтверждения их действенности в Петербурге в некоторых местах заранее ставились виселицы. Снисхождения делались редко. Так, например, когда один отставной солдат (инвалид) «посечку учинил малую» березе в Петербурге, то был бит «нещадно» батогами тут же у слегка подрубленной березы. От кнута его спасло лишь то, что он имел боевые заслуги. За розыск мачтовых деревьев объявлялось вознаграждение от 1 до 5 руб. за дерево.

По описи 1718 г. на Васильевском острове (в самом Петербурге корабельные деревья были учтены и переписаны до единого) числилось 88 деревьев, годных для кораблестроения, а на Петербургской стороне — 302.

Только с 1723 г. жителям Петербурга разрешена была свободная рубка леса на своих участках.

Со второго десятилетия XVIII в. одним из самых значительных районов по заготовке корабельного леса (дуб и др.) для петербургских верфей становится Казань. Заготовляемый лес стали подвергать первичной обработке на месте заготовок. В ряде случаев по приказу Петра I насаждались корабельные рощи в окрестностях Петербурга, как, например, рощи лиственниц на Карельском перешейке.

В конце концов удалось обеспечить корабельное строительство высококачественным лесом и другими материалами.

Первым монументальным зданием, построенным на Васильевском острове, была Кунсткамера. О ней мы расскажем ниже.

Следующим весьма примечательным сооружением было здание Двенадцати коллегий  ныне Петербургский университет.

В 1714 г. по указу Петра Сенат, учрежденный в Москве в 1711 г., был переведен в Петербург, где для размещения его канцелярий были построены «светлицы нарочитой архитектуры» на берегу канала Петропавловской крепости, который проходил посреди крепости для снабжения ее водой.

Здесь Сенат находился до того времени, когда на Троицкой площади, куда переместился центр города из пределов крепости, для него был построен в 1714 г. по проекту Д. Трезини двухэтажный мазанковый дом с черепичной кровлей. В трехчленное здание характерного профиля с раздельными крышами, как оно изображено на гравюрах 1716 г., находившееся справа от Гостиного двора, был переведен петровский Сенат — «Сенатские палаты».

Весной 1718 г. был опубликован «Регламент о коллегиях» и в декабре того же года коллегии открылись в мазанковом сенатском доме, который к тому времени был увеличен в длину вдвое и представлял из себя вытянутое здание, состоящее из шести двухэтажных корпусов с отдельными крышами по четыре окна в каждом корпусе. В 1719 г. в этом здании отделываются помещения для военной и посольской коллегий. Прием иностранных послов до этого времени производился во дворце князя Меншикова.

Учреждение Синода оказало косвенное влияние на строение здания Двенадцати коллегий, так как с его возникновением в здании на Петербургской стороне должны были разместиться Сенат, Синод и 10 Коллегий. Здание же Сената, состоящее из 6 частей, каждая из которых имела от 2 до 4 небольших комнат, было совершенно недостаточным для размещения непрерывно растущего аппарата государственного управления.

Эти причины побудили Петра после личного осмотра здания коллегий на Петербургской стороне издать в августе 1721 г. указ о строительстве здания Двенадцати коллегий на стрелке Васильевского острова.

Объединяя Сенат и все коллегии в одно целое, Петр преследовал цель личного удобства при предполагающихся обследованиях деятельности вновь созданного государственного аппарата.

В мае 1722 г. из Москвы за подписью Меншикова был прислан вместе с планом ордер, по которому «С.-Петербургскому фортеции архитектору Трезини зачинать строить военную коллегию от берега Невы на 4-м нумере, длиною на 15 саж.»

Это по сути первое указание о сооружении здания Двенадцати коллегий рассматривается как начало его строительства.

Последовавший позднее целый ряд устных указаний Петра I можно рассматривать как основные идеи, которые должны были лечь в основу составления проекта и последующего его осуществления.

В апреле 1722 г. Петр указал: «Все равные арнаменты, как лучше убрать мочно, а каморы прибавить или убавить по величине коллегий всегда мочно, двери проломать и прибавить только б снаружи все было равною долготою».

Коллегии — центральные гос. учреждения в России, созданные Петром I в 1718 г.; ведали отдельными отраслями управления. В 1802 г. после образования министерств были упразднены.

На первый взгляд кажется не вполне оправданным расположение здания торцом к набережной Большой Невы. Это послужило поводом к версии, будто Трезини нарушил указание Петра о расположении здания Двенадцати коллегий вдоль набережной и по своему усмотрению расположил здание развернутым по отношению к домику Петра на Петербургской стороне. В действительности же такое расположение здания было обусловлено планировочной композицией городского центра, предусматривавшей создание площади перед зданием правительственных учреждений. Проект застройки стрелки 1723 г. подтверждает это предположение.

В начале 1723 г. последовали подробные устные указания Петра I, которые представляли собой не только программу для составления проекта, но и отражали образ будущего здания.

«На переди лавки с галлереей, а с канальной стороны погреба со сводами, а над погребами каморы со сводами, а отступя с задней стороны делать на канал каменную стену, на которой быть галлерее для коммуникации от коллегии до коллегии, шириною на 12 футов».

Неменьший интерес представляет указание Петра I, относящееся к июня 1723 г. «Фундамент выводить ровно с землею, а выше земли строению не должно быть до того времени, пока его величество, выбрав из разных чертежей не подпишет собственною рукою. Для сочинения тех чертежей дать меру всем архитекторам, дабы каждый сделал свое инвенциею и арнаменты».