Один из участников ишутинского кружка так потом объяснял причины, побудившие его принять участие в сходках: «Я благоговел перед государем после освобождения крестьян, я тогда плакал от радости, но скоро стали говорить, и писать, что эта реформа ничего не стоит. «Современник» прямо проводил эту мысль: не ждите от правительства ничего хорошего, ибо оно не в состоянии дать его; хорошее можно взять только самому. Добролюбов, Чернышевский, Писарев и прочие — всякому известно, что говорили эти люди, как разбивали все старое и на какие средства и цели указывали... Эти журналы — «Современник» и «Русское слово» — стали какими-то евангелиями у молодежи, в них прямо говорилось, что без экономического переворота нет спасения миру, всякий честный человек должен стараться об участи своего народа. Вот почему, живя посреди таких мнений, невольно проникаешься ими, подвигаешься на противозаконную деятельность... И вышел я несчастным порождением своего времени, да еще к тому же бесхарактерным, одним из тех многих, которые уже заплатили за свои увлечения...»

Издатель либерального «Современника» Некрасов, поэт «мести и печали», почувствовал, что дело плохо и предпринял попытки примирить Муравьева если не с идеями своего журнала, то хотя бы с его сотрудниками. Когда в Английском клубе после обеда Муравьев вышел на балкон и закурил свою любимую трубку, Некрасов приблизился к нему и попросил позволения прочесть стихотворение, сочиненное в честь графа:

Бокал заздравный поднимая,

Еще раз выпить нам пора

Здоровье миротворца края...

Так много ж лет ему... ура!

Пускай клеймят тебя позором

Надменный Запад и враги:

Ты мощен Руси приговором,

Ее ты славу береги!

Мятеж прошел, крамола ляжет,

В Литве и Жмуди мир взойдет;

Тогда и самый враг твой скажет:

Велик твой подвиг. .. и вздохнет.

Вздохнет, что, ставши сумасбродом,

Забыв присягу, свой позор,

Затеял с доблестным народом

Поднять давно решенный спор.

Нет, не помогут им усилья

Подземных их крамольных сил,

Зри! Над тобой, простерши крылья,

Царит архангел Михаил!

Прочитав, Некрасов обратился и Муравьеву: ― Ваше сиятельство, позвольте опубликовать.

― Это ваша собственность,— сухо ответил граф,— вы можете располагать ею, как хотите.

― Но я бы попросил вашего совета.

― В таком случае, не советую.

Некрасов даже выступил на одном из обедов в честь Комиссарова:

Сын народа! Тебя я пою!

Будешь славен ты много и много,

Ты велик, как орудие Бога,

Направлявшего руку твою...

Но, увы, журнал «Современник» по настоянию Муравьева был закрыт.

Следственная комиссия, закончив работу, передала дело в высший уголовный суд. Очевидец вспоминает:

«Перед открытием заседания князь Гагарин сказал мне, что он будет говорить Каракозову «ты», потому что такому злодею нет возможности говорить «вы». Мне удалось, однако, убедить князя как человека в высшей степени разумного, что выражать таким образом негодование против подсудимого, каково бы преступление его ни было, для судьи совершенно неприлично и что в настоящем случае существенно необходимо подавить в себе негодование к преступнику и говорить с ним, не нарушая обычных форм... Первым был введен Каракозов. В залу вошел высокий белокурый молодой человек, видимо, смущенный и не знавший ни куда ему идти, ни где ему стать. За ним вошли два солдата с обнаженными тесаками.

«Каракозов, подойдите сюда»,— сказал председатель дрогнувшим голосом.

Каракозов подошел к столу и стал против председателя, не смотря, впрочем, ни на него, ни на кого другого прямо. Так он себя держал во всех заседаниях, подергивая, кроме того, свои усики и говоря обыкновенно сквозь зубы.

«Вы вызваны в суд,— сказал ему председатель,— для выдачи вам обвинительного акта о том страшном преступлении, в котором вы обвиняетесь. Допрос вам теперь не делается, но если вы сами желаете сделать показание, то оно будет принято».

