В сентябре 1762 г., в дни коронации Екатерины, в Тайной экспедиции производился предварительный розыск по крупному политическому процессу — делу гвардейских офицеров, братьев Гурьевых, Петра Хрущева и коллежского асессора Алексея Хрущева, замышлявших путем дворцового переворота возвести на престол Иоанна Антоновича. К вынесению приговора по этому делу Тайная экспедиция имела слабое отношение. Решение было вынесено Сенатом. Петр Хрущев и Семен Гурьев, после лишения чинов и публичного шельмования, были сосланы на Камчатку в Болыперецкий острог. В Якутск сослали Ивана и Петра Гурьевых. Алексею Хрущеву было предписано «жить в своих деревнях, не выезжая в столицы». В январе 1764 г. императрица пересмотрела решение и предписала Алексея Хрущева сослать в Тобольск Из ссылки братья Гурьевы были возвращены только в 1772 г., то есть ровно через 10 лет после их ареста.

Если в 1762 г. розыск по этому крупному политическому делу велся в Тайной экспедиции лишь частично, то в 1763 г. по аналогичному делу солдата Преображенского полка Михаила Кругликова все розыскное дело от начала до конца велось в Тайной экспедиции. Кругликова обвиняли в распространении слухов о состоявшемся якобы собрании пятисот Преображенских солдат, «которые другую ночь не спят для Ульриха» — отца бывшего императора Иоанна Антоновича, принца брауншвейгского Ульриха-Антона. Во время розыска выяснилось, что слова Кругликова были чистым вымыслом. Несмотря на это, Екатерина встревожилась. В записке к Панину она указывала: «... при наказании оного служивого прикажите хотя Шешковскому, чтобы еще у него спросили, где оные 500 человек собираются и видел ли он их или слышал от кого?».

Кругликова приговорили к наказанию батогами и ссылке в сибирский гарнизон.

В 1769 г. по доносу «майорши» вдовы Анны Постниковой, было открыто намерение офицеров Преображенского полка Озерова, Жилина, Попова и Афанасьева совершить государственный переворот и возвести на престол Павла Петровича. После предварительного следствия это дело было рассмотрено судом особой комиссии в составе генерал-полицмейстера Чечерина, Елагина, генерал-прокурора Вяземского во главе с Паниным. Обвиняемые были приговорены к лишению всех чинов, дворянства и звания, к ссылке в Нерчинск на вечную работу, на Камчатку и заключению в Дианементскую крепость.

Вся эта группа дел свидетельствует, что во второй половине XVIII в. чиновники политического розыска не видели разницы между умыслом, т. е. намерением совершить преступление, и фактом его совершения. Обвиняемые только высказывали намерение, но в действительности решительно ничего не предприняли для организации переворота. Вся их антигосударственная деятельность практически свелась к одному: разговорам на эту тему в узком кругу. Действия участников всех этих «заговоров» не представляли опасности для правительства. Несмотря на это, им было придано большое значение.

Дело в том, что Гурьевы и Хрущев выражали недовольство порядками, установившимися в гвардии для офицеров. То же самое говорил и Кругликов, имея в виду солдат. Попов жаловался на пренебрежение правительством интересами дворянства, на финансовые трудности, вызванные войной с Турцией, и чрезмерную любовь Екатерины к Орловым. Императрица не могла не считаться с настроениями той самой гвардии, штыками которой она была возведена на престол. Получив власть из рук гвардии, Екатерина была не прочь ее обуздать и вытравить из сознания офицеров самую мысль о возможности таких переворотов в будущем.

Значительно более опасными для правительства Екатерины были другие заговоры, в частности, заговор поручика Смоленского пехотного полка Мировича, предпринявшего в июле 1764 г. попытку освободить Иоанна Антоновича и возвести его на престол.

Дед Василия Мировича был приверженцем Мазепы, отец тоже в чем-то замешан. В обвинительном заключении Мирович назван внуком и сыном изменников. Было ему 24 года. Картежник, мот, постоянный должник  что называется, без царя в голове, он все время добивался возвращения конфискованного отцовского имущества.

