Экономическая и культурная история этого периода отчасти парадоксальна. С одной стороны, слабела центральная власть Византийской империи, с другой — успешно развивалась хозяйственная жизнь: сельские общины в провинциях, торговля в малых городах и местные ремесла, прежде всего — производство шелка. Процветали монастыри, и в то же время в создаваемых государством школах пробудился интерес к античности (особенно к классической философии), оживилась жизнь ученого мира.

В этот же период возникла новая дуалистическая ересь, связанная с движением богомилов; по-видимому, ее источником стала ересь павликианства, распространившаяся во Фракии в VIII–IX вв., о чем говорилось ранее, хотя богомильство было значительно менее агрессивно, чем павликианство, воинствовавшее при Василии I. Новая ересь стала особенно популярной в Болгарии, а в XI в. к ней присоединились даже некоторые представители имперской знати. Алексей I принял энергичные меры для подавления ереси богомилов, так что ее распространение осталось ограничено районом центральных Балкан (в Анатолии приверженцами ее были лишь единицы). Однако на Балканах она стала центром антивизантийской оппозиции. Там она продолжала играть важную роль до турецкого нашествия. Учение богомилов оказало влияние на развитие ереси катаров в Южной Европе.

Помимо печенегов на севере у империи в 1050-х гг. объявился новый враг в лице турок-сельджуков — ветви турок-огузов, которых византийцы звали узами. К этому времени они уже завоевали халифат и устремились из Ирака на север — на Кавказ и в восточные области Малой Азии. Император Роман IV Диоген (1068–1071) попытался пресечь их набеги, но после некоторых начальных успехов грубые тактические ошибки и измена в войске привели к поражению 1071 г. в битве при Манзикерте (Восточная Анатолия). Сами по себе потери в этом сражении были невелики, и свидетельства указывают на то, что стратегическую ситуацию вполне можно было исправить, однако в плен попал сам Роман. И, хотя турки отпустили его после недолгого пребывания в качестве гостя султана Алп Арслана, получив выкуп, императора за это время успели низложить. Разразилась гражданская война, и войска империи истощили свои силы и ресурсы в этой борьбе. Малая Азия осталась брошенной на волю врага, и турки-кочевники со своими семьями, стадами и шатрами заняли центральное плато, прекрасно соответствовавшее их образу жизни. Между тем гражданская война продолжалась, и ко времени, когда в 1081 г. трон захватил полководец Алексей I Комнин (1081–1118), Византия уже потеряла центральную Малую Азию, в то время как Балканы опустошали своими набегами печенеги, а норманны готовились вторгнуться в пределы империи с Запада.

Умелое управление, умная политика в отношении разных групп византийской знати и талант военачальника позволили Алексею к 1105 г. стабилизировать обстановку в империи. Печенеги были разгромлены и получили разрешение селиться на территории страны за службу в армии, норманны были вытеснены из Эпира, а натиск сельджуков удалось остановить. Частью всех этих успехов император был обязан войскам крестоносцев, которые в 1097–1098 гг., во время Первого крестового похода, прошли по территории Византии, частью — своей административной реформе; сыграл свою роль и его союз с рядом знатных кланов, позволивший восстановить центральную власть в провинциях.

При сыне Алексея Комнина, Иоанне II (1118–1143), были возвращены многие земли в Малой Азии, а при Мануиле I (1143–1880) укрепилось положение империи на Балканах и началось постепенное продвижение в Центральную Анатолию с целью возвращения этой территории. Однако тактические ошибки вновь вызвали поражение войск империи на этом фронте. В 1176 г., пытаясь подавить сопротивление сельджуков в центральной Малой Азии, император со своим войском попал в засаду и потерпел тяжелое поражение при Мириокефалоне. Эта битва опустошила казну империи, и вдобавок жертва оказалась напрасной. Византия после этого уже не могла вести в регионе войну подобного масштаба. Началась тюркизация и исламизация центральной Малой Азии, и правительство империи не могло эффективно противостоять этому процессу.

Правительство, правда, достигло некоторых успехов в войне с венграми на Дунае, но поражение в Малой Азии означало конец традиционно сложившейся Восточной Римской империи в ее установившейся территориальной форме. Она стала превращаться в европейское государство. В конце XI в. на исторической сцене появились относительно новые силы. С одной стороны, ведущую роль во взаимоотношениях между Византией и Западом стала играть морская держава Венеция, к которой присоединились Генуя, Пиза и Амальфи. В своем стремлении заручиться поддержкой Венеции против норманнов и иных врагов императоры пошли на большие уступки венецианцам, даровав ряд торговых привилегий этим городам-государствам (сначала — только Венеции, в которой они все еще видели часть империи, хотя на деле она таковой не была). В результате всего этого к концу XII в. морская мощь Византии была основательно подорвана, а ромейские купцы не могли самостоятельно вести конкурентоспособную заморскую торговлю. Хотя в прошлом влияние Венеции на историю Византии нередко преувеличивали, однако она и другие экономически развитые государства Италии оказали значительное влияние на имперскую политику.

В то же время осложнились отношения Византии с германскими императорами и зарождавшимся норманнским Сицилийским королевством. Отчасти причиной тому послужили крестовые походы. Крестоносцы не только создали ряд эфемерных государств вокруг Иерусалимского королевства, они стали проводниками интересов западных держав, тем самым неизбежно вторгаясь в сферу традиционных интересов Византийской империи. Иоанн И и Мануил I делали все от них зависящее, чтобы укрепить дружеские отношения с германскими императорами и не дать им выступить в союзе с занявшими Сицилию агрессивными норманнами, противодействуя им и папскому влиянию на Италию и весь регион Адриатического моря. Император Мануил I, проводивший искусную внешнюю политику, позволившую Византии стать ведущей державой региона, успешно использовал также тактику брачных альянсов; однако после его кончины созданная им система быстро распалась. И вскоре позиции империи, не располагавшей достаточными ресурсами, пошатнулись.

К сожалению, у Мануила не нашлось наследников, способных продолжать его дело. Его десятилетний сын Алексей II находился под влиянием матери Марии (дочери франкского короля). Это вызывало враждебность придворных, традиционно не принимавших «латинян», то есть представителей Запада. Эта вражда достигла кульминации в 1182 г., когда Андроник Комнин захватил трон и убил юного Алексея. Положение империи постепенно ухудшалось. Еще в 1171 г. распался ее союз с Венецией, когда Мануил попытался использовать как противовес этому государству Геную и Пизу, а в 1182 г. Андроник устроил резню генуэзских и пизанских купцов и других итальянцев, что настроило эти города-государства против империи. В 1185 г. норманны, воспользовавшись нестроениями в империи, захватили и разграбили Салоники, второй по величине город Византии. Узурпация Андроника дала начало двадцатилетней смуте, сопровождавшейся частыми переворотами. В том же году сам Андроник был свергнут и убит. Вместо него стал править родич Комнинов, Исаак II Ангел (1185–1195), преемником которого стал его брат Алексей II Ангел (1195–1203), в свой черед устраненный Алексеем III. Но в 1203 г. во время Четвертого крестового похода, когда армия крестоносцев подошла к Константинополю, Алексей III потерял трон, и его сменил Алексей IV.