Японские морские дозоры «просмотрели» минную постановку противной стороной. Через два дня, 17 мая, на новом заградительном минном поле подорвались неприятельские эскадренные броненосцы «Хацусе» и «Яшима» из подошедшего к Порт-Артуру блокирующего отряда (в составе 3 броненосцев и 2 крейсеров). Первый из них погиб на месте подрыва от детонации пороховых (снарядных) погребов. Род гибели «Хацусе» был схож с причиной гибели русского эскадренного броненосца «Петропавловск». Над кораблем взвился высокий столб бурого дыма, нос броненосца поднялся на мгновение над водой, и он быстро ушел под воду. В морской пучине нашли свою гибель 36 офицеров и 457 матросов.
Японцы решили, что их атаковали русские подводные лодки, которых они особенно опасались, и открыли беспорядочный орудийный огонь по плавающим на воде обломкам «Хацусе». Второй броненосный корабль, «Яшима», после подрыва на русской мине, остался на плаву, хотя и потерял на время ход. Когда паника улеглась, его взяли на буксир и спешно отвели от места трагедии. По пути на Японские острова, куда «Яшима» был отправлен для капитального ремонта, эскадренный броненосец затонул.
Гибелью двух эскадренных броненосцев на минном заграждении, выставленном минным заградителем «Амур», невосполнимые потери броненосных сил императорского Соединенного флота в день 17 мая 1904 года не ограничились. При маневрировании столкнулись два крейсера — броненосный «Кассуга» и более легкий «Иосино». Последний, получивший большую подводную пробоину, через несколько минут после столкновения перевернулся и затонул в водах Желтого моря. Погибли 32 офицера и 287 матросов. «Кассуга» получил, в свою очередь, настолько серьезные повреждения, что его пришлось на буксире отвести в базу для длительного ремонта. Этот день был назван «черным днем Японского флота».
Однако этим потери флота Того не ограничились. «Черный день Японского флота» имел в начавшейся осаде Порт-Артура свое скорое продолжение. Противник в ближайшие дни потерял еще ряд кораблей. При тралении в бухте Керр наскочил на русскую мину и затонул после подрыва миноносец № 48. Затем у мыса Робинсон подорвалось на мине посыльное судно «Мияко». На следующий день после него садится на камни посыльный корабль «Тацута». Назавтра канонерская лодка «Акаги» наскочила на канонерскую лодку «Осима» и потопила ее. А на следующий день близ Порт-Артура подорвался на русской мине и пошел на дно эскадренный миноносец «Акацуки».
В июле царский наместник приказал владивостокскому отряду крейсеров совершить «диверсию» на неприятельских коммуникациях, на время прервать сообщение тихоокеанских портов противника с Желтым морем.
В море вышли броненосные крейсера «Россия», «Громобой» и «Рюрик». 20 июля, пройдя в Тихий океан Сангарским проливом, отряд русских кораблей вне видимости с японских берегов повернул на юг. Через день был задержан германский транспортный пароход «Аравия». При досмотре оказалось, что он вез военную «контрабанду» в японский порт Иокогаму из Соединенных Штатов. 23 июля у входа в Токийский залив был остановлен для досмотра английский пароход-контрабандист «Найт Коммандер», который шел из Нью-Йорка в Японию с военным грузом. Поскольку на британском транспорте не оставалось угля, чтобы дойти до Владивостока, он был потоплен.
Русские крейсера уничтожили в ходе набеговой операции на вражеское побережье несколько японских транспортных шхун, германский пароход «Tea» с военным грузом и захватили с подобной «контрабандой» английский пароход «Калхас». В Японии забили тревогу, но защититься от русских в Тихом океане было нечем. После того как на крейсерах стал, подходить к концу уголь, они повернули на север и взяли обратный курс на Владивосток.
Между тем осадная 3-я японская армия на Квантунском полуострове усиливалась с каждым днем. Она пополнилась еще одной, четвертой по счету пехотной дивизией, двумя резервными пехотными бригадами и осадным артиллерийским парком. К концу июля армия Ноги насчитывала в своем составе уже 60 тысяч пехоты, 208 орудий и 72 пулемета. Теперь она превосходила по силам осажденный порт-артурский гарнизон в полтора раза и продолжала усиливаться численно. Через месяц под командованием героя японо-китайской войны Маресукэ Ноги было уже 80 тысяч войск.