У отставного барабанщика из крепости Мирович случайно узнал, что в Шлиссельбурге заточен Иоанн Антонович. И у него возникает мысль освободить его. Зачем? Да кое-что изменить в России. Что же? На допросе Мирович изложил причины, побудившие его пуститься в такое рискованное предприятие. Их четыре: 1) что «он не имел свободного входа при высочайшем дворе в те комнаты, где ее императорское величество присутствовать изволит, и в кои только штаб-офицерского ранга люди допускаются»; 2) что «в те оперы, в которых ее императорское величество сама присутствовать изволила, он равномерно допущаем не был»; 3) что «в полках штаб-офицеры не такое, какое следует офицерам по своей чести отдают, и что тех, кои из дворян, с теми, кои из разночинцев, сравнивают и ни в чем преимущества первым против последних не отдают»; 4) что «по поданной им ее императорскому величеству челобитной о выдаче из отписанных предков его имений, сколько из милости ее императорского величества пожаловано будет ему, в резолюции от ее величества написано было: как по прописанному здесь проситель никакого права не имеет, потому отказать...».

Мирович вошел в сговор с поручиком Аполлоном Ушаковым. Они порешили так: Мирович постарается быть посланным в караул в Шлиссельбургскую крепость, а Ушаков, надев штаб-офицерский мундир, должен был в крепость приплыть на шлюпке и, представившись Мировичу при всех подполковником Арсеньевым, предъявить указ императрицы: арестовать коменданта крепости, заковать его в кандалы и с таинственным узником везти в Петербург. А там они намеревались, пристав в шлюпке к выборгской стороне, показать Иоанна артиллеристам и прочитать составленный Мировичем манифест о настоящем государе. После присяги новому государю полки должны были захватить Сенат, правительственные учреждения.

Заговорщики и не предполагали, насколько их план наивен. Правда, Ушакову не суждена была публичная казнь. Воистину, кому суждено быть повешенным, тот не утонет. Военная коллегия послала Ушакова с казной к генералу князю М. Волконскому, и он по пути утонул в реке.

Мирович продолжал начатое дело один. Он дождался, когда Екатерина уехала в Прибалтику, и явился в крепость как караульный офицер Смоленского полка. Караульные офицеры дежурили неделю, потом сменялись другими.

Мирович попытался в крепости прощупать офицера Власьева. Но тот, почувствовав неладное, сразу известил графа Панина.

«Сего июля 4-го дни, после полудня, вышел я для прогулки в крепости и сошелся со мною караульный обер-офицер Смоленского пехотного полка и начал мне говорить: «Ежели дозволите мне вам довериться, не погубите меня». Приметил я из тех разговоров, что клонился он до нашей комиссии».

Ночью от коменданта крепости пришел посыльный: в крепость нужно было пропустить гребцов. Спустя несколько минут пришел он опять: следовало пропустить канцеляриста. Потом нужно было гребцов выпустить. Это не то что необычное, а прямо удивительное оживление насторожило Мировича. Он понял, что Власьев донес на него.

Мирович оделся и со шпагой в руке ворвался в караульную, крича: «К ружью!» Он отправил трех солдат к выходам с приказом никого не впускать и не выпускать. Под командованием Мировича была команда Смоленского полка из 45 человек. По его приказу они притащили пушку, зарядили ее и направили против гарнизонной команды.

Комендант крепости вышел на крыльцо и крикнул Мировичу, желая узнать, в чем дело.

Тот с ружьем бросился к нему, крича:

— Ты здесь держишь нашего государя!

Мирович ударил коменданта прикладом так, что разбил ему лицо.

Во главе солдат Мирович пошел к казарме, где обитал Иоанн. Гарнизон стал стрелять. Солдаты пехотного полка отступили и, опомнившись, потребовали у Мировича объяснений. Мирович вынес им из кордегардии поддельный манифест и зачитал его.

Подстегивая солдат и не давая им опомниться, он велел прикатить пушку, что и было исполнено. Пушку зарядили и установили перед казармой.