Нового наследника Василия поддерживал Иосиф Волоцкий‚ который требовал от Ивана III крутых мер против еретиков. Тот признавался‚ что «ведал новгородскую ересь‚ которую держал Алексей протопоп и которую держал Федор Курицын»; знал великий князь‚ что его невестку совратили в жидовство‚ но долго колебался‚ не грешно ли еретиков предавать казни. Историк Н. Карамзин отметил: «Великий князь говорил, что надобно истреблять разврат, но без казни, противной духу Христианства; иногда, выводимый из терпения, приказывал Иосифу умолкнуть, иногда обещал ему подумать и не мог решиться на жестокие средства…»

Наконец Иван III покаялся, попросил Иосифа Волоцкого простить его прегрешения, на что тот ответил: «Государь‚ подвинься только на нынешних еретиков‚ а за прежних тебе Бог простит». В конце 1504 года был созван церковный собор, на котором Иосиф Волоцкий был обвинителем; собор постановил предать смерти главных еретиков. Некоторые из них объявили‚ что раскаиваются‚ но их раскаяние не было принято: Иосиф Волоцкий отклонил его под тем предлогом‚ что раскаяние‚ вынуждаемое страхом казни‚ не может быть искренним.

27 декабря 1504 года в Москве в деревянных клетках всенародно были сожжены дьяк Иван Волк Курицын‚ Дмитрий Коноплев и Иван Максимов. В Новгороде сожгли архимандрита Кассиана‚ Некраса Рукавого и других. Многих отправили в заточение по тюрьмам и монастырям; всех еретиков предали церковному проклятию‚ и даже через два столетия после этого ежегодно предавались анафеме Кассиан‚ Курицын‚ Рукавый‚ Коноплев и Максимов «со всеми их поборниками и соумышленниками».

Результатом борьбы с жидовствующими стала более жесткая политика по отношению к евреям. На еврея смотрели как на антихриста‚ его считали колдуном‚ чернокнижником и совратителем‚ перед ним испытывали суеверный страх. Изредка купцы-евреи еще приезжали из Литвы и Польши; они «ходили с товарами» через Смоленск и Новгород‚ путь был небезопасен‚ порой жители грабили проезжих‚ да и в Москве к ним относились враждебно и могли отобрать товары.

Затем царем стал Иван IV – Иван Грозный, который не впускал евреев в Москву даже на время. Польский король Сигизмунд Август II писал ему: «Ты не впускаешь наших купцов-ереев с товарами в твое государство‚ а некоторых велел задержать и товары их забрать… А между тем в наших мирных грамотах написано‚ что наши купцы могут ездить с товарами в твою Московскую землю‚ а твои в наши земли‚ – что мы с нашей стороны твердо соблюдаем».

На это Иван Грозный ответил в 1550 году: «Мы тебе неоднократно писали о том раньше‚ извещая тебя о лихих делах от жидов‚ как они наших людей от христианства отводили‚ отравные зелья в наше государство привозили и многие пакости людям нашим делали… Мы никак не можем велеть жидам ездить в наше государство‚ ибо не хотим здесь видеть никакого лиха‚ а хотим‚ чтобы Бог дал моим людям в моем государстве жить в тишине без всякого смущения. А тебе‚ брат наш‚ не следует впредь писать нам о жидах».

Иностранец‚ побывавший в России, сообщал об Иване Грозном: «Как ни был он жесток и неистов‚ однако же не преследовал и не ненавидел за веру никого‚ кроме жидов‚ которые не хотели креститься и исповедовать Христа: их он либо сжигал живьем‚ либо вешал и бросал в воду». В 1563 году Иван Грозный завоевал Полоцк. Евреям этого города было предложено креститься‚ а отказавшихся – вместе с детьми и женами – утопили зимой в реке: прорубили лед и бросили всех в воду – около трехсот человек. Записано в хрониках: «Всех жидов‚ которые не захотели принять святое крещение‚ велел (царь Московский) утопить в славной реке Двине». Подобная судьба постигла и евреев других завоеванных городов и крепостей; спаслись лишь немногие‚ согласившиеся креститься по православному обряду.

Через восемь лет после этого смоленский купец Василий Позняков участвовал в московском посольстве на Ближний Восток и вёл путевые записи. Александрийский патриах спросил его: «Есть ли в вашей земли… жидове, и бусормане, еретицы… и протчая их проклятая вера – ересь?» Позняков ответил: «Никако, владыко. У нашего государя в царьстве жилища им нет. Жидам государь и торговать не велит, и впускать в свою землю».

«Ересь жидовствующих» не проявлялась открыто в России до середины восемнадцатого века‚ когда неожиданно была обнаружена властями. До сих пор в русском народе существуют различные секты иудействующих‚ сторонники которых уверяют‚ что веру свою «исповедуют издревле»‚ якобы с пятнадцатого века‚ – но доказать это теперь невозможно.

В 1490 году‚ в самый разгар «ереси жидовствующих»‚ приехал в Москву на постоянное жительство еврей из Венеции. Звали его Леон‚ или – Мистро Леон‚ Жидовин; это был первый врач‚ приехавший в Россию из Европы‚ который стал лейб-медиком великого князя Ивана III. Когда заболел старший сын великого князя Иоанн (муж Елены и отец Дмитрия)‚ Леон вызвался его лечить‚ жизнью своей ручаясь за успех.

«И князь великий велел ему лечить сына своего князя Ивана‚ – записано в русской летописи за 1490 год. – Лекарь же дал ему зелие пить и жечь начал скляницами по телу‚ вливая горячую воду. И от того стало ему тяжче и умер. И того лекаря Мистра Леона велел великий князь поймать и казнить его смертною казнью‚ голову ссечи; они же отсекли ему голову на Болвановке апреля двадцать второго».

Из этой записи следует‚ что лекарь Леон Жидовин практиковал в России несколько месяцев‚ затем ему отрубили голову в Москве. Как отметил исследователь, «тогда верили в непогрешимость медицины и в плохих результатах лечения усматривали вину одного только врача».

Сохранилось еврейское сказание о событиях в Полоцке в 1563 году:

«Была лютая зима. Московский царь Иван Грозный завоевал Полоцк и повелел всех евреев с их женами и детьми – всех до единого! – согнать к берегу реки Двины‚ неподалеку от княжеского замка. Собрали всех евреев‚ их жен и детей‚ числом три тысячи‚ и поставили у реки Двины‚ как приказал царь. И лишь двое детей – мальчик‚ сын одного коэна‚ и девочка‚ дочь коэна‚ – во время суматохи были позабыты и не приведены к реке.

И приказал Иван Грозный поставить всех евреев на лед реки и затем разрубить лед. И были все потоплены‚ числом три тысячи. Спаслись только те двое детей‚ которых Иван Грозный затем пощадил; их приютили добрые люди. Выросли они и поженились‚ получив прозвище Бар-Коэн – Баркан. От них пошла новая община и фамилия Баркан». Еще в начале двадцатого века в память того трагического события члены погребального братства в Полоцке постились ежегодно в определенный день и устраивали богослужение на старом кладбище‚ в нескольких километрах от города‚ где, по преданию, были похоронены всплывшие тела мучеников 1563 года.