Каракозов: «Преступление мое так велико, что не может быть оправдано даже тем болезненным нервным состоянием, в котором я находился в то время».

Каракозова обвиняли в покушении «на жизнь священной особы государя императора и в принадлежности к тайному революционному обществу».

Клиника Московского университета, освидетельствовав обвиняемого, определила, что его умственные способности нормальны, никаких припадков болезни, приводивших бы его в умоисступление, не обнаружены.

Суд постановил: именующегося дворянином, но не утвержденного в дворянстве Дмитрия Владимирова Каракозова, 25 лет, по лишении всех прав состояния, казнить смертью через повешение.

Каракозов стал писать прошение о помиловании, но никак не мог его кончить. Он исписал несколько листов бумаги. Наконец, его защитник убедил Каракозова написать коротко и сильно.

«Каракозов,— сказал князь Гагарин,— государь император повелел мне объявить вам, что его величество прощает вас, как христианин, но как государь простить не может».

Лицо Каракозова вдруг потемнело, стало мрачно. «Вы должны готовиться к смерти,— продолжал Гагарин,— подумайте о душе своей, покайтесь».

Несчастный стал говорить что-то о голосах и видениях, но Гагарин снова предложил ему готовиться, и Каракозова увели.

Ишутина, как зачинщика замыслов о цареубийстве, уличенного в незаявлении правительству о известном ему преступном намерении Каракозова и как основателя обществ, действия коих клонились к экономическому перевороту, с нарушением прав собственности и ниспровержением государственного устройства, решено было лишить всех прав и казнить смертью через повешение. Приговор в последнюю минуту заменили на каторжные работы.

Остальных сослали в Сибирь на поселение и в каторжные работы на рудниках, приговорили к различным тюремным срокам. Шестерых освободили.

Сосланного в Сибирь Ишутина внезапно вернули с дороги для дачи новых показаний. Брешко-Брешковская рисует такую картину:

«Раз ночью раздался шум в коридоре, загремели железные засовы, и в маленькой камере рядом с большой, где помещались каракозовцы, послышался таинственный шум, шептавшиеся голоса. Потом дверь затворилась, люди ушли, и снова тишина и безмолвие. Большую камеру от маленькой отделяла дощатая стена, плохо сколоченная. Молодые силачи стали сверлить дыры, прокладывая щели, но, когда они услышали в ответ на зов знакомый голос, быстро сообразили, как вынуть одну из досок, и через несколько минут стояли против Ишутина. Он задрожал, отскочил и закричал: «Это не вы, неправда, это не вы... вас давно нет в живых... вас замучили... неправда, это обман, вас нет, вас нет!» Бледный, измученный, с горящими глазами, он был страшен собственным ужасом, ужасом человека, увидевшего перед собой людей с того света. Мало-помалу ласковые слова товарищей, их приветливые лица успокоили Ишутина.

Он стал рассказывать, как его вернули с дороги, привезли в Шлиссельбургскую крепость, пустынную, мрачную, сырую; как заковали в кандалы и держали при самом жестоком режиме. Мертвая тишина окружала его каменный гроб, и только вначале к нему входили чиновники, требовали дальнейших откровенных показаний о заговоре и грозили новыми ужасами. К нему принесли изодранную окровавленную одежду, в которой он узнал платье своих товарищей по суду, говоря, что и с ним будет поступлено так же, если он не откроет всей правды. Но ничего нового Ишутин сказать не мог, да и жандармам все было известно из показаний других участников дела...»

Скончался он, почти сумасшедшим, в 1878 г. на Каре.

Последний день и последнюю ночь Каракозов о чем-то угрюмо думал, никаких писем родным писать не стал.

Утром 3 сентября 1866 г. его привезли из Петропавловской крепости на Смоленское поле.

Секретарь уголовного суда, обязанный по должности присутствовать при исполнении приговора, вспоминал: