Сложившаяся в это время фискально-административная система сохранялась до конца существования Византии, претерпевая лишь незначительные изменения как на центральном, так и на провинциальном уровнях. Однако по мере усиления власти магнатов за счет ослабления имперской власти, особенно в правление Палеологов (1261–1453), участие государства в распоряжении экономическими ресурсами сокращалось, а налоговое бремя, давившее на производителей, росло. Имперская же бюрократия становилась все более продажной и проводила интересы тех, кто мог заплатить за определенную фискальную политику или использовать для этого свои связи. Уже в XII в. появляется весьма значительное число жалоб на злоупотребления чиновников, которые, посещая провинции, притесняли и обирали крестьян и даже землевладельцев, а в последующий период эта ситуация еще ухудшилась. При отдельных правителях, являвшихся способными финансистами, — таких, как Андроник II, — государство на время получало возможность восстановить контроль над хозяйством и финансами, но эти успехи были сведены на нет некомпетентностью и злоупотреблениями чиновников, своекорыстием магнатов и междоусобными войнами. Кончилось тем, что государство оказалось неспособно содержать боеспособную армию для обороны от врагов.

Основной принцип налогообложения в поздней Римской и Византийской империях состоял в том, чтобы максимально усилить эксплуатацию, а следовательно, и доходы. В позднеримский период цель эта достигалась тем, что уплата налогов на зарегистрированную как подлежащая налогообложению, но не возделывавшуюся землю возлагалась на соседних землевладельцев, что именовалось adiecto sterilium. Налог взымался согласно формуле, связывавшей земельный участок (характеризовавшийся площадью, качеством почвы и типом возделывавшейся культуры) с рабочей силой (принцип capitatio-iugatio). Земли, которые не обрабатывались и не использовались под пастбища, не облагались прямым налогом. Налоговые расценки пересматривались сначала раз в пять лет, а потом — раз в пятнадцать лет, однако на практике это делалось не столь регулярно. В VII–VIII вв. был произведен ряд изменений. Каждое налоговое подразделение, община или округ, было обязано выплатить определенную сумму, распределявшуюся среди налогоплательщиков, несших коллективную ответственность за недоимки. Таким образом, существовала коллективная ответственность налогоплательщиков данной местности, в частности, за земли, которые находились в этой местности, но почему- либо не обрабатывались. Компенсацией за эти дополнительные расходы могли быть определенные налоговые льготы, но если данная община брала на себя обработку земли, за которую она была ответственна, то такого рода льготы не действовали. В тот же период города теряют роль основных посредников в сборе налогов — этим стали заниматься в основном имперские чиновники в провинциях.

Самым важным изменением, произошедшим после VII в., стала регистрация и учет имуществ для сбора налогов, исходя из платежеспособности производителей, а не просто из потребностей государственного бюджета. Одним из важнейших результатов этого процесса стало превращение Византии в страну с лучшей системой описания земель и регистрации имуществ в средневековом мире, а также с весьма сложной структурой бюрократии, выполнявшей эти задачи. Другим важнейшим моментом был отход от увязки земли и рабочей силы (capitatio-iugatio) и введение отдельно земельного налога (kanon) на землю и отдельной подушной подати, или налога «с очага» (kapnikon), который взимался с каждого дома. Конечно, эти изменения произошли не сразу, и в законодательстве империи нет указаний на то, когда именно это произошло, но процесс этот завершился к середине IX в., а возможно, и ранее.

Помимо основного земельного налога, существовало еще множество дополнительных налогов, а также повинностей, включая принятие на постой военных и командированных чиновников, ремонт дорог, мостов, укреплений, поставка для государственных нужд угля и дров и т. д. Эти установления существовали и в позднеримскую, и в средневековую эпоху. Но были виды землевладений, освобожденных от большинства дополнительных налогов и повинностей, прежде всего земли военнослужащих и те, которые использовались для нужд государственной почты.

Хотя основной поземельный налог и налог с очага сделались теперь основными элементами налоговой системы, ее еще более усложнял широкий диапазон чрезвычайных и разовых сборов. Помимо уже упомянутых экстраординарных налогов натурой или услугами правительственные налоговые чиновники начали вводить все больше и больше налогов по собственному усмотрению, в виде платы за собственные услуги и компенсации за постой, переводя их в денежную форму, то есть заменяя определенную повинность денежными выплатами. Во второй половине XI в. растущая коррупция бюрократии в сочетании с обесцениванием монеты из драгоценных металлов едва не привели к краху всей финансовой системы. Однако фундаментальные изменения в ней были произведены только в начале XII в., когда император Алексей I вынужден был произвести преобразования из-за растущей инфляции, сложности и произвольности старой налоговой системы. Система налогов была значительно упрощена, ставки стандартизированы, подвергся сокращению огромный штат чиновников. Однако и в новых условиях, поскольку знать и богачи добивались для себя многих налоговых льгот, основное бремя налогов все тяжелее ложщюсь на плечи крестьянства, и в результате социальное расслоение в империи — возраставшее по мере эволюции новой средневизантийской элиты и ее превращения в аристократию по положению и рождению — становилось все более явным.

Примерно с конца IX в. в системе коллективной ответственности за необрабатываемую землю произошли определенные изменения. Эти земли теперь могли временно освобождаться от налогов, изыматься из ведения своего фискального округа и отдаваться под специальную опеку. Вместе с тем в тот же период, стремясь укрепить фискальную основу и соперничая с земельной аристократией, само правительство стало преобразовывать фискальные земли в государственные, так что рента, которую платили государству как землевладельцу, теперь мало чем отличалась от государственных налогов. Путаницу увеличила и система «попечительств», хотя она представляла собой альтернативный способ перераспределения ресурсов.

До конца XII в. правительство было способно эффективно контролировать фискальные ресурсы империи. Однако в этот период растут власть и влияние аристократии, которая бросила вызов государству еще в X в. Именно этот слой начиная с конца XI в. выдвигал из своей среды императоров, и прочность власти очередного правителя во многом основывалась на его умении поддерживать целый ряд междусемейных альянсов, скреплявшихся браками, предоставлением губернаторских постов и так далее. После событий 1204 г. процесс перехода имперской власти к аристократии еще усилился, и знать все в большей мере фактически правила страной, а значит, и ее финансовыми ресурсами. Централизованное налогообложение — поземельный налог и связанные с ним платежи — по-прежнему оставалось основанием правительственной финансовой системы. Однако, по мере сокращения территории империи, все большую роль начинала играть внешняя торговля, с самого начала ограниченная конкуренцией и военной мощью итальянских морских держав. Тот факт, что в последний период существования империи kommerkion — налог на торговлю, — стал предоставлять больше средств, чем земельный налог, показывает, с какими тяжелейшими проблемами столкнулись императоры в этот период.

К концу XIII в. земельный налог взимался на основе фиксированных ставок, которые периодически пересматривались в зависимости от местных условий и других факторов, в то время как налог на рабочую силу принял форму налога на сельскохозяйственных арендаторов и их хозяйства. Сохранилась и система косвенных налогов и платежей, за которые частично были ответственны крупные землевладельцы. Их целью часто являлось удовлетворение тех или иных государственных нужд, например, оплаты наемных войск или выплаты дани иностранным государством. На Пелопоннесе в начале XV в. был случай, когда учрежденные турками (контролировавшими этот регион в течение 16 лет) налоги после возвращения земель к империи были сохранены византийскими чиновниками, так что в местный налоговый словарь вошли турецкие термины ushr (десятина) и haradj (поземельный налог).