В ходе контрнаступления Народно-революционной армии под командованием В.К. Блюхера, военного министра Дальневосточной Республики, и партизанских отрядов Приамурья под общим командованием Д.И. Бойко-Павлова армия генерала Молчанова была разгромлена. Решающие бои прошли у станции Волочаевка при 35-градусном морозе. Белоповстанцы соорудили на сопке Июнь-Корань окопы с ледяными валами, защищенные 5—6 рядами проволочных заграждений, с пулеметными гнездами.

Перед Волочаевской операцией НРА насчитывала около 6300 штыков и сабель, имела 300 пулеметов, 30 орудий, 3 броневика и 2 танка. Белоповстанческая армия под Волочаевкой имела около 4550 штыков и сабель, 63 пулемета, 12 орудий и 3 бронепоезда. Перед боями за эту железнодорожную станцию генерал Молчанов обратился к своим солдатам и офицерам с приказом, в котором говорилось:

«Вопрос самого нашего бытия требует полного напряжения всех сил для достижения победы. С победой мы живем — неудача может лишить нас самого бытия как антибольшевистской организации…»

Волочаевская операция решила судьбу Хабаровска. 14 февраля 1922 года он был освобожден войсками Народно-революционной армии. Белогвардейские войска, отступая, обошли город стороной. Белоповстанцы попытались остановить продвижение противника близ железнодорожной станции Бикин, но их бронепоезда оказались без снарядов, и им пришлось отступить в «нейтральную зону».

Когда части НРА пошли в преследование отступавших белых, то на границе «нейтральной зоны» столкнулись с японскими войсками и по приказу военного министра Дальневосточной Республики В.К. Блюхера отошли назад, заняв позиции на правом берегу реки Иман. После этого боевые действия прекратились.

Неудачный поход Белоповстанческой армии вызвал разлад в стане белых. Каппелевцы выступали за «Народное собрание», организовавшее «Кабинет министров» во главе с генералом Старковским. Семеновцы поддерживали правительство братьев Меркуловых. Японское командование примирить их так и не смогло.

Конфликтная ситуация закончилась тем, что братья Меркуловы в июне 1922 года (с согласия японского командования) передали правительственную власть в Приморье колчаковскому генерал-лейтенанту М.К. Дитерихсу. Он был избран приморским земским собором Единоличным правителем и воеводой земской рати. «Земский воевода» Дитерихс переименовал Белоповстанческую армию в Земскую рать, а основной административной единицей Южного Приморья сделал церковный приход. В его правительстве Н.Д. Меркулов сохранил за собой пост министра внешних дел.

Командование японского экспедиционного корпуса передало Дитерихсу Спасский укрепленный район. К сентябрю 1922 года численность Земской рати доводится до 8 тысяч человек, и она начала новое наступление на Дальневосточную Республику. Оно проходило в условиях, когда японцы начали повсеместный отвод интервенционистских войск к портовому Владивостоку. Оставляемые позиции со всем военным имуществом японцы передавали белогвардейцам.

В Токио произошла смена правительства и к власти пришел Кабинет министров во главе с адмиралом Хирохару Като, одним из инициаторов военной интервенции Антанты на Дальнем Востоке и в Восточной Сибири. 24 июня новое правительство Японии принимает решение эвакуировать свои экспедиционные войска из Южного Приморья (но только из него) к 1 ноября 1922 года. Об оставлении Северного Сахалина (Карафуто) в японской столице даже и слышать не хотели.

Северный Сахалин стал камнем преткновения на Чанчуньской мирной конференции, проходившей в сентябре 1922 года в китайском городе Чаньчунь. Японская делегация пыталась добиться от делегаций РСФСР и Дальневосточной Республики признания захвата Северного Сахалина как «компенсации» за Николаевский инцидент, в ходе которого приамурскими партизанами был наголову разгромлен японский гарнизон в городе Николаевске-на-Амуре. В знак протеста против такого требования Токио делегации РСФСР и ДВР покинули Чанчунь, и конференция на том и закончилась.

