Другая проблема была связана с воздержанием. Подход Пирпонта был скорее общественным, чем личным, а его обличения направлены главным образом против использования спиртных напитков в целях бизнеса. Он настаивал на воздержании, а не на запрете. Вино стояло и на его столе. Но поскольку спиртное было определенной моральной, экономической и политической силой в Новой Англии, то выступления Пирпонта вызывали враждебность со стороны сильных мира сего.

В те времена проблема рабства стояла довольно остро, и Джон Пирпонт стал ярым аболиционистом, активным организатором Американского общества борьбы с рабством, он был другом Гаррисона и часто писал в журнал «Либерейтор». Проблема рабства разжигала страсти во всей стране, и Пирпонт решительно проповедовал противостояние этому великому злу. Тем не менее Новая Англия склонялась скорее к рабству, чем к беспорядкам, несмотря на то что ее лучшие представители ратовали за его отмену. Денежная и культурная аристократия процветала и блаженствовала: «Оставьте нас в покое!» Более того, от рабства в значительной степени зависело колониальное благосостояние Новой Англии, и многие торговцы все еще получали большие доходы от контрабанды «черного золота». Аристократы Кембриджа строили свои особняки на доходы от рабовладельческих плантаций Вест-Индии. Более того, работа прядильных фабрик также зависела от южного хлопка, и поэтому промышленники также не желали противостоять рабству и почти единодушно выступали против борцов с ним. Этот неразрешимый конфликт оставался неразрешимым только в голове весьма недальновидных радикалов.

Бескомпромиссный, как Гаррисон, Джон Пирпонт отождествлял аболиционизм с борьбой против реакции в целом. Его настроение хорошо отражают следующие строфы одной из его поэм:

Пирпонт клеймил закон о беглых рабах как «сговор с иудами», а на утверждение, что это вполне конституционно, он отвечал так: «Допустим, что это действительно так? Но если конституция оправдывает зло, то я просто обязан ее нарушить… Даже если на моем пути станет Конституция Соединенных Штатов… Она не должна препятствовать мне, она должна помогать мне в пути, иначе мне придется просто перешагнуть через нее».

Такие полные возмущения высказывания, оскорбительные и логичные, глубоко беспокоили церковный приход Пирпонта. Воскресная месса должна была быть направленной на легкую медитацию о будущем, на спокойное общение с Богом, на примирение личных интересов и религии, но этот сумасшедший настаивал на установлении связи между учениями Христа и повседневной жизнью и пропагандировал опасное радикальное участие в социальной борьбе! Приход был возмущен, по крайней мере его большая часть. Почему бы Пирпонту не последовать совету преподобного Фрэнсиса Паркмена (которого придерживалось подавляющее большинство священников) и избегать «определенных досадных и сложных вопросов», таких как рабство? Доктор Паркмен наложил удобные ограничения на задачу церковника: «Проповедовать неизменное слово; с открытым сердцем предлагать людям молитву; поддерживать постулаты нашей веры во всей их простоте и святости; думать о душах людей, не повышая голоса и не путаясь в сиюминутных интересах этой жизни – таким образом человек зарекомендует себя перед Богом, как его покорный слуга».

Но для Джона Пирпонта это означало кривить душой перед верой и идти на компромисс со злом, игнорируя социальные задачи религии. Религия представляла собой меч социальной справедливости, пророки Ветхого Завета не сторонились «досадных и сложных вопросов» и не боялись «повысить голос». Несомненно, это был путь к миру, но не к справедливости, и поэтому со своей кафедры Пирпонт яростно клеймил социальные пороки, особенно рабство, и оправдывал свои действия Священным Писанием.

Часть его прихода протестовала, но Пирпонт оставался несгибаемым. В 1838 году эти страсти переросли в войну. Комитет конгрегации, представлявший абсолютное большинство, попросил пастора избегать «будоражащих тем», и прежде всего «отмены рабства», на что Пирпонт ответил: «Если я и соглашусь не затрагивать какую-либо тему с моей кафедры, то это будет одна из самых будоражащих тем».

Борьба обострялась, оппозиция обвинила Пирпонта во «вмешательстве в законы страны», в коммерческой нечестности и в моральной нечистоте (эта «моральная нечистота» заключалась в использовании слова «шлюха» в его проповеди!) и потребовала его смещения с поста. Пастор отказался уйти, настаивая на рассмотрении дела церковным судом: «Если ваши обвинения окажутся справедливыми, то для меня это окажется фатальным, а если они окажутся злобными наветами, это будет фатально для вас. Либо докажите свою правоту, либо откажитесь от своих обвинений». Явно побаиваясь суда, оппозиция все же настаивала на его отставке и отказалась выплачивать пастору содержание.

В итоге несгибаемый Джон Пирпонт добился суда, на проведении которого он настаивал. Официальная жалоба в церковный совет содержала серию обвинений по поводу морального облика Пирпонта, но суть дела сводилась к тому, что «пастор слишком глубоко внедряется в вопросы законодательства, касающегося запрета на торговлю спиртными напитками, отмены тюремного заключения за долги, и слишком часто затрагивает противоречивую тему отмены рабства».

Суд начался в 1841 году, продолжался шесть месяцев и привлек к себе большое общественное внимание. Пирпонт не отрекся от своих высказываний и был триумфально оправдан советом, который отверг все обвинения в аморальности, но выразил определенное недовольство по поводу некоторых эпизодов противоречивой деятельности Пирпонта. Суд не нашел оснований для его смещения с должности. После апелляции Верховный суд поддержал это решение. Получив оправдательный приговор, Джон Пирпонт все же оставил свой приход. Его уход был принят.

Оставаясь таким же бескомпромиссным в вопросе о рабстве, как и Гаррисон, Пирпонт сочувствовал аболиционистам, которые разошлись с Гаррисоном по вопросу независимых политических действий. Он активно занимался организацией «Партии свободы» и выдвижением ее кандидата на пост губернатора Массачусетса. Понимая, что рабство было тесно связано с другими социальными проблемами – рабочим движением, коррупцией правительства, захватом государственных земель спекулянтами Севера и рабовладельцами Юга, – Пирпонт согласился на слияние «Партии свободы» и партии фрисойлеров и стал одним из ее кандидатов в конгресс. Не являясь полностью аболиционистской, партия фрисойлеров выступала против распространения рабства в новые штаты, брала на себя обязательства «защищать право на свободный труд от посягательств рабовладельцев и бороться за обеспечение свободных людей бесплатной землей». Более того, новая партия выступала за бесплатное выделение поселенцам земель из общественных фондов. Это популярное требование в конце концов было отражено в законе о гомстедах (земельных наделах) 1862 года и было поддержано профсоюзными группами, которые признавали, что «рабство отрицательно влияет на положение рабочих и проведение реформ». На партию фрисойлеров ополчились виги и демократы (которые хитро старались обходить проблему рабства), называвшие ее крайне революционной, но Джон Пирпонт безоговорочно ее принял. Впоследствии она внесла непосредственный вклад в дело организации Республиканской партии.