С точки зрения авторов, одним из таких недостатков являлось нахождение контрразведки в составе Военного министерства, а не МВД. Тем самым одна из важнейших функций государства — обеспечение безопасности — оказалась разделенной межведомственными барьерами со всеми вытекающими отсюда последствиями. Более того, «Положением о полевом управлении войск в военной время» 1914 г. была децентрализована система органов военного управления, а вместе с ними и контрразведки, — на фронтовые и тыловые. Эту модель полностью воссоздал адмирал А.В. Колчак, чье правительство претендовало на роль Российского. Подразделения военной контрразведки формировались вместе с армейскими и окружными штабами и наделялись функциями борьбы со шпионажем и политического сыска, что в условиях отсутствия территориальных органов безопасности являлось делом оправданным.

Авторы видят две основных причины задержки с формированием последних на территории белой Сибири. Одной из них могло быть доминирование реальной власти в руках военных, которые все важнейшие вопросы, в том числе обеспечение безопасности тыла, старались решать собственными силами, в данном случае силами военной контрразведки. С другой стороны, в период «демократической» контрреволюции, до прихода к власти адмирала А.В. Колчака в ноябре 1918г., идея возрождения политической полиции и ее территориальных органов негативно воспринималась большинством тогдашних политических лидеров антибольшевистского движения, поскольку ассоциировалась ими с одиозной в их восприятии царской охранкой. Так или иначе, но с ее формированием в итоге существенно запоздали.

Создание государственной охраны было инициировано руководителем Департамента милиции МВД В.Н. Пепеляевым и являлось в целом правильным шагом в направлении обеспечения государственного образования, но несколько запоздалым. Разграничение функций (борьбы со шпионажем и политического розыска) между контрразведкой и госохраной, как предлагал В.Н. Пепеляев, вряд ли было уместным в условиях Гражданской войны, т.к. безопасности армии в большей степени угрожали внутренние враги, нежели разведслужбы противника и союзников. Было бы более уместным регламентировать взаимодействие двух розыскных органов или же разделить зоны ответственности: контрразведка обеспечивает безопасность армии, а государственная охрана — госаппарата, промышленности, транспорта и т.д. Но, судя по всему, обсуждение инициативы директора ДМ велось на внутриведомственном уровне, а не государственном. При формировании контрразведки и государственной охраны власти не разработали принципиально новой нормативно-правовой базы, которой бы определялись принципы функционирования, полномочия и сфера ответственности государственных и военных органов в области обеспечения государственной безопасности в условиях Гражданской войны.

Как показало исследование, основная тяжесть в борьбе с врагами режима — большевиками и эсерами — легла на контрразведку, поскольку ее структуры были образованы ранее (некоторые еще до прихода к власти адмирала А.В. Колчака) территориальных органов безопасности, приобрели оперативный опыт и т.д. А формирование госохраны как целостной структуры так и не было завершено до падения колчаковского режима.

Однако обеспечивавшая безопасность всей политической системы контрразведка оставалась структурной единицей военных штабов различных уровней. Новые функции требовали более высокого ее статуса в государственном механизме, изменения организации, увеличения сил и средств. Несмотря на предпринимаемые усилия, белогвардейцам так и не удалось создать централизованно управляемой службы контрразведки, что мешало работе агентуры, создавало нездоровую конкуренцию между структурами различной ведомственной принадлежности. Подчинение контрразведывательных структур командирам и штабам различных уровней, вплоть до начальников гарнизонов, имело ряд недостатков, поскольку большинство военных, включая офицеров Генерального штаба, не имели представления о функциях спецслужб и не разбирались даже в азах оперативно-розыскной деятельности, поэтому не могли ими эффективно руководить. Непосредственное подчинение руководителей контрразведывательных органов воинским начальникам сковывало инициативу первых, особенно при расследовании преступлений в армейской среде. Этих изъянов удалось избежать госохране, подчинявшейся Департаменту милиции. Анализ архивных документов свидетельствует о том, что противодействие военному, политическому и экономическому шпионажу не являлось приоритетным направлением деятельности контрразведки. Ее основные усилия, наряду с государственной охраной, были сосредоточены на борьбе с большевистским подпольем. Благодаря их активным действиям советскому партийно-государственному руководству так и не удалось организовать крупное вооруженное восстание в Сибири. Несмотря на то что деятельность контрразведки и государственной охраны не была скоординирована между собой, эти силовые структуры неоднократно ликвидировали нелегальные большевистские организации, срывали их планы по проведению подрывных акций в отношении белогвардейской власти, что давало возможность колчаковским армиям вести войну в течение года. Но полностью обезопасить свой тыл спецслужбы не смогли по следующим связанным между собой причинам. Во-первых, им не удалось ликвидировать связь Советской России с большевистским подпольем, благодаря чему разгромленные организации восстанавливались и продолжали подрывную деятельность. Во-вторых, политика Российского правительства создавала социально-экономические предпосылки для негативного отношения широких слоев населения к властям, о чем писали и сами участники Белого движения. Между тем следует подчеркнуть, что и контрразведка, и государственная охрана регулярно информировали командование и органы власти о причинах недовольства населения своим социально-экономическим положением, которое перерастало в стачки и вооруженные выступления, выдвигали свои предложения по нормализации обстановки. Поступавшая от них объективная информация отнюдь не послужила для властей сигналом для серьезной корректировки внутриполитического курса, что обернулось для них поражением. В условиях острого политического и экономического кризиса у правительства не хватало сил и средств для удовлетворения насущных потребностей широких слоев населения. Помощь оказывалась в первую очередь представителям торгово-промышленного капитала.

По нашему мнению, недооценка высшим военно-политическим руководством упреждающей достоверной информации о настроениях населения, непринятие оперативных адекватных мер по корректировке социально-экономической политики привели к поражению колчаковского режима. Превалировали силовые методы, позволявшие лишь временно нейтрализовать социальные конфликты, но не решавшие проблемы в целом.

Бывшие царские военачальники во главе с А.В. Колчаком, будучи хорошо подготовленными в военном отношении профессионалами, оказавшись по стечению обстоятельств в роли политических и государственных деятелей, не имели достаточного опыта и времени для освоения искусства политики и государственного управления, которого требовала критическая ситуация противоборства с большевиками. В итоге они не сумели привлечь на свою сторону широкие массы народа, а потому не смогли полноценно мобилизовать материальные и человеческие ресурсы и создать надежную опору власти — результативно действующий административно-управленческий аппарат. По мнению авторов, данное обстоятельство стало одной из главных причин поражения антибольшевистских сил в Гражданской войне, поскольку социум, лишенный функции самосохранения, обречен на гибель.

Анализ комплекса источников позволил выявить следующую закономерность: эффективность деятельности спецслужб была прямо пропорциональна политической, экономической и военной мощи белогвардейского государственного образования в Сибири. Так, в период формирования правительств и армий контрразведка также находилась в стадии становления, ее возможности ограничивались людскими и материальными ресурсами. На 1919 г., когда белые армии контролировали большую часть территории страны и вели активные наступательные операции на всех фронтах, приходится наивысшая активность армейских спецслужб, создаются органы госохраны и вступают в активную борьбу с противниками колчаковского режима. Перелом в ходе войны, отступление белогвардейских войск нанесли ощутимый удар по контрразведке и государственной охране, после чего они уже не могли выполнять свои задачи в прежнем объеме, а затем прекратили свое существование.