В том же сентябре белая Земская рать начала наступление на Дальневосточную Республику, но смогла захватить только станцию Шмаковку. После боев с главными силами Народно-революционной армии белогвардейцам пришлось отступить в Спасский укрепленный район, который был создан японцами в 1921 году в самом центре Приморского края. Он состоял из семи сомкнутых полевых редутов с блиндажами, прикрытых окопами и проволочными заграждениями. Эти недавние японские укрепления прикрывали город Спасск со всех сторон.

В октябре 1922 года в ходе Спасской наступательной операции Народно-революционной армии под командованием И.П. Уборевича Земская рать была разгромлена и ее деморализованные остатки отступили в Маньчжурию и к Владивостоку. Последние бои произошли у селений Вознесенское и Монастырище.

Когда наступавшие советские войска НРА 19 октября заняли железнодорожную станцию Океанская и вплотную подошли к окраинам Владивостока, то здесь они были встречены японскими войсками, изготовившимися для боя. Их командующий генерал Тачибана потребовал, чтобы советское командование приказало своим частям отойти. Во избежание боевого столкновения войска Народно-революционной армии отошли назад к станции Угольная.

Сюда для переговоров прибыли японский, американский и британский консулы во Владивостоке. Главной темой состоявшихся переговоров была личная безопасность и сохранность имущества иностранных граждан, оказавшихся по разным причинам в столице Приморья. Консулам в ответ было заявлено, что революционные войска смогут обеспечить в городе строгий порядок.

Пока шли переговоры, японцы успели взорвать часть фортов и других укреплений Владивостокской морской крепости времен Русско-японской войны 1904—1905 годов. Были разграблены военные склады и портовые пакгаузы — их содержимое грузилось на корабли интервентов и захваченные ими русские суда Добровольческого флота. В знак протеста против всего этого во Владивостоке началась всеобщая забастовка трудящихся города. Тысячи портовых грузчиков отказались грузить уходившие навсегда из России корабли.

Переговоры на станции Угольной завершились только 23 октября, когда командование японского экспедиционного корпуса согласилось на встречу с командованием Народно-революционной армии. На следующий день стороны подписали договор о передаче города Владивостока под полный контроль НРА.

В два часа дня 25 октября 1922 года стоявшая в бухте Золотой Рог многочисленная японская эскадра с последними экспедиционными войсками на борту и суда с отправлявшимися в эмиграцию белогвардейцами подняли якоря и стали выходить в открытое море. Японцы задержались ненадолго на острове Русском, но через несколько дней оставили и его крепостные укрепления.

В четыре часа дня того же 25 октября войска Народно-революционной армии торжественно, без единого выстрела, вступили в город Владивосток, население которого приветствовало своих освободителей от интервентов. Гражданская война на Дальнем Востоке завершилась. 14 ноября 1922 года «буферная» Дальневосточная Республика прекратила свое существование. На следующий день в Москве ВЦИК принял декрет, по которому вся территория ДВР (за исключением оккупированного японцами Северного Сахалина) вошла как составная часть в Советскую Россию, в РСФСР.

Японские войска оставались на Северном Сахалине до 1925 года, но в мае месяце им пришлось эвакуироваться и оттуда. Судьба Южного Сахалина, который старая Россия потеряла в ходе Русско-японской войны, была решена в 1945 году, когда на Тихом океане закончилась Вторая мировая война.

Япония, прежде всего милитаристская часть ее военного командования, не оставила в «покое» советский Дальний Восток. В Маньчжурии укрылись остатки семеновских и каппелевских войск, которые осели в приграничных районах Маньчжурии и в зоне КВЖД. Японцы продолжали оказывать здесь немалую помощь атаману Семенову, генералу И.Ф. Шильникову и другим белым предводителям, не желавшим складывать оружие в борьбе против советской власти.

На Охотском побережье и на Камчатке еще продолжали удерживаться сильные отряды белогвардейцев под командованием Бочкарева, Бирича, Пепеляева, которым покровительствовала японская сторона. Они были разгромлены морскими экспедиционными войсками Красной Армии в 1922—1923 годах.