26 июля неприятельская осадная армия перешла в наступление против так называемой русской позиции на перевалах Квантуна. По всей оборонительной линии на дальних подступах к Порт-Артуру начались тяжелые бои. Они засвидетельствовали главное — при ведении активной обороны крепостной гарнизон мог долго сдерживать превосходящие силы противника подальше от Порт-Артура. В ходе боев на Квантуне за время чуть более месяца японские потери составили убитыми и ранеными почти 12 тысяч человек, тогда как потери русских войск — всего около 5,3 тысячи человек.
Порт-Артурская крепость готовилась к осадным боям и штурмам. Между долговременными оборонительными сооружениями были оборудованы стрелковые окопы, прикрытые проволочными заграждениями, а на отдельных, особо опасных участках зарытыми в землю фугасами. В тылу главной линии обороны имелось несколько десятков промежуточных батарейных позиций и отдельных орудий с круговым обстрелом. На всех фортах и некоторых батареях были установлены прожектора. За несколько месяцев 1904 года для укрепления сухопутной оборонительной линии Порт-Артура было сделано больше, чем за предвоенный период начиная с 1898 года.
Большим недостатком в строительстве инженерных сооружений еще с мирного времени было то, что форты и укрепления зачастую не «вписывались» в местность. Они располагались всего в нескольких километрах от города и внутренней гавани. Артиллерия ряда фортов и укреплений не могла обстреливать ближние подступы к крепости, а оборона флангов могла осуществляться только ружейно-пулеметным огнем. Для маневра войсками и полевой артиллерией не хватало дорог.
Гарнизон крепости к началу осады насчитывал 41 780 человек нижних чинов (рядовых и унтер-офицеров), 665 офицеров, 256 военных чиновников и врачей и состоял из 9 восточносибирских стрелковых полков, 3 запасных пехотных батальонов, 2 рот пешей пограничной стражи, Квантунского флотского экипажа, сводной команды 3-й Восточно-Сибирской стрелковой дивизии, сотни забайкальских казаков Верхнеудинского полка и других отдельных рот и команд. Имелось также 13 добровольческих дружин горожан общей численностью в две с половиной тысячи ополченцев.
Всего пехоты было 29 960 нижних чинов и 402 офицера. В крепостной артиллерии и в отдельных артиллерийских бригадах, дивизионах и батареях числилось 6149 нижних чинов и 132 офицера, в инженерных войсках — 1114 солдат и 24 офицера. И, наконец, в штабах, различных крепостных службах и управлениях насчитывалось еще 4101 нижний чин и 103 офицера.
В Порт-Артуре базировалась Тихоокеанская эскадра в составе 6 эскадренных броненосцев, 5 крейсеров, 4 канонерских лодок, 2 минных крейсеров (заградителей) и 19 эскадренных миноносцев. Общая численность корабельных экипажей составляла около 12 тысяч человек. В случае крайней необходимости какую-то часть военных моряков (около 8 тысяч человек) можно было использовать на сухопутном фронте.
Руководство обороной собственно крепости должно было осуществляться ее комендантом генерал-майором К.Н. Смирновым. Но фактически старшим воинским начальником в крепости оказался генерал-лейтенант A.M. Стессель, хотя Квантунского укрепленного района, начальником которого он был назначен в марте, к июлю уже не существовало как такового. Еще в июне Стессель получил от командующего Маньчжурской армией генерала от инфантерии А.Н. Куропаткина приказ сдать командование коменданту крепости, а самому отправиться за новым назначением в Маньчжурию. Однако Стессель не выполнил этого указания, а случайно попавшую к нему копию приказа Куропаткина, адресованную генерал-майору Смирнову, утаил.
Среди командного состава героических защитников Порт-Артура было немало незаурядных людей, достойных военачальников. Поистине выдающуюся роль в укреплении и организации обороны крепости сыграл начальник сухопутной обороны генерал-майор Р.И. Кондратенко. Под его умелым руководством возводились новые укрепления и совершенствовались старые, отрабатывалась система ведения огня.
